【零代碼生信分析小工具】欄目又更新啦~?~模型構(gòu)建是生信分析最常見、最常用的一個(gè)分析內(nèi)容，基本覆蓋80%以上的生信文章，那模型構(gòu)建完都需要用一些指標(biāo)來(lái)評(píng)價(jià)它的預(yù)測(cè)性能，常見的包括ROC曲線、C指數(shù)、校準(zhǔn)曲線、DCA曲線等。但大多數(shù)文章都還是只做ROC曲線分析或者C指數(shù)（區(qū)分度評(píng)價(jià)指標(biāo)），好一點(diǎn)的會(huì)做校準(zhǔn)曲線（校準(zhǔn)度評(píng)價(jià)指標(biāo)），相比之下DCA曲線（臨床有效性評(píng)價(jià)指標(biāo)）出現(xiàn)的頻率就低多了，但同時(shí)DCA曲線也是經(jīng)常被審稿人要求補(bǔ)充的一個(gè)模型評(píng)價(jià)指標(biāo)（尤其是高分文章），所以要想提升文章中模型評(píng)價(jià)的level，不被審稿人挑出問(wèn)題，最好就把DCA曲線也做上，以絕后患。

布小谷前面給小伙伴們分享過(guò)C指數(shù)計(jì)算工具，這次再推薦一個(gè)操作簡(jiǎn)單的DCA分析零代碼小工具，特別適合生信新手小白，還是免費(fèi)使用的，有需要的快來(lái)嘗試用一下吧！（ps：感覺(jué)對(duì)自己有用的小伙伴麻煩點(diǎn)個(gè)關(guān)注哦，布小谷會(huì)多多更新的！）

使用零代碼小工具需要登錄?“云生信在線分析平臺(tái)”，它包含200多個(gè)零代碼分析小工具，只需上傳數(shù)據(jù)，直接一鍵成圖，超級(jí)適合生信小白使用哦。網(wǎng)址：http://www.biocloudservice.com/home.html?，分析平臺(tái)開源、注冊(cè)登錄后可免費(fèi)使用。下面跟著布小谷一起來(lái)看看吧！

分析小工具分析原理

臨床決策曲線分析（Decision Curve Analysis, DCA）是一種評(píng)估臨床預(yù)測(cè)模型、診斷試驗(yàn)和分子標(biāo)記物的簡(jiǎn)單方法。傳統(tǒng)的診斷試驗(yàn)指標(biāo)如：敏感性，特異性和?ROC 曲線下面積僅測(cè)量預(yù)測(cè)模型的診斷準(zhǔn)確性，未能考慮特定模型的臨床效用，而?DCA 的優(yōu)勢(shì)在于它將患者或決策者的偏好整合到分析中。而這種理念的提出滿足了臨床決策的實(shí)際需要，在臨床分析中的應(yīng)用日益廣泛。因此，本軟件?DCA 就是測(cè)量預(yù)測(cè)模型的生物標(biāo)志物的診斷準(zhǔn)確性和臨床效用。

操作方法

Step 1?：首先打開云生信在線分析平臺(tái)，并登錄使用。點(diǎn)擊“DCA分析進(jìn)行臨床診斷和臨床決策”進(jìn)入小工具頁(yè)面：

Step 2：進(jìn)入小工具頁(yè)面后，可以看到上傳數(shù)據(jù)選項(xiàng)，點(diǎn)擊進(jìn)入后，提示上傳數(shù)據(jù)需要“文件名和文件格式需要和示例數(shù)據(jù)一致”。回到工具頁(yè)面可以根據(jù)左上角輸入數(shù)據(jù)模板制作數(shù)據(jù)。

Step 3：點(diǎn)擊“輸入數(shù)據(jù)模板”，進(jìn)入以下頁(yè)面，可以看到給出了1個(gè)數(shù)據(jù)模板，點(diǎn)擊數(shù)據(jù)可以在線預(yù)覽和下載。

輸入數(shù)據(jù)：表達(dá)數(shù)據(jù)輸入文件【input.txt】

（第一列是樣本名稱，第二列是分組，第三列是基因符號(hào)，輸入?txt 格式）

Step 4：按上面格式制作好數(shù)據(jù)后，在文件上傳界面上傳所有輸入數(shù)據(jù)，點(diǎn)擊上傳文件。再返回到工具主頁(yè)面點(diǎn)擊“運(yùn)行自有數(shù)據(jù)”即可跳轉(zhuǎn)到結(jié)果展示頁(yè)面。

Step 5：C指數(shù)計(jì)算工具共得到2個(gè)結(jié)果圖，結(jié)果會(huì)附帶簡(jiǎn)單說(shuō)明?？梢栽诮Y(jié)果展示頁(yè)面直接點(diǎn)擊某個(gè)圖進(jìn)入預(yù)覽頁(yè)面，也可以直接下載使用。

結(jié)果說(shuō)明

DCA曲線圖【DCA.pdf】：該圖表示每個(gè)標(biāo)志物臨床決策變化曲線。

臨床影響變化風(fēng)險(xiǎn)曲線【Clinical%20Impact%20Curve.pdf】：該圖表示治療獲益在不同時(shí)間內(nèi)的變化趨勢(shì)。??? ? ? ? ? ?

結(jié)語(yǔ)

這個(gè)零代碼工具通過(guò)基于帶有分類信息的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，基于?DCA 算法，構(gòu)建預(yù)測(cè)診斷模型，然后評(píng)價(jià)每個(gè)標(biāo)志物的診斷性能和臨床效用，進(jìn)而將患者或決策者的偏好整合到分析中提高預(yù)測(cè)模型的準(zhǔn)確性，為醫(yī)生的臨床診斷和個(gè)性化治療提供指導(dǎo)。工具設(shè)置參數(shù)少，用戶只需要輸入有分類信息的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，軟件將自行執(zhí)行DCA 算法，對(duì)每個(gè)標(biāo)志物進(jìn)行診斷能力和臨床效用進(jìn)行評(píng)價(jià)，同時(shí)還可以繪制臨床決策曲線和臨床影響曲線。
這簡(jiǎn)直就是為生信新手朋友量身定做的呀，感興趣的小伙伴趕快來(lái)嘗試一波吧！后面還有更多小工具推薦，敬請(qǐng)期待哦！