日本歷史上共有三個幕府：鐮倉幕府、室町幕府、江戶幕府。有意思的是，鐮倉幕府的統(tǒng)治中心鐮倉和江戶幕府的統(tǒng)治中心江戶都位于日本的關東平原，只有室町幕府的統(tǒng)治中心位于大阪平原的京都。那么日本的室町幕府為什么要把統(tǒng)治中心設在京都呢？

元統(tǒng)元年（1333年），鐮倉幕府被以后醍醐天皇為盟主的倒幕聯(lián)盟滅亡。后醍醐天皇成為擁有全國最高實權的天皇，也是幕府時代唯一擁有全國最高實權的天皇。后醍醐天皇倒幕后改元建武（東漢第一個年號）并推行改革，妄圖像漢光武帝一樣中興大和王朝。

然而后醍醐天皇的“建武新政”基本是開歷史的倒車，特別是嚴重損害了主導日本社會的武士階層的利益。因此后醍醐天皇的“建武新政”只實行了不到一年就問題頻出，而對后醍醐天皇徹底失望的大部分武士逐漸匯聚到武家領袖足利尊氏的麾下，準備再建幕府。

建武二年（1335年），足利尊氏對后醍醐天皇舉起反旗。四月，足利尊氏攻入京都迫使后醍醐天皇退位并被軟禁，足利尊氏擁立光明天皇登基，自己控制實權，室町幕府實際上建立了。后醍醐天皇雖然看不清歷史大趨勢，但卻是一個屢敗屢戰(zhàn)的不服輸之人。

建武二年（1335年）十二月，后醍醐天皇逃出京都，在京都以南的吉野山復位。這樣一來，京都有個天皇朝廷，吉野還有個天皇朝廷，兩個天皇都自稱合法。于是人們將京都的天皇朝廷稱為“北朝”，吉野的天皇朝廷稱為“南朝”，日本歷史正式進入南北朝時代。

吉野山距離京都只有不到六十公里，南朝的主力大軍一兩天之內就能殺到京都，導致足利尊氏必須在京都部署大量武士和軍隊。由于室町幕府的大名聯(lián)合體本質，只有幕府將軍能勉強統(tǒng)率部署京都的武士和軍隊。無奈之下，足利尊氏只得把幕府的統(tǒng)治中心放在京都。

而在武士的“龍興之地”關東平原，足利尊氏設置了名為“鐮倉公方”的“微縮版征夷大將軍”。幕府將軍由嫡長子足利義詮及其子孫世襲，鐮倉公方則有嫡次子足利基氏及其子孫世襲。足利尊氏的安排導致室町幕府此后是雙將軍并立，幕府中央只能統(tǒng)治大半個日本。

洪武二十五年（1392年），室町幕府三代將軍足利義滿統(tǒng)一南北朝，南朝對京都的威脅基本解除。但由于鐮倉公方的存在和幕府高層已經在京都形成了利益關系網，室町幕府的統(tǒng)治中心只能繼續(xù)設在京都，室町幕府的統(tǒng)治中心直到滅亡也沒有離開近畿。