動畫里暫時(shí)還沒體現(xiàn)什么劇情，但世界觀已經(jīng)大致構(gòu)思完畢。

背景：碧藍(lán)航線塞壬入侵的下的地球?qū)嶒?yàn)場。在這個(gè)實(shí)驗(yàn)場下，塞壬決定扶持一個(gè)地球人作為引導(dǎo)世界格局走向的代理人，也就是主角——碧藍(lán)航線指揮官，指揮官被塞壬帶回原初世界并目睹了毀滅世界的高維巨獸后，表示愿意協(xié)助塞壬。之后塞壬襲擊了整個(gè)澳洲并攻占之，指揮官則由于將澳洲人全部疏散至其他大陸立下大功。

劇本將分成三個(gè)部分：

碧藍(lán)航線篇——令全世界走向聯(lián)合。

少女前線篇——這時(shí)候指揮官開始在陸地活動，并且將是格里芬安全承包商的不公開的所有者之一，將經(jīng)歷一系列挫折。

明日方舟篇——在塞壬的協(xié)助下以“博士”的身份嘗試拯救被高維巨獸盯上的另一個(gè)時(shí)間線的文明：泰拉文明，并在泰拉度過了數(shù)十年之久，但是即使是塞壬和泰拉聯(lián)合之下也未能抵擋巨獸的攻擊，大量泰拉難民被疏散到地球的澳洲。之后就是羅德島在地球的故事。

從這時(shí)候開始，指揮官將要帶領(lǐng)格里芬戰(zhàn)術(shù)人形和羅德島干員一起尋求拯救人類文明的方法。

更多細(xì)節(jié)會慢慢在動畫中體現(xiàn)。