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KEGG Pathway 功能繪制通路圖

2023-01-12 14:44 作者:百泰派克生物科技 0人讀過 | 我要投稿

KEGG全稱為Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，它是日本京都 Kanehisa Laboratories閱讀文獻(xiàn)手工整理的一個(gè)龐大的數(shù)據(jù)庫(kù)，始建于1995年。其中包括文獻(xiàn)報(bào)道過的信號(hào)通路、基因、疾病、藥物等信息，是國(guó)際上常用的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)之一，以"理解生物系統(tǒng)的高級(jí)功能和實(shí)用程序資源庫(kù)"著稱。

在分子實(shí)驗(yàn)過程中，KEGG Pathway的分析是其中的研究重點(diǎn)，那么繪制一張跟實(shí)驗(yàn)相關(guān)的核心通路圖就成為很多研究者頭疼的事情了，今天小編就帶大家使用KEGG Pathway功能繪制通路圖。

為了幫助大家更好的理解操作過程，小編在在這里以cell apoptosis為例來制作相關(guān)的信號(hào)通路圖。假設(shè)研究人員通過western blot或者質(zhì)譜的檢測(cè)手段，發(fā)現(xiàn)在某種處理情況下，幾個(gè)與cell apoptosis密切相關(guān)的蛋白質(zhì)的表達(dá)水平發(fā)生了明顯的變化，因此研究人員想要進(jìn)一步繪制這幾個(gè)蛋白質(zhì)在apoptosis信號(hào)通路中具體上下游關(guān)系圖，便可以使用KEGG Pathway功能來操作。

１.首先打開KEGG主頁(yè)：http://www.kegg.jp/，點(diǎn)擊下圖框中的KEGG PATHWAY鏈接。

2. 在搜索框內(nèi)輸入關(guān)鍵詞cell apoptosis，對(duì)KEGG整理的cell apoptosis信號(hào)通路相關(guān)內(nèi)容進(jìn)行查詢。

3. 在KEGG查詢結(jié)果中，選擇cell apoptosis 相近的選項(xiàng)，即apoptosis。點(diǎn)擊apoptosis對(duì)應(yīng)的Entry－map04210

4. 結(jié)果顯示了所有與apoptosis相關(guān)的研究?jī)?nèi)容，包括對(duì)apoptosis的描述，參與apoptosis代謝通路的蛋白質(zhì)，以及與apoptosis相關(guān)的疾病等。

5. 點(diǎn)擊上圖代謝通路下面的ortholog table，可以進(jìn)一步獲得所有代謝通路中描繪的蛋白質(zhì)的信息，結(jié)果如下。其中包括了TNFSF10，TNFRSF0，TNF等蛋白，除此之外，每個(gè)蛋白質(zhì)都有對(duì)應(yīng)的K打頭的編號(hào)，這些編號(hào)都是KEGG對(duì)每個(gè)蛋白質(zhì)的特定編號(hào)。例如蛋白BID對(duì)應(yīng)的編號(hào)是K04726，BAX對(duì)應(yīng)的編號(hào)是K02159。我們可以根據(jù)這些編號(hào)可以一一查找對(duì)應(yīng)各個(gè)蛋白，并對(duì)蛋白進(jìn)行編輯。這些編號(hào)在接下來的工作中也會(huì)再次用到。

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6. 回到圖4的通路圖，點(diǎn)擊map04210，會(huì)出現(xiàn)相應(yīng)的信號(hào)通路機(jī)制圖。這個(gè)機(jī)制圖標(biāo)注apoptsis相關(guān)的蛋白質(zhì)，以及蛋白質(zhì)之間的上下游調(diào)控關(guān)系，我們可以根據(jù)之前western blot或質(zhì)譜檢測(cè)的蛋白質(zhì)水平結(jié)果，在這幅圖上用不同的顏色對(duì)相應(yīng)蛋白進(jìn)行標(biāo)注。

首先, 點(diǎn)擊下圖方框中的User data mapping，在出現(xiàn)的新窗口中，按照指示輸入蛋白編號(hào)加上添加的顏色，例如，輸入BID blue指令，可以把信號(hào)通路中所有的BID標(biāo)記成藍(lán)色（在這里藍(lán)色代表蛋白水平下降）。當(dāng)然，也可以使用紅色代表蛋白水平上調(diào)，或者其他顏色來代表不同種類的蛋白翻譯后修飾等。