ORF與CDS

ORF：open reading frame（開放閱讀框）

ORF定義1：一個(gè)ORF是指一段能夠被3整除的序列，并且包含起始密碼子和1個(gè)終止密碼子（start/stop）。?

定義2：一個(gè)ORF是指一段能夠被3整除的序列，以終止密碼子為頭尾（stop/stop）。

定義3：一個(gè)ORF是指一段被受體和供體的剪切位點(diǎn)所分隔的序列。

ORF與基因的關(guān)系?

ORF是完整基因序列的一部分，一個(gè)完整基因包括ORF序列以及非編碼序列。ORF可作為一個(gè)潛在蛋白質(zhì)編碼基因的指示器，但是預(yù)測(cè)的ORF并不一定是基因。例如，一個(gè)典型的細(xì)菌基因組中已注釋基因的數(shù)目遠(yuǎn)低于ORFs數(shù)目，前者約103至104，而后者可達(dá)到104至105。很好理解，畢竟ORFs的數(shù)目只是統(tǒng)計(jì)的潛在的編碼基因數(shù)目，stop codon與stop codon所包含的區(qū)域并不一定能對(duì)應(yīng)已知基因，因此ORFs相較于已知注釋基因會(huì)更多。

CDS：coding sequences （編碼區(qū)）

CDS就是與蛋白質(zhì)序列一 一對(duì)應(yīng)的DNA序列，且該序列中間不含其它非該蛋白質(zhì)對(duì)應(yīng)的序列，不考慮mRNA加工等過程中的序列變化，總之，就是與蛋白質(zhì)的密碼子完全對(duì)應(yīng)。

啟動(dòng)子&起始密碼子

啟動(dòng)子：活化RNA聚合酶。

起始密碼子：作為多肽鏈合成的起始信號(hào)，同時(shí)編碼一種氨基酸；既編碼甲硫氨酸，又作為多肽鏈合成的起始信號(hào)。

原理差異：

1、啟動(dòng)子：含有RNA 聚合酶特異性結(jié)合和轉(zhuǎn)錄起始所需的保守序列，多數(shù)位于結(jié)構(gòu)基因轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)的上游，啟動(dòng)子本身不被轉(zhuǎn)錄。

2、起始密碼子：起始密碼子結(jié)合到一個(gè)與甲硫氨酸一tRNA相同的3’UAC5’反密碼子的甲酰甲硫氨酸一tRNA上．也就是說，甲硫氨酸一tRNA和甲酰甲硫氨酸一tRNA都是由AUG編碼．但是起始氨基酸的信號(hào)要比所有其他氨基酸的信號(hào)復(fù)雜得多。

終止子&終止密碼子

終止子：轉(zhuǎn)錄過程中能夠終止RNA聚合酶轉(zhuǎn)錄的DNA序列。使RNA合成終止。

終止密碼子：蛋白質(zhì)翻譯過程中終止肽鏈合成的信使核糖核酸(mRNA)的三聯(lián)體堿基序列。一般情況下為UAA、UAG和UGA，它們不編碼氨基酸。

原理差異：

1、終止子為結(jié)構(gòu)基因非編碼區(qū)的DNA序列，分別位于編碼區(qū)的上游河下游，終止密碼子位于信使核糖核酸分子中。

2、終止密碼子長(zhǎng)度只含三個(gè)堿基，終止子長(zhǎng)度遠(yuǎn)不止三個(gè)堿基。

3、終止子與基因的轉(zhuǎn)錄過程相關(guān)聯(lián)，終止密碼子與mRNA的轉(zhuǎn)譯過程相關(guān)聯(lián)。

轉(zhuǎn)錄因子

轉(zhuǎn)錄因子：一群能與基因5`端上游特定序列專一性結(jié)合，從而保證目的基因以特定的強(qiáng)度在特定的時(shí)間與空間表達(dá)的蛋白質(zhì)分子，這些蛋白質(zhì)能調(diào)控其基因的轉(zhuǎn)錄。調(diào)控方法是轉(zhuǎn)錄因子可以調(diào)控核糖核酸聚合酶（RNA聚合酶，或叫RNA合成酶）與DNA模板的結(jié)合。

UTR（Untranslated Regions，非翻譯區(qū)）

UTR：是信使RNA（mRNA）分子兩端的非編碼片段。
5'-UTR從mRNA起點(diǎn)的甲基化鳥嘌呤核苷酸帽延伸至AUG起始密碼子。3'-UTR從編碼區(qū)末端的終止密碼子延伸至多聚A尾巴（Poly-A）的前端。
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周佳玉 | 文案

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