由于運(yùn)行條件不當(dāng)，DNA ladder 可能無(wú)法分離。請(qǐng)記住，DNA 分子在凝膠上的遷移速率取決于 DNA 的大小、瓊脂糖濃度、施加的電壓、瓊脂糖類型和緩沖液 。

如果您遇到很少或沒(méi)有分離，您應(yīng)該做的第一件事就是將您的片段和 ladder 的大小與您提供的運(yùn)行時(shí)間進(jìn)行比較，以確保您為電泳留出了適當(dāng)?shù)臅r(shí)間。

接下來(lái)，您需要查看其他條件、施加的電壓、瓊脂糖濃度，并考慮可能需要更好優(yōu)化的區(qū)域。

階梯分離度低或無(wú)階梯分離的可能原因

• DNA 大小的瓊脂糖濃度不足。

• 電源不足。

• 瓊脂糖的種類使用不當(dāng)。

• 與用于 DNA ladder 的緩沖液相比，在凝膠中使用不同的緩沖液。

• 變性

條帶分離度低或無(wú)條帶分離的 DNA Ladders 故障排除

• 瓊脂糖濃度與不同 DNA 大小的有效分離范圍之間的關(guān)系。 大多數(shù)凝膠濃度在 0.5% - 2% 之間。

• 在電極之間使用 1-5V/cm 的電源。

• 使用傳統(tǒng)的瓊脂糖分離 DNA 片段。 使用聚丙烯酰胺分離小于 100 bp 的 DNA 片段。

• 如果您想分離分離的 DNA 片段，請(qǐng)使用低熔點(diǎn)瓊脂糖。

• 使用小于燒瓶容量 1/3 的緩沖液體積。

• 使用與在 DNA ladder 中使用的相同的緩沖液運(yùn)行凝膠。 最常見(jiàn)的凝膠電泳緩沖液是 TAE 和 TBE。

• 跑膠前不要加熱 DNA ladder。 電泳過(guò)程中保持溫度低于 30°C。

• pH 值也可以使 DNA 變性。 建議 pH 值為 8.0。 但是，這可能會(huì)根據(jù)制造商的建議而改變。

合適的瓊脂糖濃度：

圖1：合適的瓊脂糖濃度表