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2023.7.11華中農(nóng)業(yè)大學(xué)全英文選修課程生物技術(shù)中的微生物學(xué)課程第二節(jié)課程要點(diǎn)

2023-07-14 16:51 作者:bili_98021355651  | 我要投稿

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對于組成細(xì)胞的主要分子類型,包括蛋白質(zhì)、碳水化合物、脂質(zhì)、核酸等進(jìn)行了介紹。介紹了PCR(聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng))技術(shù)中如何檢驗(yàn)PCR反應(yīng)是否成功,通過做瓊脂糖凝膠電泳來檢測DNA是否存在。介紹了瓊脂糖凝膠電泳的制備方法,以及通過觀察瓊脂糖凝膠電泳的孔洞得出DNA是否存在的結(jié)論。講解了組成蛋白質(zhì)的氨基酸中有些帶正電荷,有些帶負(fù)電荷,蛋白質(zhì)本身也可以帶有正電荷或負(fù)電荷,這對于后續(xù)蛋白質(zhì)分析方法的選擇有所幫助。


介紹了不同的分析方法,包括電泳、光譜法、質(zhì)譜法等,這些方法都是依據(jù)分子的性質(zhì)和特點(diǎn)來進(jìn)行分析的。講述了如何進(jìn)行聚丙烯酰胺凝膠電泳(Agarose Gel Electrophoresis)實(shí)驗(yàn),以檢測PCR反應(yīng)產(chǎn)物的大小。首先,在凝膠的頂部分成稱為“l(fā)anes”的小槽,將待檢測的DNA樣品放入其中。然后,通過給凝膠加電,使DNA樣品在凝膠中移動,根據(jù)DNA分子大小的不同,會在凝膠上出現(xiàn)不同的分離帶。為了可視化這些分離帶,需要加入一種熒光染料(如溴化乙錠),并在紫外線下觀察凝膠。通過比較DNA分子大小標(biāo)準(zhǔn)品(ladder)和PCR反應(yīng)產(chǎn)物的大小,可以確定PCR反應(yīng)是否成功,以及反應(yīng)產(chǎn)物的大小。此外,為了確保實(shí)驗(yàn)結(jié)果的準(zhǔn)確性,還需要進(jìn)行一些控制實(shí)驗(yàn),例如檢測DNA模板是否完好等。關(guān)于PCR實(shí)驗(yàn)和Agarose gel的應(yīng)用。實(shí)驗(yàn)中使用兩組引物來檢測病原體,并運(yùn)行陽性和陰性對照,以確保實(shí)驗(yàn)結(jié)果準(zhǔn)確。在Agarose gel中,檢測到的DNA條帶可用于判斷樣本是否感染了病原體。此外,討論了plasmid的分析和常用的酶切方法。實(shí)驗(yàn)中需要注意控制實(shí)驗(yàn),包括陽性和陰性對照。限制性內(nèi)切酶是一種重要的酶,可以切割DNA,但僅在特定的序列上切割。這些酶來自細(xì)菌。講了病毒如何通過注入基因組到細(xì)胞內(nèi)制造更多病毒來感染細(xì)胞,以及細(xì)菌如何進(jìn)化出限制酶系統(tǒng)來抵御病毒的感染。在生物技術(shù)中,我們利用限制酶來構(gòu)建質(zhì)粒。此外,還討論了瓊脂糖凝膠電泳的原理和濃度選擇,以及熒光原位雜交技術(shù)(FISH)的應(yīng)用。FISH是一種顯微鏡技術(shù),可以告訴我們核酸的定位。講解了Fluorescence in situ hybridization (FISH)技術(shù)的應(yīng)用和原理。FISH技術(shù)通常用于探究共生體在宿主體內(nèi)的分布、基因在染色體上的位置以及mRNA的局部化等方面。該技術(shù)利用具有熒光標(biāo)記的探針與目標(biāo)核酸的互補(bǔ)配對,通過顯微鏡觀察標(biāo)記的熒光信號來確定目標(biāo)核酸的位置。FISH技術(shù)的主要缺點(diǎn)是需要破壞細(xì)胞膜以使探針進(jìn)入細(xì)胞,因此需要犧牲細(xì)胞。


主要討論了分子生物學(xué)中的一些概念和技術(shù),包括同義詞、原位雜交(fish)、引物(primer)、限制性內(nèi)切酶(restriction enzyme)、環(huán)狀DNA(plasmid)、測序(sequencing)等。其中,對原位雜交的解釋是指特定引物或探針與樣品中的靶DNA序列結(jié)合,從而檢測出該序列的位置和數(shù)量;引物和探針的區(qū)別在于前者用于PCR反應(yīng),后者則用于原位雜交;限制性內(nèi)切酶可將DNA切割成特定的片段用于克隆,但若兩端的限制性內(nèi)切酶切口相互匹配,則可能會導(dǎo)致環(huán)狀DNA的重合;測序可分為Sanger測序和下一代測序,前者適用于對單一模板進(jìn)行測序,后者適用于對大量模板同時進(jìn)行測序。Sanger測序的原理是利用缺氧去氧核苷酸(ddNTPs)阻礙DNA鏈的延伸,從而讀取DNA序列。Sanger測序是一種測序DNA的方法,通過PCR反應(yīng)擴(kuò)增DNA的片段,然后通過一系列步驟,包括使用特殊的ddNTPs、尺寸排除柱、激光掃描等方式來測序DNA。Sanger測序生成的數(shù)據(jù)包括一個文本文件和一個色譜圖。色譜圖中,峰值的高度代表著DNA序列的強(qiáng)度,而出現(xiàn)多個峰值的情況說明該樣本是雜合的。Sanger測序技術(shù)的優(yōu)勢在于其可靠性和準(zhǔn)確性,但其測序長度有限,一般在1000bp以內(nèi)。

講述了核酸和蛋白質(zhì)的研究方法。其中,核酸的研究方法包括瓊脂糖凝膠電泳、FISH、Sanger測序和二代測序;蛋白質(zhì)的研究方法包括SDS-PAGE和Western Blot。在SDS-PAGE中,使用聚丙烯酰胺凝膠和SDS等試劑將蛋白質(zhì)變性并分離,通過電泳可得到不同大小的蛋白帶;而Western Blot是SDS-PAGE的加強(qiáng)版,可以使用特異性抗體檢測所需的蛋白質(zhì)。需要注意的是,SDS-PAGE并不能告訴你具體的蛋白質(zhì)是什么,需要通過LC-MS/MS等進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)確定;而Western Blot可以檢測到特定的蛋白質(zhì)。SDS-PAGE是一種蛋白質(zhì)分離的方法,可以用來檢測不同樣品中蛋白質(zhì)之間的差異。Western blot是一種檢測特定蛋白質(zhì)的方法,適用于已知蛋白質(zhì)名稱并能夠找到對應(yīng)抗體的情況。Western blot的步驟包括:1)進(jìn)行SDS-PAGE;2)將蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)移到膜上;3)加入一種主抗體,使其識別并結(jié)合目標(biāo)蛋白質(zhì);4)加入一種次抗體,使其結(jié)合主抗體并產(chǎn)生信號??贵w是免疫系統(tǒng)的一部分,可以識別和結(jié)合到病原體表面的蛋白質(zhì),從而幫助身體識別和消滅病原體。Western blot的結(jié)果通常用抗體名稱標(biāo)記,并且可以確定哪個樣品中含有目標(biāo)蛋白質(zhì)。在實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)中需要考慮的因素,例如實(shí)驗(yàn)成本、靈敏度、實(shí)驗(yàn)周期等。接著,提到了兩個檢測樣本中微生物存在的實(shí)驗(yàn)場景,討論了如何在沒有基因組信息的情況下設(shè)計(jì)PCR引物,以及如何選擇PCR擴(kuò)增的目標(biāo)基因。研究對象是細(xì)菌的核糖體基因,這些基因是高度保守的,如果突變會導(dǎo)致細(xì)胞死亡,因此選擇這些基因作為研究對象。可以通過多個相關(guān)基因組進(jìn)行比對,找到高度保守的區(qū)域,然后設(shè)計(jì)PCR引物。在檢測質(zhì)粒是否含有插入物時,可以選擇使用瓊脂糖凝膠電泳的方法,以質(zhì)粒本身作為陰性對照。

關(guān)于實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)分析及結(jié)果判讀的討論。以下:實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)分析需要多個實(shí)驗(yàn)的支持,以提高結(jié)果的可信度。在凝膠電泳實(shí)驗(yàn)中,通過觀察DNA條帶的數(shù)量和大小,可以判斷DNA的形態(tài)和大小。如果實(shí)驗(yàn)成功,DNA條帶應(yīng)該比陰性對照還要大,出現(xiàn)“上移”的現(xiàn)象。通過測序和限制性酶切分析等多種方法,可以進(jìn)一步驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)結(jié)果的正確性。多個實(shí)驗(yàn)結(jié)果一致可以提高結(jié)果的可信度,讓實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)更具有說服力。在科研中,要盡可能做多個實(shí)驗(yàn),以確保結(jié)果的準(zhǔn)確性和可靠性。


確定未知基因的功能是分子生物學(xué)研究中常見的問題。有幾種實(shí)驗(yàn)技術(shù)可用于確定未知基因的功能。一種方法是使用基因敲除或基因沉默技術(shù)來觀察對細(xì)胞過程或表型的影響。另一種方法是使用生物信息學(xué),根據(jù)未知基因的序列和同源性預(yù)測其功能。此外,可以在不同條件下分析基因表達(dá)或蛋白質(zhì)水平,以獲得有關(guān)其功能的見解。功能測定,如酶測定或蛋白質(zhì)相互作用測定,也可用于確定基因產(chǎn)物的生化功能。



討論了如何研究一個基因的功能。Blast算法是用于比對基因序列并推測其功能的一種方法。對于研究基因的功能,可以通過突變基因并觀察表型變化的方法來進(jìn)行反向遺傳學(xué)研究。對于研究蛋白質(zhì)的功能,可以通過制備抗體并進(jìn)行免疫熒光實(shí)驗(yàn)來確定其位置,從而推測其功能。表達(dá)基因并制備蛋白質(zhì)是研究蛋白質(zhì)功能的重要手段。研究一個基因的功能需要進(jìn)行多個實(shí)驗(yàn),形成一個完整的實(shí)驗(yàn)流程,最終推斷其功能。還有其他方法可以用于研究基因和蛋白質(zhì)的功能,例如研究轉(zhuǎn)錄本表達(dá)等。


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