一、run命令使用技巧，多次run正確寫法

run命令是lammps模擬中必不可缺的一個(gè)命令，主要功能是設(shè)定運(yùn)算步數(shù)并啟動(dòng)運(yùn)算。

最常見的命令是run+步數(shù)，其實(shí)，run命令還有更高級(jí)的應(yīng)用，下面分類介紹run命令的用法。

（1）運(yùn)行N步：run?N

run+步數(shù)是用的最多的一條命令，主要功能是運(yùn)行N步。

例如，run?1000?指在當(dāng)前狀態(tài)下繼續(xù)運(yùn)行1000步。

還有一個(gè)比較特殊的用法是：run?0

run?0功能是在不啟動(dòng)積分運(yùn)算的情況下，計(jì)算熱力學(xué)信息，此功能可用來進(jìn)行熱力學(xué)變量的初始化，如壓力、溫度等。

（2）運(yùn)行到N步：run?N?upto

加關(guān)鍵詞upto，表示從當(dāng)前步數(shù)開始，運(yùn)行到第N步結(jié)束。

例如，當(dāng)前步數(shù)為100步，run?300?upto?的意思是從第100步開始，運(yùn)行到第300步，這個(gè)run語句實(shí)際運(yùn)行步數(shù)為200步。

（3）run?N?start?N1?stop?N2

這個(gè)命令表示從N1到N2步數(shù)內(nèi)，運(yùn)算N步。例如

（1）fix?????????1?all?nvt?200.0?300.0?1.0
（2）run?????????1000?start?0?stop?10000
（3）run?????????1000?start?0?stop?10000
（4）...
（5）run?????????1000?start?0?stop?10000
上面這段代碼每一個(gè)run命令運(yùn)行1000步，10個(gè)run共運(yùn)行10000步，在這10000步運(yùn)行過程中，溫度從200K到300K線性變化。

與之類似的命令：
（1）fix?1?all?nvt?200.0?300.0?1.0
（2）run?1000
（3）run?1000
（4）...
（5）run?1000
這種寫法，每運(yùn)行1000步，都要重新開始，按照系綜的設(shè)置從200->300K進(jìn)行升溫，運(yùn)行的結(jié)果類似下圖：

(4)?run?N?every?N1?command

共運(yùn)行N步，每隔N1步執(zhí)行一一次command命令，例：

（1）run?6000?every?2000?"print?'Coord?=?$q'"

共運(yùn)行6000步，每2000步在屏幕上輸出一行提示。

這個(gè)命令和下面的寫法效果是一樣的：
（1）variable?q?equal?x[100]
（2）run?2000
（3）print?"Coord?=?$q"
（4）run?2000
（5）print?"Coord?=?$q"
（6）run?2000
（7）print?"Coord?=?$q"
以上是run命令的簡(jiǎn)單介紹

二、restart重啟計(jì)算命令用法詳解

lammps提供了restart、write_restart命令保存模擬文件、read_restart命令讀取模擬文件，利用好這三個(gè)命令能夠最大程度地避免因斷電、死機(jī)等意外造成的影響。

對(duì)于比較大的體系，馳豫時(shí)間也比較長(zhǎng)，在模型馳豫之后保存restart文件，在后續(xù)的模擬過程中（比如不同應(yīng)變速率的拉伸模擬），直接讀取rstart文件進(jìn)行拉伸即可，不需要再進(jìn)行馳豫，提高了模擬效率。

1.?基本原理

restart、write_restart命令能夠把當(dāng)前模擬的信息保存到一個(gè)二進(jìn)制文件中，如原子的速度、體系的溫度、原子的坐標(biāo)等，下一次讀取這個(gè)二進(jìn)制文件可以延續(xù)之前的模擬過程繼續(xù)進(jìn)行模擬運(yùn)算。

比如在第1000步保存了restart.1000文件，在運(yùn)行到第1100步時(shí)斷電，重新開機(jī)之后就可以直接讀取restart.1000文件繼續(xù)運(yùn)算，結(jié)果和正常運(yùn)算幾乎沒有差別。

保存restart文件有兩種方式：周期性保存和一次性保存。

2.?restart命令：周期性保存

restart命令可以每隔多少步保存一次restart文件，如每隔1000步保存一次：restart?1000?restart.equil
生成文件有：restart.equil.0、restart.equil.1000、restart.equil.2000、……

3.?write_restart命令：一次性保存

周期性保存文件，產(chǎn)生文件較多，在能量最小化或者馳豫階段，一般只需要在馳豫結(jié)束保存一個(gè)restart文件即可。

這時(shí)候可以在弛豫代碼后面使用write_restart命令，如：write_restart?restart.equil

4.?read_restart命令：讀取文件

重啟模擬比較簡(jiǎn)單，使用方法和read_data命令類似：read_restart?restart.equil
需要注意的是，并不是所有的模擬信息都保存在restart.equil文件中。

比如fix命令就需要在新的模擬文件中重新設(shè)置，官方手冊(cè)已經(jīng)列舉的很全面，有需要可以查查手冊(cè)。