前面的推文介紹了一下Multi-omics Hammer軟件的Genome_relate工具箱，本篇就接著前面的推文繼續(xù)介紹如何使用Genome_relate工具箱進(jìn)行基因或轉(zhuǎn)錄本序列的提取。

一?功能開發(fā)

基因或轉(zhuǎn)錄本序列的提取是生物實(shí)驗(yàn)中必不可少的技能。無(wú)論是做進(jìn)化樹分析、同源序列查找、引物設(shè)計(jì)等分析時(shí)，均可能需要批量提取基因或者轉(zhuǎn)錄本序列。因此，本軟件結(jié)合這一需求，并在原有基因序列提取的基礎(chǔ)上，額外增添了轉(zhuǎn)錄本提取的功能，以方便大家使用。

二?軟件調(diào)用

介紹完上述功能需要解決的問(wèn)題，下面便介紹如何通過(guò)軟件完成相關(guān)分析。

2.1?我們需要先打開‘Genome_relate’選項(xiàng)，如圖1所示。

那么，我們就可以看見我們的Genome_relate對(duì)話框了（圖2）。這一對(duì)話框運(yùn)算部分提供了兩個(gè)選項(xiàng)，分別是‘is save’和‘simple alig?’選項(xiàng)。如果復(fù)選框勾選了‘simple alig?’選項(xiàng)，用戶就可以將數(shù)據(jù)直接輸入到比對(duì)文件對(duì)話框和背景文件對(duì)話框中即可。注意：這兩個(gè)對(duì)話框如果直接將文件拖入，則會(huì)直接讀取文件的內(nèi)容，并展示前100行的數(shù)據(jù)。而結(jié)果文件對(duì)話框則只會(huì)顯示文件的路徑。因?yàn)?，已?jīng)提供了結(jié)果預(yù)覽部分。最后，最重要的選項(xiàng)就是‘process’選項(xiàng)了，點(diǎn)擊后即可直接進(jìn)行運(yùn)算。除了上述選項(xiàng)外，本軟件的其他界面部分也將以行為主進(jìn)行逐一介紹。

多選框：可以選擇序列長(zhǎng)度統(tǒng)計(jì)（Count_sequence_length）、序列提?。╡xtract_sequence）、進(jìn)化樹名稱修改（ptree_rename）和基因名批量修改（fasta_rename）。

Matching files：需要統(tǒng)計(jì)的文件。

Search file：用于檢索的文件（文件的內(nèi)容為需要批量提取的基因或者轉(zhuǎn)錄本名稱）

Result Preview：結(jié)果預(yù)覽。

Output files:?指定用于輸出的文件。

另外，為了方便用戶了解這一功能，本軟件也提供了示例文件，通過(guò)點(diǎn)擊圖2的‘load test’選項(xiàng)即可加載示例數(shù)據(jù)。隨后，點(diǎn)擊‘process’即可得出結(jié)果。當(dāng)然，用戶也可以直接將文件拖入進(jìn)入相應(yīng)的為對(duì)話框（輸入文件對(duì)話框）。如圖3和圖4示，用戶可以直接將數(shù)據(jù)框文件和查找文件分別拖入到相應(yīng)的對(duì)話框中，軟件也會(huì)自動(dòng)識(shí)別并加載數(shù)據(jù)。需要注意的是，圖3中兩列是基因名，而另外兩列則是轉(zhuǎn)錄本名稱（基因名-空格-轉(zhuǎn)錄本）。

如果想要提取轉(zhuǎn)錄本，那么所提供的數(shù)據(jù)庫(kù)中需要包含轉(zhuǎn)錄本的名稱與序列信息。

點(diǎn)擊圖4的方框5即可運(yùn)行程序完成序列提取。這里需要提到的是，如果僅僅提供基因名，那么該基因所包含的所有轉(zhuǎn)錄本都會(huì)提取出來(lái)。而如果僅僅包含轉(zhuǎn)錄本名稱，那么序列提取部分僅為轉(zhuǎn)錄本序列。如下圖5中方框6所示。

三 慣例小結(jié)

除了提供基因或轉(zhuǎn)錄本序列提取外，本套件還有其他功能，也將在接下來(lái)的推文中一一介紹。如果讀者覺得還有什么功能需要實(shí)現(xiàn)，也可直接通過(guò)公眾號(hào)留言。不過(guò)還是那句話，改進(jìn)的進(jìn)度可能要全憑本人時(shí)間安排，無(wú)法強(qiáng)求（因?yàn)橹鳂I(yè)更重要）。

本公眾號(hào)開發(fā)的相關(guān)軟件，Multi-omics Hammer軟件和Multi-omics Visual軟件歡迎大家使用。文末是本公眾號(hào)在其他平臺(tái)的賬戶，也歡迎大家關(guān)注并多提意見。

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另外，怎么說(shuō)呢，投幣也可，不強(qiáng)求，但奢求。