大家好，小云又來更新嘍~今天給大家講講GEPIA數(shù)據(jù)庫的使用教程吧!

1.?GEPIA是什么？

（1）?中文名為：基于基因表達水平值的交互式分析平臺，英文為：Gene?Expression?Profiling?Interactive?Analysis。

（2）?GEPIA是在線生信分析工具，零代碼操作。GEPIA中整理了每一個可檢索的基因在不同腫瘤樣本中的表達值，可以計算某個基因在某種腫瘤中的表達水平，還可以分析基因與腫瘤預(yù)后的關(guān)系、基因間的共表達等。

（3）?網(wǎng)址：http://gepia.cancer-pku.cn/?（GEPIA1.0版）??或?http://gepia2.cancer-pku.cn/?（GEPIA2.0版）。

2.?GEPIA如何分析？

GEPIA1.0數(shù)據(jù)分析平臺可分為3大模塊：①腫瘤類型分析（Cancer Type Analysis）；②單基因分析（Single Gene Analysis）；③多基因分析（Multiple Gene Analysis）。

GEPIA2.0版多了一個模塊：Custom Data Analysis

一、小云從單基因分析開始，詳細講講各個部分的內(nèi)容和結(jié)果

（1）?在搜索框中輸入基因symbol或者基因名稱，這里面輸入了ETV6這個基因

得到頁面如下：

右邊的兩個示例人左邊是tumor，右邊是normal，顏色深淺分別代表高低表達，可以看到這個基因在血液腫瘤中的表達較其他組織深，而在其他組織中肉眼分不清楚到底是tumor中表達高還是在normal中表達高。另外這個基因也會與其他數(shù)據(jù)庫關(guān)聯(lián)，點擊右上角可以跳轉(zhuǎn)到其他數(shù)據(jù)庫查看。

頁面下滑還有Dot plot圖展示：

GEPIA可以TCGA數(shù)據(jù)庫自己的腫瘤組織和正常組織進行比較，也可以匹配GTEX數(shù)據(jù)庫進行比較，可以看到，這個基因在多種癌癥中都有差異表達，高表達會標(biāo)為紅色，低表達的標(biāo)為綠色?？梢钥闯鲞@個基因在急性髓性白血?。↙AML，Acute Myeloid Leukemia）中表達最高。如果研究泛癌的話，這張圖就可以放文章里面。

下面還有Bar plot圖展示：

往下滑就是可以查看與這基因在同一數(shù)據(jù)集中的其他類似的基因：

2）?Differential Genes中會列出腫瘤/正常組織中差異表達的基因或癌癥類型的亞型，并繪制這些基因的染色體分布。

選擇腫瘤類型、差異表達分析類型和基因分布：

基因在染色體上的分布：

（3）?Expression DIY模塊

1）?profile可以自己定義查看某個基因在某些癌癥中的表達量，選擇腫瘤類型：

得到的結(jié)果：

2）?Boxplot可以查看某個基因在某個癌癥類型或某些癌癥中的基因表達量，選擇腫瘤類型：

正常對照數(shù)據(jù)可以選擇TCGA中的或者TCGA和GTEx中的數(shù)據(jù)，得到結(jié)果：

Stage?plot方框圖可以分析一個基因在不同癌癥階段的表達情況，選擇腫瘤類型

得到的結(jié)果：

4）?Multiple?Gene?Comparison可以分析不同癌癥類型中一個基因或多個基因的組織特異性表達:

得到的結(jié)果：

（4）?Survial Analysis可以做生存分析

1）?Survival?Plots中輸入基因名字和腫瘤類型，根據(jù)需要選擇總生存期等：

得到的生存曲線：

2）?Most Differential Survival Genes可以查看某個腫瘤類型中多個差異表達的生存基因：

3）?Survival Map（GEPIA2.0版中有，所以用此版本展示）

可根據(jù)生存熱圖查看基因或亞型表達水平對預(yù)后的影響，輸入基因和腫瘤類型后：

得到的結(jié)果：

熱圖顯示了不同基因的對數(shù)比例(log10)。紅色和藍色方塊分別表示風(fēng)險較高和較低。帶有框架的矩形在預(yù)后分析中意味著顯著的不利或有利結(jié)果。

（5）?Isoform Details可以描繪基因在多種癌癥類型中的表達分布(小提琴圖)和異構(gòu)體 (條形圖)。

1)?Isoform Usage：

得到的結(jié)果：可以通過小提琴圖看到基因的所有基因亞型在多種類型癌癥中的表達情況。

2） Isoform Structure查詢基因亞型結(jié)構(gòu)

輸入基因的isoform

（6） Correlation Analysis可以計算多種癌癥類型和組織中兩個基因或兩個特征的相關(guān)性：

得到的結(jié)果：

（6）?Similar Genes Detection可以搜索在不同癌癥類型和組織中與某個基因或標(biāo)記具有相似表達模式的基因。

得到的結(jié)果：

（7）?Dimensionality Reduction可以根據(jù)一組基因的表達，對來自不同癌癥類型和組織的樣本進行PCA降維。

二、Cancer Type Analyses腫瘤類型分析，包括篩選與腫瘤關(guān)系、影響生存最密切的基因，適于篩選具有表達差異或者生存差異的基因，有兩種分析：

三、Multiple Gene Analyses多基因分析：適于多基因綜合分析，包括多基因?qū)Ρ?、相關(guān)分析和PCA分析三種情況。

四、然后是Custom Data Analysis

（1）Cancer Subtype Classifier允許用戶上傳自己的數(shù)據(jù)，與腫瘤或來自TCGA或GTEx項目的正常數(shù)據(jù)進行差異分析

（2）0Expression Comparison可以上傳用戶自己的文件并選擇一個癌癥類型進行比較。你可以上傳你的文件并選擇一種癌癥類型進行比較。在默認情況下，將根據(jù)所選癌癥類型的中值執(zhí)行分位數(shù)歸一化。然后會話將一直保持，直到刷新窗口，因此您可以多次輸入一個基因，而無需重新上傳文件。上傳的基因表達譜應(yīng)為帶有Hugo基因名稱的TPM值。

好了，GEPIA數(shù)據(jù)庫的使用教程就介紹到這里了，小伙伴們快使用起來，給你的文章加入結(jié)果圖吧~也可以先通過分析篩選出感興趣的基因，為自己的課題助力哦！

后續(xù)小云考慮再給大家介紹一下GEPIA中的另一功能--免疫細胞類型分析，可以用于探究腫瘤的免疫浸潤分析（GEPIA2021新增）。