圖1. m7G機(jī)制（The potential role of N7 -methylguanosine (m7G) in cancer）

圖1中METTL1、WDR4、RNMT、RAM、WBSCR22和TMRT112為m7G甲基轉(zhuǎn)移

酶，它們可以把m7G修飾加到mRNA、tRNA、rRNA和miRNA。

從上到下依次為：

METTL1/WDR4復(fù)合體將m7G修飾加到mRNA（internal site）、tRNA（G46 位點(diǎn)）和miRNA （G-四聯(lián)體），最終調(diào)控翻譯。

RNMT/RAM復(fù)合體將m7G加到mRNA的5’帽子上，介導(dǎo)其出核和翻譯。

WBSCR22/TMRT112復(fù)合體將m7G修飾加到18s rRNA的G1638處，促進(jìn)其成熟。

發(fā)文章突破點(diǎn)：錯(cuò)過(guò)了m6A，可以試試m7G，例如挖掘m7G相關(guān)基因，構(gòu)建預(yù)后模型、單基因分析、泛癌等。理論上m6A的思路都能用在m7G上。

常見(jiàn)m7G檢測(cè)方法

人們已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了超過(guò)150種RNA化學(xué)修飾。最近的研究表明，m7G RNA修飾在mRNAs內(nèi)部（internal）廣泛存在。

現(xiàn)有的m7G研究方法主要包括：

1）基于抗體的m7G-MeRIP-Seq技術(shù)，僅能提供約100 bp的分辨率

2）m7G-miCLIP-seq結(jié)合anti-m7G抗體免疫沉淀富集和紫外交聯(lián)，可以獲得約30 bp的分辨率，如果結(jié)合motif分析，甚至能獲得單堿基分辨率。

3）m7G-seq技術(shù)通過(guò)利用m7G位點(diǎn)在逆轉(zhuǎn)錄期間的錯(cuò)誤插入（misincorporation）可以獲得單堿基分辨率的m7G位點(diǎn)；

4）AlkAniline-Seq利用堿水解、脫磷、苯胺裂解等化學(xué)法在單堿基分辨率上檢測(cè)m7G位點(diǎn)。

發(fā)文章突破點(diǎn)：使用不同的物種、組織或細(xì)胞進(jìn)行m7G實(shí)驗(yàn)并測(cè)序，然后低通量實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。

m7GHub數(shù)據(jù)庫(kù)

公共數(shù)據(jù)庫(kù)中存在大量m7G數(shù)據(jù)，m7GHub數(shù)據(jù)庫(kù)通過(guò)整合這些散在的數(shù)據(jù)，提供了一個(gè)中心化的在線平臺(tái)，用來(lái)破譯mRNA內(nèi)部的m7G RNA修飾的位置、調(diào)控和發(fā)病機(jī)制。

發(fā)文章突破點(diǎn)：整合GEO等數(shù)據(jù)庫(kù)散在的數(shù)據(jù)，構(gòu)建一個(gè)網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)，一般可以發(fā)在生物信息學(xué)相關(guān)雜志，例如Bioinformatics，甚至NAR上。

該數(shù)據(jù)庫(kù)包括4部分：

1)m7GDB：實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的m7G位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)

2)m7GFinder：高準(zhǔn)確性預(yù)測(cè)m7G位點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器

3)m7GSNPer：評(píng)估遺傳突變對(duì)m7G RNA修飾影響

4)m7GDiseaseDB：導(dǎo)致m7G位點(diǎn)獲得或者缺失的疾病相關(guān)遺傳變異數(shù)據(jù)庫(kù)

圖2. m7GHub數(shù)據(jù)庫(kù)

該數(shù)據(jù)庫(kù)收集了69159個(gè)m7G位點(diǎn)。由于m7G-MeRIP-seq和m7G-miCLIP-seq方法不是單堿基的，可能存在誤判，因此作者將m7G peak中的G（30 bp滑窗）包含進(jìn)來(lái)，并使用m7Gfinder進(jìn)一步預(yù)測(cè)評(píng)估其可靠性。

如果想了解你感興趣的基因是否存在m7G RNA修飾，直接使用m7GHub查詢，然后繪制3種方法的venn圖。

圖3. 三種方法交集

iRNA-m7G預(yù)測(cè)

同時(shí)，為了更進(jìn)一步的進(jìn)行評(píng)估，我們可以引入第三方軟件iRNA-m7G進(jìn)行對(duì)上述獲得的序列進(jìn)行評(píng)估預(yù)測(cè)。打開(kāi)iRNA-m7G網(wǎng)站（圖4），點(diǎn)擊導(dǎo)航欄的“WEB SERVER”，輸入待預(yù)測(cè)序列，提交即可（圖5）。同時(shí)，可以下載軟件到本地進(jìn)行批量預(yù)測(cè)。

圖4.iRNA-m7G網(wǎng)站

圖5. m7G位點(diǎn)預(yù)測(cè)

預(yù)測(cè)結(jié)果（圖6）。score越大表明發(fā)生m7G的概率越大。

圖6. iRNA-m7G預(yù)測(cè)結(jié)果

做為預(yù)實(shí)驗(yàn)，通過(guò)整合數(shù)據(jù)庫(kù)和預(yù)測(cè)方法，我們可以更加準(zhǔn)確地判斷我們的基因是否發(fā)生了m7G修飾，然后可以進(jìn)一步深入研究。

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