Materials Studio軟件中COMAPSS力場的更新介紹三


原始模型高估了擴散系數(shù)。
水的屬性對 OH 鍵長非常敏感。
通過增加 OH 鍵長重新擬合了水模型。
新型號包括 h1w 和 o2w (替換 h1o、o2* ,仍可手動輸入)
范德華參數(shù)根據(jù)密度、內(nèi)聚能密度和擴散系數(shù)進行擬合




COMPASS 力場一直由 BIOVIA 科學家不斷進行開發(fā),以增加其適用范圍并進一步提高其質(zhì)量。已推出了多個主要和次要版本的 COMPASS,目前的版本是 COMPASSIII 1.2 版本。下表概述了早期版本,可以從 Forcite 力場管理器對話框中訪問其中的一些早期版本,并將其導入到項目中,在任何需要力場輸入的模塊中使用。
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在最新的主要版本(COMPASSIII,Akkermans等人,2021)中,使用DMol3的密度泛函理論對大量化合物進行了(重新)參數(shù)化,以取代傳統(tǒng)的Hartree-Fock方法進行從頭計算。這些計算使用了Perdew、Burke和Ernzerhof(PBE)的廣義梯度近似(GGA)泛函。其中,原子軌道基組采用了Double Numerical plus d-functions(DND,版本4.4)。部分電荷是使用電勢場(ESP)方法推導出來的。
此外,COMPASSIII 使用了一種改進的方法來獲取范德華參數(shù),這是基于 Nelder-Mead 方法結(jié)合 Delaunay 網(wǎng)格插值的自動擬合協(xié)議。
參數(shù)化開發(fā)使用了來自三個數(shù)據(jù)庫的化合物:
Maybridge 數(shù)據(jù)庫由 59,465 種類似藥物的分子組成,其中許多是雜環(huán)化合物。
日本國家材料科學研究所(NIMS)的 PoLyInfo 數(shù)據(jù)庫。這考慮了總共 4161 個重復單元,涵蓋了所有主要的聚合物類別。
美國國家標準與技術(shù)研究所(NIST)的 ILThermo 數(shù)據(jù)庫。這包含了總共 1188 個結(jié)構(gòu),其中 619 個陽離子和 131 個陰離子以及一些溶劑化合物。
所有結(jié)構(gòu)都經(jīng)過了缺失類型和缺失相互作用的測試。在必要時,使用 DFT 獲得的優(yōu)化結(jié)構(gòu)的擬合引入了新的類型和相互作用。對于新的類型,通過對實驗密度和汽化熱進行擬合,添加了范德華參數(shù)。
