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• 各位小伙伴們，大家好呀，我是你們的老朋友小果，最近小果在分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)時(shí)遇到了一個(gè)問題，在這里和大家分享一下呀。

首先小果從10x Genomics支持網(wǎng)站上的一個(gè)公開數(shù)據(jù)集下載FASTQ文件。這是來自人類外周血單個(gè)核細(xì)胞(PBMC)的1,000個(gè)PBMC數(shù)據(jù)集，包括淋巴細(xì)胞（T細(xì)胞、B細(xì)胞和NK殺傷細(xì)胞）和單核細(xì)胞。

下載代碼為：

此數(shù)據(jù)集大小為5.17G，不是很大，大概幾分鐘就可以下載完成嘍。

之后對(duì)此壓縮文件進(jìn)行解壓。因?yàn)檫@是一個(gè)tar文件而不是tar.gz文件，所以不需要使用-z參數(shù)來提取它。

代碼：

使用cellranger進(jìn)行定量后，得到三個(gè)文件夾如下所示：

小果以此三個(gè)文件夾作為輸入文件，進(jìn)行seurat的分析。

在進(jìn)行下游分析時(shí)遇到一個(gè)問題，數(shù)據(jù)縮放之后進(jìn)行PCA線性降維，代碼如下，出現(xiàn)下圖的錯(cuò)誤。

我們可以發(fā)現(xiàn)，主要問題是RunPCA過程出現(xiàn)錯(cuò)誤，導(dǎo)致流程中斷。發(fā)現(xiàn)報(bào)錯(cuò)提示：最大的npcs必須嚴(yán)格遵循小于最小行列數(shù)的規(guī)則。

npcs必須要小于最小行列數(shù)，默認(rèn)情況下npcs = 50，scdata查看矩陣行列數(shù)，發(fā)現(xiàn)最小值為30，將其改為29后，可以成功運(yùn)行。

這邊小果總結(jié)一下：

1.在學(xué)習(xí)某個(gè)軟件或者某個(gè)包的使用時(shí)，我們可以詳細(xì)查看每一個(gè)函數(shù)的使用手冊(cè)，了解函數(shù)的原理、功能以及每個(gè)參數(shù)的作用，這樣在我們之后實(shí)際操作過程中也比較方便快捷。

2.在遇到問題時(shí)，我們要仔細(xì)查看報(bào)錯(cuò)內(nèi)容，根據(jù)報(bào)錯(cuò)提示找尋答案。

在做數(shù)據(jù)分析時(shí)，不可避免的會(huì)遇到降維分析，在這里小果給大家推薦一個(gè)做降維分析非常方便的小工具：PCA-UMAP和tSNE降維分析（http://www.biocloudservice.com/794/794.php），可以在線網(wǎng)頁運(yùn)行，運(yùn)行速度很快，大家可以用起來哦。

大家遇到問題，歡迎來和小果討論呀。

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