注意1:當(dāng)?shù)?、磷、鉀總含量超過8%時(shí)，與細(xì)菌混合會抑制細(xì)菌的活性。細(xì)菌與肥料混合使用時(shí)，一定要注意肥料中氮、磷、鉀的總養(yǎng)分不能超過8%，這樣會抑制細(xì)菌的活性。如果氮、磷、鉀總養(yǎng)分大于8%，建議摻入。目前一些廠家的復(fù)合微生物肥料中氮、磷、鉀總養(yǎng)分達(dá)到10%以上，有的甚至達(dá)到25%以上，對于一般菌株會降低細(xì)菌活性，甚至造成部分死亡。但如果廠家選擇的是耐化肥的菌株，就能保證細(xì)菌的肥效。

　　注意2：不要將功能菌肥與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥(如硫酸鉀等)以及稻草灰混合用。因?yàn)槲覀冞@些藥、肥，很容易可以殺死一個(gè)生物菌?；蛘呦仁┚剩?8小時(shí)后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子進(jìn)行混合系統(tǒng)使用。還應(yīng)具有防止與未腐熟的農(nóng)家肥混肥。

　　注意3: 對于已施用多年化肥的農(nóng)田，施用生物細(xì)菌肥料并不能顯著減少化肥和有機(jī)肥的用量，由于農(nóng)作物依賴化肥，以生物細(xì)菌肥料取代化肥并不適合一次性使用。因此，在第一年、第二年和第三年應(yīng)分別以30% 、40% 和60% 的替代量進(jìn)行更換。

　　注意4:關(guān)于施用方法，建議采用溝施、窩施，菌肥一定要蓋在土里，避免陽光直射，紫外線會殺菌;另外，不建議施用微生物肥料，因?yàn)橛盟♂尯缶簳粵_走，影響施用后的效果。對于含硫量高的土壤和銹跡斑斑的水田，不適宜施用生物菌肥，因?yàn)榱蚰軞⑺郎锛?xì)菌。對于水煮稻田，一般不需要噴灑，噴灑效果會更好。

　　注意5: 高溫太高，太低，農(nóng)田干旱條件下不建議施用微生物肥料。

　　注意6:微生物肥料必須根據(jù)作物選擇。比如對于大田作物，比如水稻、玉米、小麥，建議選擇復(fù)合微生物肥料。由于復(fù)合微生物肥料含有細(xì)菌、氮、磷、鉀養(yǎng)分和有機(jī)質(zhì)，使用更方便;在單獨(dú)使用氮肥、磷肥或鉀肥的地塊，可配合使用微生物菌劑，促進(jìn)生長，抗病抗蟲;對于果蔬，建議使用生物有機(jī)肥來改善果蔬的口感和品質(zhì)。