小光被傳送到黑暗之海，阿武喚醒小光，兩人徽章合體，黑暗之海的深潛者消失，但是從黑暗之海來的魔藤順著回去的路伸向了現(xiàn)實(shí)世界。

魔藤進(jìn)入學(xué)校，送信息庫中盜取了被選召孩子們的信息，予以刪除。不過被恒常性的力量阻止，魔藤消失，名單被封鎖進(jìn)時(shí)間寶箱，通過孩子們的徽章并沒有打開，于是大家才知道第九枚徽章的重要性。正巧一乘寺賢回來了，九枚徽章開啟寶箱，大家得知未來的消息。

美美決定毀掉名單，防止美諾瓦下手。但是阿和說時(shí)空是不會(huì)更改的，為了保證孩子們的安全，名單上的孩子被保護(hù)了起來。

所有的孩子還是跟美諾瓦相遇了，但是事情就是這樣，美諾瓦給每個(gè)人注入了消除意志的藥物，大家忘記了未來的事情。在得知和數(shù)碼寶貝分離的時(shí)候，美美第一個(gè)就暈倒了。美諾瓦還以為是自己成功了，沾沾自喜。后來，大家解散后，美美依舊躺著，美諾瓦的想法被光子郎猜到并阻止。不料在調(diào)查黎明女神獸的時(shí)候，美美和光子郎還是被奪走了意識(shí)，但是這個(gè)計(jì)劃其他人都不知曉。

太一拿到了定位，開始了戰(zhàn)斗，第一次戰(zhàn)斗未果。在希望和光明的徽章融合下，新數(shù)碼寶貝寶貝登場(chǎng)，斬殺了黎明女神獸。

最后，美諾瓦失敗了，拿出手中石化的神圣計(jì)劃，大家決定幫助美諾瓦找回?cái)?shù)碼寶貝，所以一直在搜尋不通過神圣計(jì)劃進(jìn)入數(shù)碼世界的辦法，那是他們最后的機(jī)會(huì)

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