整理自cryosparc官網(wǎng)，記錄了需要更改默認(rèn)值的設(shè)置。后續(xù)有變動(dòng)再增補(bǔ)。

#后是個(gè)人經(jīng)驗(yàn)，不一定準(zhǔn)確。

Patch motion

Patch CTF?

默認(rèn)不變

Blob pick調(diào)diameter 和 min separation dist

Extract：

? 1.5-2 倍diameter挑

#關(guān)于diameter，下面取一個(gè)例子

某受體G蛋白復(fù)合物長(zhǎng)134A

寬90A，那么顆粒半徑按6.5nm

1.75*65/0.832=273

之前用的256或288都可以

?

2D：

? Force Max over poses/shifts關(guān)閉

? Number of iterations 提高，多于20? #在使用時(shí)發(fā)現(xiàn)，有時(shí)候較少輪次特征明顯，一般用于低分辨數(shù)據(jù)或者較少類顆粒的分離，難以解析高分辨結(jié)構(gòu)。

? Batch size 400

? Circular mask diameter，使用 #如上面例子，170或200都行，需要試

Mask：

?先設(shè)置soft padding width，使足夠smooth,并且覆蓋想要的區(qū)域，再設(shè)置threshold value and dilation radius?

mask不要太緊，不要相似于蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)。

Particle substraction

?極少數(shù)情況適用，極不推薦subtract micell(非常符合我的實(shí)踐），一大一小兩個(gè)rigid部分，subtract大的部分可以提高小的部分的分辨率，如果顆粒對(duì)齊的足夠好，可以準(zhǔn)確移去大亞基的信號(hào)。

Initial

Initial / maximum resolution設(shè)置9-7A

Non-uniform refinement

?Initial lowpass 這個(gè)填一個(gè)較小的數(shù)值，例如15，可以改善分辨率。

?Static masking，小蛋白動(dòng)態(tài)mask差，用這個(gè)靜態(tài)。

Local refinement

? mask必須softly padded，尤其是在切割密度時(shí)