NAMD是什么？

NAMD（NAnoscale?Molecular?Dynamics）是用于在大規(guī)模并行計算機上快速模擬大分子體系的并行分子動力學代碼。NAMD用經(jīng)驗力場，如Amber，CHARMM和Dreiding，通過數(shù)值求解運動方程計算原子軌跡。

1. 軟件所能模擬的體系的尺度：微觀，介觀或跨尺度等

微觀和介觀，是眾多md 軟件中并行處理最好的，可以支持幾千個cpu 運算。在單機上速度也很快。在進行并行計算中采用了Load Balancing方法，給每個CPU分配相同的計算量使得計算不irregular，在計算時通過監(jiān)控每個處理器的速度和運算量來分配。

2. 軟件所屬的類型：MD，DPD，DFT，MC，量化，交叉等

3. 軟件能研究的相關領域

使用者的背景最好是默認的力場是charmm，包括了2,3,4個原子的成鍵作用和成對的靜電相互作用和范德華作用，適合模擬蛋白質，核酸，細胞膜等體系。也可進行團簇和CNT 系統(tǒng)的模擬軟件原理經(jīng)典，操作簡單。但需要對體系的性質足夠了解。

4. 軟件中主要涉及的理論方法范疇

經(jīng)典的md，以及用多種方法計算自由能和SMD模擬。數(shù)據(jù)分析時候一般很少涉及復雜的熱力學和統(tǒng)計熱力學的原理，但知道一些最好。

5.軟件主要包含的處理工具

namd 是計算部分，本身不能建模和數(shù)據(jù)分析（unix 的哲學kiss）。但vmd 同namd 系出同門，已同namd 實現(xiàn)無逢鏈接。

專題課程：NAMD分子動力學模擬在生物及材料計算中的應用

一：特色

專題課程以NAMD軟件為基礎，以實例講授和練習為主。從MD模擬流程、恒速/恒力拉伸動力學、基于傘形抽樣的自由能計算、沿著反應坐標的自由能計算到深層的NAMD在生物技術計算中的應用與材料計算中的應用等。

二：講師

來自國家“雙一流”建設高校，“211’工程。擁有近10年豐富的NAMD使用經(jīng)驗。以第一/通訊作者在《ACS advanced materials & interface》等國際top期刊發(fā)表論文數(shù)十篇。擅長領域：蛋白質分子動力學，蛋白質納米材料相互作用機制，蛋白質測序等。

三：大綱

四：增值服務

1. 凡報名學員將獲得本次培訓書本（或電子）教材以便提前預習及隨堂電子資料；

2. 凡報名學員將獲得課程相關Windows版本軟件安裝指導（一年有效期）；

3. 提供無限次回放視頻：凡報名學員課程結束后可獲得所學專題課程無限次回放視頻；

4. 價格優(yōu)惠：（優(yōu)惠活動最終解釋權歸主辦方）；

1) 早鳥優(yōu)惠：所有專題課程2023年7月10日前報名繳費均立減200元；

2) 同一人報名兩個及以上專題課程可享受額外優(yōu)惠（具體請咨詢招生聯(lián)系人）；

5. 參加培訓并通過考試的學員，可以獲得：北京軟研國際信息技術研究院培訓中心頒發(fā)的《分子動力學應用工程師》專業(yè)技能結業(yè)證書；

五：報名費用

NAMD專題（三天） 原價：3500（元） 優(yōu)惠后價格（元）：3300

費用提供用于報銷的正規(guī)機打發(fā)票及蓋有公章的紙質通知文件；

如需開具會議費的單位請聯(lián)系招生老師發(fā)送會議邀請函；

福利贈送活動：報名繳費本期NAMD專題課程，贈送Gromacs專題（三天）往期直播課錄播視頻回放。