PubMed使用指南：高級檢索
在PubMed中點擊Advanced就可以進行高級檢索。
在整個高級檢索的界面，主要包括了兩個部分：檢索欄和歷史記錄
基本操作
在檢索欄當中，分成上下兩個部分，上面可以輸入檢索關鍵詞，下面則可以查看具體的檢索式。具體的步驟主要分成五步。
假如我們想要檢索在Nature當中和在題目中提到突變的文獻。那么首先選擇雜志類別然后輸入“Nature”
點擊ADD之后下面就有了檢索式。
進一步，選擇在題目當中檢索突變。這個時候會讓選擇兩個檢索式的關系(AND, OR, NOT)。
這里我們選擇AND的關系。
選擇之后，就有了這樣的一個檢索式
最后就可以進行檢索。高級檢索中提供了兩種檢索方式：“檢索”和“添加到歷史記錄”
“檢索”:直接跳轉(zhuǎn)到具體的文獻結果頁面
“添加到歷史記錄”:不會返回文獻內(nèi)容而是在歷史記錄當中顯示具體的檢索結果(檢索式以及檢索到的文獻個數(shù))。
高級檢索類別說明
高級檢索中有很多類別。對于其中一些比較常用的，這里就進行一下簡單的說明，方便使用。
作者檢索
如果想要檢索某一個作者的相關的文章，可以使用Author檢索條目。Pubmed提供了多個和作者有關的檢索條目，例如：作者檢索[au]，第一作者[1au]，最后一個作者[lastau]等等。
作者檢索當中需要注意的是。在2002年之前的文獻, Pubmed記錄的作者只有名，沒有姓。如果要檢索名稱的全名的話，只能得到2002年之后的文獻。
最后需要注意的是：如果真的要關注某一個作者發(fā)表的文章的話，除非世界上上這個人的名字是唯一的，不然的話，只是通過作者檢索還是沒有的。這里最好還是和作者的附屬單位結合起來可能更好一些。
或者也可以通過Author-Identifier[auid]輸入想要檢索的作者的OCRID，ISNI, VIAF等等ID號也可以進行唯一性檢索。例如下面這個。
雜志檢索
如果想要了解某一個雜志發(fā)表的文章的話，可以使用Journal[TA]進行檢索。PubMed支持三種檢索方式：
1.完整的期刊名稱(e. g., molecular biology of the cell)
2.雜志的簡寫(e. g., mol biol cell)
3.雜志的ISSN號(e. g., 1059-1524)
另外，如果雜志名稱有特殊符號的話。去掉符合之后再進行檢索即可。例如"J HAND SURG-AM"則直接檢索"J HAND SURG AM"
日期檢索
如果想要檢索一段時間內(nèi)的文獻的話，可以限定文獻發(fā)表的時間。
PubMed提供了多種不同的日期檢索方式，主要包括以下這種
Date-Publication[dp] :日期搜索包括印刷出版日期和電子出版日期。
Date-Entry [edat] :文獻首次進入PubMed的日期
Date-MeSH [mhdat] :用MeSH術語索引文獻的日期。
Date-Create [crdt] :文獻的首次創(chuàng)建日期。
【提示:有時候文獻有兩個發(fā)表日期：印刷出版日期和電子出版日期。這兩個日期跨度可能會特別大。一篇于2018年11月在線發(fā)表的文章，可能會在2019年11月發(fā)表在印刷版上。如果一個文章兩個日期都有，則按照印刷日期來算。
所以如果要使用[dp]進行檢索的話，如果在18年11月份檢索新發(fā)表的文章的話會找到這個文獻，在19年11月份再次檢測新發(fā)表的文章的話，也會找到這個文章。】
日期檢索式
在日期檢索當中，使用格式y(tǒng)yyy/mm/dd 來輸入日期。其中月份和日期可選。
日期間隔使用冒號(:)輸入日期范圍。例如：disease AND 2019/01/01: 2019/12/01 [dp]
如果是一整年的綜合搜索應輸入為2000: 2000 [dp]而不是2000 [dp]。
相對日期范圍檢索
除了輸入具體的日期，還可以檢索距今日多久之前的相對日期。主要是通過輸入年月日來進行檢索。
term="last X days"[date field]
term="last X months"[date field]
term="last X years"[date field]
其中[date field]包括[dp], [edat] or [crdt]。這類的輸入只能是通過標簽來輸入，高級檢索當中沒辦法輸入。
標題/摘要
關鍵詞檢索的默認范圍是[all fields]。這樣會檢索文章的各個方面。但是有時候一篇文章可能只是在一句話當中提到了這個關鍵詞。整個研究可能就關鍵詞沒有關系。為了減少這些混淆的文獻，就可以在Title/Abstract[TIAB] 當中檢索相關結果。
例如，在所有區(qū)域檢索突變和在標題/摘要當中檢索突變結果少了幾乎一半。
以上就是常用到的一些高級檢索類別。如果想要鏈接其他的內(nèi)容可以查看：Help - PubMed: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/#advanced-search
歷史記錄
高級檢索中除了可以自定義構建檢索式之外，還可以看到之前的檢索的歷史記錄。在歷史記錄當中可以看到每一個檢索的檢索式以及有多少相關的文獻。
每一個之前檢索的結果，PubMed都會進行編號。如果想要對之前檢索結果進行邏輯合并檢索的話，在可以直接使用前面的編號即可。例如我們想看第四個檢索結果(#4，雜志J HAND SURG-AM的檢索結果) 以及第九個檢索結果(#9，突變在標題和摘要當中的檢索結果) 兩者之間的重疊的文獻。就可以直接輸入 #9 AND #4 即可。
除了使用編號檢索之外，還有一個Actions的動作。Action 包括了三個選項：添加到檢索欄；刪除檢索記錄以及創(chuàng)建提醒。
添加到檢索欄:類似于把編號放到檢索欄當中一樣。只不過通過這個動作更加形象的知道檢索的是什么內(nèi)容。
創(chuàng)建提醒:可以對檢索內(nèi)容創(chuàng)建一個郵件提醒。如果檢索內(nèi)容有新的文獻發(fā)表了，就可以發(fā)郵件提醒。
最后在歷史記錄當中還有一個Details。點擊里面的那個∨就可以看到具體的檢索式是什么了。例如不加限定的mutation的實際檢索結果就是下面這一堆。
具體原理可見: [[pubmed-使用指南#ATM搜索系統(tǒng)]]
歷史記錄使用場景
上面介紹了歷史記錄的基本操作。關于不同檢索記錄的聯(lián)合使用主要還是用于制作復雜檢索式。比如想要在Nature, Nature Communication以及Nature medicine三個雜志當中尋找和甲基化有關但是和突變沒有關系的文獻。
那就首先可以創(chuàng)建一個三個雜志并列的檢索式。并把這個檢索公式添加到歷史記錄當中。
進一步創(chuàng)建一個有甲基化但是沒有突變的檢索式
在創(chuàng)建好第二個檢索式之后，直接通過Action把前面雜志的檢索式加進去就可以了。
