在之前的推文“提取CIF中的hkl和res文件”中介紹了“復(fù)制粘貼”“Olex2”[1]和“FinalCif”提取CIF中的hkl和res文件的方法，本文再來(lái)介紹一下使用PLATON[2]來(lái)提取CIF中hkl和res文件的方法。

? ? ? ? ?

PLATON的用戶操作界面pwt以及PLATON可執(zhí)行文件platon.exe可從“https://www.chem.gla.ac.uk/~louis/software/platon/”下載，如圖1所示。

? ? ? ? ?

? ? ? ? ?

pwt安裝好之后，在pwt文件夾中雙擊pwt.exe打開(kāi)pwt，如圖2所示。

? ? ? ? ?

pwt打開(kāi)后是一個(gè)處于桌面頂端的橫條界面，如圖3所示。

? ? ? ? ?

點(diǎn)擊File下拉菜單中的Select Data File（圖4）或者文件夾圖標(biāo)Select new data file（圖5）以打開(kāi)CIF文件。

? ? ? ? ?

在彈出的Select Molecular Coordinate File對(duì)話框中找到CIF文件，選中后，點(diǎn)擊打開(kāi)，如圖6所示。

? ? ? ? ?

打開(kāi)CIF文件后，pwt界面如圖7所示，顯示一些相關(guān)的基本信息。

? ? ? ? ?

點(diǎn)擊Start下拉菜單中的Graphical Menu（圖8）或者三角尺圖標(biāo)PLATON graphical Menu（圖9）以打開(kāi)PLATON主界面。

? ? ? ? ?

在PLATON主界面點(diǎn)擊MISC-TOOLS欄最下面的cif2shelxl選項(xiàng)，如圖10所示。

? ? ? ? ?

cif2shelxl運(yùn)行結(jié)束后，PLATON - Dialog Window顯示結(jié)果如圖11所示，SHELXL.INS文件從CIF中.res提取，結(jié)果為2152655_sx.ins，而SHELXL.HKL文件從CIF中.hkl提取，結(jié)果為2152655_sx.hkl。

? ? ? ? ?

如圖12所示，為PLATON執(zhí)行cif2shelxl后得到的文件。

? ? ? ? ?

隨后按照需要對(duì)產(chǎn)生的ins文件和hkl文件進(jìn)行重命名（或不做更名）即可用于精修等。

? ? ? ? ?

上述CIF中，hkl文件以“_shelx_hkl_file”項(xiàng)目嵌入在CIF中，如圖13所示。

? ? ? ? ?

如果是以loop循環(huán)數(shù)據(jù)嵌入CIF文件，如圖14所示。

? ? ? ? ?

對(duì)圖14所示CIF文件使用PLATON運(yùn)行cif2shelxl，可得ins文件，但得到的hkl文件是空的，如圖15所示。

? ? ? ? ?

不過(guò)該文件還是可以用Olex2（圖16）或FinalCif（圖17）提取正常的hkl文件和res文件。

? ? ? ? ?

使用SHELXL[3]進(jìn)行精修，默認(rèn)以“_shelx_hkl_file”項(xiàng)目將hkl文件嵌入在CIF中，因此SHELXL生成的CIF文件均可使用PLATON來(lái)提取嵌入其中的hkl文件和res文件（轉(zhuǎn)為ins文件）。

? ? ? ? ?

當(dāng)然，除了pwt之外，也可以通過(guò)Olex2、ShelXle[4]、WinGX[5]等調(diào)用PLATON來(lái)提取嵌入CIF中的hkl和res文件。

? ? ? ? ?

參考文獻(xiàn)

[1]?Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H.?OLEX2: A complete structure solution, refinement and analysis program. J. Appl. Cryst.?2009,?42, 339–341.

[2]?(a) Spek, A. L. Single-crystal structure validation with the program?PLATON.?J.?Appl.?Cryst.?2003,?36, 7–13. (b) Spek, A. L. Structure validation in chemical crystallography.?Acta?Cryst.?2009,?D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure report valid??Inorg.?Chim.?Acta?2018,?470, 232–237. (d) Spek, A. L.?checkCIF?validation ALERTS: what they mean and how to respond.?Acta Cryst.?2020,?E76, 1–11.

[3]?(a) Sheldrick, G. M.?SHELXL-2019/2,?Program for Crystal Structure Refinement, University of G?ttingen, Germany, 2019.?(b) Sheldrick, G. M. A short history of?SHELX.?Acta Cryst.?2008,?A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M. Crystal structure refinement with?SHELXL.?Acta Cryst.?2015,?C71, 3–8. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors for?SHELXL?– model, implementation and application.?Acta Cryst.?2019,?A75, 50–62.

[4]?Hübschle, C. B.; Sheldrick, G. M., Dittrich, B.?ShelXle: a Qt graphical user interface for SHELXL.?J. Appl. Cryst.?2011,?44, 1281–1284.

[5]?Farrugia, L. J.?WinGX?and?ORTEP?for Windows: an update.?J. Appl. Cryst.?2012?45, 849–854.