久違了，小伙伴們！本期探索功能富集分析中的寶藏，帶你一覽基因集的功能聚類和相關(guān)性。

一、介紹

看多了基因和功能通路之間的關(guān)聯(lián)圖，想必大家也有點(diǎn)審美疲勞了，有些小伙伴可能會聯(lián)想到：通路和通路之間是不是也存在某種關(guān)系？是的，它們之間的確存在著某種相似性，做過功能富集分析的朋友們都知道不同通路之間其實(shí)是包含了一些重疊基因的，如果將這些重疊基因連接起來會是怎樣的場景呢？

請看下面這張圖：

這張圖稱為功能分組網(wǎng)絡(luò)圖，它為我們展示了基因集的功能聚類與關(guān)聯(lián)性，里面的每一個節(jié)點(diǎn)其實(shí)是一個通路/功能，而連接線表示它們之間的關(guān)聯(lián)，這種關(guān)聯(lián)會將這些富集的通路/功能組織成一個網(wǎng)絡(luò)，其邊緣連接重疊的基因集，這樣，相互重疊的基因集往往會聚集在一起，從而很容易識別功能模塊。通過集群化的視覺呈現(xiàn)，我們可以直觀地看出基因集中有哪些功能模塊相互關(guān)聯(lián)。這種網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)可幫助我們發(fā)現(xiàn)隱藏的生物學(xué)規(guī)律和互作關(guān)系。

上面這張圖展示的內(nèi)容盡管很詳盡，但是密密麻麻的，略顯龐雜，密集恐懼癥患者看了都表示瑟瑟發(fā)抖，那有沒有更美觀的可視化展示呢？當(dāng)然有，下面這張圖也許能滿足你的需求。

圖2中展示的內(nèi)容大體上和圖1類似，所不同的是，它將功能相似的模塊用不同顏色圈成了一片橢圓區(qū)域，并用概括性的文字描述每個區(qū)域功能模塊的特征，更具簡潔性和審美性，看起來是不是漂亮多了？

簡直是密集恐懼癥患者的福音??！

講到這里，大家肯定想知道這兩種圖是用什么工具繪制的。它們依舊由enrichplot包出品，分別通過其內(nèi)部函數(shù)emapplot和emapplot_cluster來實(shí)現(xiàn)，并且支持多種相似性計(jì)算算法。此外，該函數(shù)既能支持單組數(shù)據(jù)，又能支持多組數(shù)據(jù)。

二、圖解

節(jié)點(diǎn)（圖1和2）：

代表一個功能通路，所含基因數(shù)量的多少決定其大小，漸變顏色表示FDR值的變化。

連接線（圖1和2）：

通路和通路之間的關(guān)聯(lián)性，具有相互重疊基因的通路會形成連接。

橢圓狀圈層（圖2）：

相似的功能通路聚集在一起形成的模塊。

三、應(yīng)用

功能分組網(wǎng)絡(luò)圖適用于許多生物數(shù)據(jù)的可視化，例如基因表達(dá)譜、蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)以及代謝組學(xué)數(shù)據(jù)等。

好了，本期寶藏發(fā)掘完畢，感興趣的朋友們趕緊去試試吧！

關(guān)于enrichplot的詳細(xì)使用方法請戳：

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/enrichplot.html