組織是由多種細(xì)胞組成的復(fù)雜環(huán)境。在癌癥中，了解腫瘤微環(huán)境中細(xì)胞的異質(zhì)性是一個(gè)新興的研究領(lǐng)域。近年來已經(jīng)發(fā)表了許多方法，用于組織表達(dá)譜中細(xì)胞亞群的計(jì)數(shù)。然而，現(xiàn)有的方法存在三個(gè)主要問題：基于有限來源的基因集推斷細(xì)胞子集；僅顯示部分描述細(xì)胞的完全異質(zhì)性；以及混合組織中的驗(yàn)證不足。

xCell作者整合了FANTOM、ENCODE、Blueprint、GEO數(shù)據(jù)庫共1822個(gè)純?nèi)祟惣?xì)胞型轉(zhuǎn)錄組，既包括RNA-seq也有Array-based數(shù)據(jù)，使用單樣本GSEA（ssGSEA）分析方法對每個(gè)樣本進(jìn)行評分，獲得每個(gè)樣本最可靠的特征集（gene signature），共生成了489個(gè)特征。然后建模評估樣本表達(dá)譜與特征之間的關(guān)聯(lián)。隨著大規(guī)模細(xì)胞計(jì)數(shù)等單細(xì)胞技術(shù)的最新進(jìn)展，腫瘤微環(huán)境的系統(tǒng)化研究是可行的。因此本軟件通過基于組織樣本的基因表達(dá)譜，結(jié)合R語言中的xCell包，估算出各個(gè)組織樣本的64中免疫細(xì)胞富集分?jǐn)?shù)，以此來代表組織中免疫細(xì)胞的相對含量，通過結(jié)合不同樣本表型，即可知道不同表型下是否存在組織免疫細(xì)胞浸潤差異。用戶只需要輸入基因表達(dá)矩陣、樣本的表型信息以及64種細(xì)胞所屬的細(xì)胞亞群，軟件將自行計(jì)算出各個(gè)樣本組織中的不同免疫細(xì)胞的相對含量，同時(shí)結(jié)合樣本分組繪制不同組別下免疫細(xì)胞浸潤含量的表達(dá)分布小提琴圖和熱圖。

使用方法：

?????? Rscript ?xcell.R? -Eset= ?-case= ?-control= ?-group_file= ?-cell_type=?

參數(shù)說明：

USAGE:

xcell.r -Eset=-case=-control=-group_file=-cell_type=

PARAMETERS:

??????? -Eset?? the gene expression matrix ,gene as row,sample as column ,input csv format.

??????? -case?? the name of the case,string.

??????? -control??????? the name of the control,string.

??????? -group_file???? the sample classification labels ,the first column is sample name which is consistent with Eset column in order,the second column is the classification labels whith named "group", input txt table format.

??????? -cell_type????? the subgroup of diffrent cell types,the first column is cell fullname ,the second? column is cell type ,the third column is subgroup of cells, input txt table format.

操作步驟：

?????? 1、打開命令行界面，輸入“Rscript ?xcell.r”調(diào)閱幫助文檔，確定該程序所需的輸入文件。

?????? 2、用戶根據(jù)幫助文檔中的參數(shù)說明內(nèi)容，對參數(shù)進(jìn)行設(shè)置。這里，必須輸入?yún)?shù)有5個(gè)，分別是-Eset，表示基因表達(dá)矩陣文件，以基因?yàn)樾?，樣本為列，保存為csv文件；-case 表示疾病組分組名稱，字符型，注意要和group_file 中保持一致，例如"septic_shock"；-control表示對照組分組名稱，字符型，注意要和group_file 中保持一致，例如"healthy"；-group_file表示樣本表型信息，包含兩列，第一列為樣本名稱，順序必須和基因表達(dá)矩陣的樣本一致，第二列為對應(yīng)的表型分組，并且表頭設(shè)置為”group”； -cell_type 表示各個(gè)免疫細(xì)胞所屬的細(xì)胞亞群，共三列，第一列為細(xì)胞全稱，第二列為細(xì)胞縮寫，名字和xCell中內(nèi)置的一致，第二列為細(xì)胞所屬的亞群名稱，該文件為固定文件，程序運(yùn)行只需要將該文件拷貝過去，直接進(jìn)行利用，不需要自己制作。

?????? 3、完成參數(shù)提交后，按下回車鍵，整個(gè)程序即正式開始進(jìn)入執(zhí)行。每步執(zhí)行內(nèi)容都會給出提示。程序執(zhí)行完畢后，界面會顯示”Program execution is completed"結(jié)束語。

結(jié)果展示：

1. Heatmap.pdf

該圖表示各個(gè)免疫細(xì)胞在各個(gè)樣本中的相對浸潤豐度熱圖，最上邊不同顏色橫條表示不同表型的樣本，最左邊不同顏色表示不同細(xì)胞亞群，圖中的顏色從綠到黃紅表示細(xì)胞含量從低到高

2. Epithelial_Xcell_score.pdf

該圖表示Epithelial細(xì)胞亞群中各個(gè)免疫細(xì)胞在各組表型樣本中的相對含量小提琴圖，不同顏色表示不同的樣本表型，該圖添加了顯著性p.value值

3. HSC_Xcell_score.pdf

該圖表示HSC細(xì)胞亞群中各個(gè)免疫細(xì)胞在各組表型樣本中的相對含量小提琴圖，不同顏色表示不同的樣本表型，該圖添加了顯著性p.value值

4. Lymphoid_Xcell_score.pdf

該圖表示Lymphoid細(xì)胞亞群中各個(gè)免疫細(xì)胞在各組表型樣本中的相對含量小提琴圖，不同顏色表示不同的樣本表型，該圖添加了顯著性p.value值

5. Myeloid_Xcell_score.pdf

該圖表示Myeloid細(xì)胞亞群中各個(gè)免疫細(xì)胞在各組表型樣本中的相對含量小提琴圖，不同顏色表示不同的樣本表型，該圖添加了顯著性p.value值

6. Stroma_Xcell_score.pdf

該圖表示Stroma細(xì)胞亞群中各個(gè)免疫細(xì)胞在各組表型樣本中的相對含量小提琴圖，不同顏色表示不同的樣本表型，該圖添加了顯著性p.value值

7.Epithelial_sig_cell.csv/Lymphoid_sig_cell.csv/Stroma_sig_cell.csv/HSC_sig_cell.csv/Myeloid_sig_cell.csv

六個(gè)表格文件，分別表示6個(gè)細(xì)胞亞群中的各個(gè)細(xì)胞在兩種表型中的含量經(jīng)過顯著性檢驗(yàn)后的p.value值

8. xCell_score.csv

64種免疫細(xì)胞在各個(gè)樣本中的相對含量

特別說明：本代碼經(jīng)申請軟件著作權(quán)，僅轉(zhuǎn)讓使用權(quán)，不轉(zhuǎn)讓所有權(quán)

如需代碼及示例數(shù)據(jù)等文件，請掃碼聊天框回復(fù) “代碼”領(lǐng)?。?/strong>

寫在文末：

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