記錄原因，目前進(jìn)行查找cas9所用的pam序列有很多，但是大多數(shù)都是web版本的，如果想進(jìn)行全基因組的off-target 的Check的話，不是很方便。所以經(jīng)過查閱一些文獻(xiàn)找到了一個(gè)軟件，Crackling，可能進(jìn)行本地的全基因組PAM掃描，所以在此記錄一下。參考文獻(xiàn)：http://doi.org/10.1089/crispr.2021.0102

安裝crackling

下載地址：https://github.com/bmds-lab/Crackling/releases

安裝環(huán)境：

還有一個(gè)依賴包需要手動(dòng)安裝：

在這里找到https://anaconda.org/bioconda/viennarna/files與你系統(tǒng)符合的版本，下載下來（格式為：*.tar.bz2），然后不要解壓，用conda直接安裝你下載的文件

然后解壓你下載的Crackling，我下載的是tar.gz的格式，所以用以下命令解壓

然后進(jìn)入加壓后的目錄執(zhí)行一下命令

安裝完成后，就可以根據(jù)基因組文件來找到你想用的pam序列了。