蛋白灰度分析軟件有：Image-Pro Plus，Quantity One，Image J等~~

過(guò)來(lái)人把幾個(gè)軟件的使用總結(jié)分享給大家，可以少走彎路

軟件的安裝包和軟件教程，有需要的可以在公眾號(hào)科研根號(hào)三回復(fù)關(guān)鍵詞軟件03領(lǐng)??！

1、三個(gè)軟件的優(yōu)劣分析
1）Image-Pro Plus 綜合性能最好，操作簡(jiǎn)便結(jié)果可靠！因?yàn)樗袕?qiáng)大的 IOD 算法，
能準(zhǔn)確反應(yīng)蛋白灰度~~
但需要靠魔棒或軌跡法選取目的蛋白區(qū)域，有一定的主觀性，不過(guò)蛋白灰度測(cè)定本
身就是半定量分析-----測(cè)量值本身就沒(méi)有一定標(biāo)準(zhǔn)，不同軟件測(cè)量值不同，即使相同
軟件重復(fù)測(cè)量數(shù)值也不一定相同，因此只要測(cè)定數(shù)值能反應(yīng)目的蛋白變化趨勢(shì)，測(cè)
量值相對(duì)偏差不大即可~~~

（2） Quantity One 有泳道-軌跡測(cè)定法，等高線/手繪選取目的區(qū)域測(cè)定法等方法。
i.泳道-軌跡測(cè)定法：
過(guò)程：先剔除一系列背景，再選擇泳道（lane），然后分析條帶（band）,最后使用高
斯建模得出灰度分析值（Gauss Model trace）
特點(diǎn)：感覺(jué)比較科學(xué)，重復(fù)性好，但十分繁瑣，
而且有時(shí)不能正確反應(yīng)灰度（我親測(cè)過(guò)）
ii.等高線-手繪選取目的區(qū)域測(cè)定法：通過(guò)等高線或手繪選取目的蛋白區(qū)域，最簡(jiǎn)便，
但重復(fù)性不太好。
（3）Image J 最坑爹~~~，它用魔棒選取區(qū)域測(cè)定灰度，可是有時(shí)很難選中所需區(qū)域，
而且方法繁瑣，不推薦??！
在此，只總結(jié)綜合性能最好的 Image-Pro Plus（IPP）蛋白灰度分析方法~~~~

2、mage-Pro Plus 分析蛋白灰度教程
說(shuō)明：目的蛋白的灰度=目的蛋白 IOD 值/ 相應(yīng)內(nèi)參 IOD 值
1. 使用 Photoshop 剪切出目的區(qū)域（只含 western bolt 條帶，如圖），保存為
TIFF 格式文件。

2. Image-Pro Plus 打開(kāi)文件，剔除背景：
（1） 放大鏡放大目的區(qū)域
（2） Measure---calibration---intensity---options----image,
選擇背景最大?value 值------ok-------ok----system----close
(3) Measure---count/size---measure---select?measurements，選擇 IOD 為測(cè)量值，
調(diào)整結(jié)果顯示方式：Options-label style 改為?mesurement，選擇 IOD 為顯示值。
（4）接下來(lái)有 2 種方法選擇目的蛋白區(qū)域（即找出 AOI，area of interest, IPP 核
心元件）：魔棒和手繪軌跡法。
魔棒：首選方法，客觀科學(xué)，適合于蛋白條帶輪廓清楚且各蛋白條帶不融合（若條
帶彌散，相互融合，則魔棒無(wú)法選擇單一蛋白條帶，這時(shí)就要用手繪通過(guò)肉眼選擇
目的蛋白區(qū)域）。
手繪軌跡法：主觀性較強(qiáng)，當(dāng)魔棒無(wú)法選擇單一條帶時(shí)才使用。
（5）count/size---edit-----convert AOI to object---得出 IOD 值
（6）若測(cè)下一條帶，則點(diǎn) NEW AOI 按鈕，再按以上方法選擇 AOI
(7) 可以 count/size---view---measurement data 顯示或輸出測(cè)量值
圖示過(guò)程如下：

魔棒法

得出測(cè)量?IOD?值：

下圖顯示的即為目的蛋白IOD?值

重復(fù)測(cè)量其他條帶：