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玩轉(zhuǎn)Sanger測序儀丨專題一:微衛(wèi)星不穩(wěn)定(MSI)檢測

2023-06-15 17:02 作者:海爾施基因  | 我要投稿

MSI的定義

微衛(wèi)星不穩(wěn)定(microsatellite,MS)是指細胞基因組中以少數(shù)幾個核苷酸(多為1~6個)為單位串聯(lián)重復(fù)的DNA序列,又稱段串聯(lián)重復(fù)(STR)。DNA錯配修復(fù)功能出現(xiàn)異常時,微衛(wèi)星出現(xiàn)的復(fù)制錯誤得不到糾正并不斷累計,使得微衛(wèi)星序列長度或堿基組成發(fā)生改變,稱為微衛(wèi)星不穩(wěn)定性(microsatellite instability,MSI),同時導(dǎo)致基因組呈現(xiàn)高突變型,對應(yīng)dMMR或MSI-H。


MSI與腫瘤

MSI-H腫瘤是指一類具有微衛(wèi)星高度不穩(wěn)定(MSI-H)表型的腫瘤。MSI根據(jù)程度可以被分成3類:微衛(wèi)星高度不穩(wěn)定性(MSI-H),微衛(wèi)星低度不穩(wěn)定性(MSI-L)、微衛(wèi)星穩(wěn)定(MSS)。MSI-H在不同癌種中的發(fā)生率存在較大差異,目前已知MSI-H發(fā)生率較高的實體瘤包括子宮內(nèi)膜癌(20%~30%)、胃癌(15%~20%)和結(jié)直腸癌(12%~15%)。據(jù)統(tǒng)計,2015年中國有約430萬癌癥新發(fā)病例,而根據(jù)各個癌種MSI-H的發(fā)生率計算,中國每年新發(fā)MSI-H腫瘤患者約為30萬,而接受MSI檢測的患者比例不到15%。?

伴隨著免疫治療在腫瘤治療中的逐漸應(yīng)用,免疫治療生物標(biāo)志物也逐漸受到臨床重視。作為首個FDA獲批的泛癌種伴隨診斷分子標(biāo)志物,MSI在指導(dǎo)免疫治療過程中發(fā)揮著廣泛而重要的作用,在2020年更是躋身為一線免疫治療標(biāo)志物。2021年《美國國立綜合癌癥網(wǎng)絡(luò)((NCCN)結(jié)直腸癌臨床實踐指南》更是將推薦MSI檢測的適應(yīng)癥癌種從結(jié)腸癌、直腸癌、胃癌、子宮內(nèi)膜癌擴大到了結(jié)腸癌、直腸癌、胃癌、子宮內(nèi)膜、前列腺癌、胰腺癌等相關(guān)癌種。

圖片來源:Bonneville R.et al.,JCO Precis Oncol,2017


MSI的臨床意義

1. MSI檢測作為林奇綜合征的初篩手段

據(jù)統(tǒng)計,約15-20%的CRC(結(jié)直腸癌)主要是由MSI引起,包括遺傳性非息肉病性結(jié)直腸癌(HNPCC)和散發(fā)性MSI結(jié)直腸癌。(遺傳性非息肉病性又稱結(jié)直腸癌林奇綜合征,是一種常染色體顯性遺傳病,由于DNA錯配修復(fù)基因發(fā)證配戲突變導(dǎo)致,約占所有結(jié)直腸癌3-5%)。提前篩選出高危人群,可做到早發(fā)現(xiàn),早預(yù)防。

2. MSI是II期CRC患者預(yù)后好的預(yù)測因子

目前公認dMMR/MSI-H是II期CRC的獨立良好預(yù)后因子,對于具有dMMR/MSI-H表型的II期CRC患者,3/4級分化(低分化)不被認為是高危因素。

3. MSI是II期CRC輔助化療療效的預(yù)測因子

II期CRC患者根治手術(shù)后是否應(yīng)該接受輔助化療以及應(yīng)接受何種藥物或方案進行化療,需要綜合考慮臨床-病理高危因素以及MSI狀態(tài)。國內(nèi)權(quán)威指南均明確指出,dMMR/MSI-H表型的II期CRC患者預(yù)后較好,不建議使用氟尿嘧啶類單藥輔助治療,故MSI-H可作為5-FU輔助治療CRC無效的預(yù)測標(biāo)志物。

4. MSI是晚期實體瘤免疫治療療效預(yù)測因子

MSI-H表型的晚期實體瘤對于免疫檢查點抑制劑(PD-1/PD-L1)治療往往具有顯著療效,因此MSI檢測作為晚期/轉(zhuǎn)移性實體瘤特別是CRC患者免疫治療療效,具有重要的預(yù)測價值。2017年NCCN臨床實踐指南更新,推薦PD-1抑制劑藥物Pembrolizumab和Nivolumab用于具有MSI-H或ddMR分子表型的mCRC的治療。2017年5月,美國FDA批準(zhǔn)MSD旗下的K藥(帕博利珠單抗)用于治療MSI-H或ddMR的實體瘤患者,目前K藥已在國內(nèi)獲批上市。


MSI的檢測方法

目前MSI的檢測方法有IHC、PCR、NGS,選擇規(guī)范且精準(zhǔn)的檢測方法十分關(guān)鍵。

1. 免疫組織化學(xué)檢測(IHC)

MSI多由MMR蛋白表達缺失導(dǎo)致的MMR功能缺陷所致,因此可通過檢測腫瘤組織中四個常見錯配修復(fù)基因表達的MMR蛋白情況來反映MSI狀態(tài)。但該檢測存在一些問題:病理科操作流程的質(zhì)量控制;使用抗體的不完全一致性;病理科醫(yī)生讀片的程度。

2. 聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)

直接檢測MSI狀態(tài)的常用方法是多重?zé)晒釶CR毛細管電泳法,是目前公認的MSI檢測“金標(biāo)準(zhǔn)”。該方法通過比對正常細胞DNA和腫瘤細胞DNA各個微衛(wèi)星位點的PCR長度,來確定位點是否穩(wěn)定。通常檢測至少5個以上的位點(目前國內(nèi)外權(quán)威指南推薦的Panel 有兩個:NCI的2B3D Panel及Promega 5個單核苷酸Panel),1個位點不穩(wěn)定稱為低度微衛(wèi)星不穩(wěn)定(MSI-L),2個及2個以上位點不穩(wěn)定稱為MSI-H,5個位點均穩(wěn)定即微衛(wèi)星穩(wěn)定(MSS)。MSI-L和MSS等同于pMMR的概念,MSI-H等同于dMMR的概念。


檢測平臺

Sanger測序儀T400是一款體積小巧的創(chuàng)新卡夾式測序儀,基于毛細管電泳平臺技術(shù),可幫助客戶在實驗室開展Sanger測序和片段分析工作,覆蓋包括感染性疾病、腫瘤、生殖健康及藥物基因組學(xué)檢測等臨床領(lǐng)域,是核酸檢測“金標(biāo)準(zhǔn)”平臺。

平臺特點:即插即用的卡夾式耗材體積小巧,空間利用率高4通道毛細管,支持6色熒光通道平臺開放,應(yīng)用廣泛Sanger測序儀T400可搭配市面主流的微衛(wèi)星不穩(wěn)定(MSI)檢測試劑盒(PCR-毛細管電泳法),根據(jù)基因圖譜來判斷判斷腫瘤組織的微衛(wèi)星穩(wěn)定狀態(tài)(MSS/MSI-L/MSI-H),向臨床/病理醫(yī)生及患者提供腫瘤特征信息,幫助醫(yī)生預(yù)測藥物療效,選擇最佳用藥和治療指導(dǎo),精準(zhǔn)打擊腫瘤。

MSI檢測流程:采集同一個體的正常組織和腫瘤組織樣本DNA,經(jīng)核酸提取后,采用多重?zé)晒釶CR技術(shù)對MSI的檢測位點進行擴增。通過毛細管電泳對擴增產(chǎn)物進行檢測,最后利用分析軟件對結(jié)果進行分析。


參考文獻及資料

  1. 《結(jié)直腸癌及其他相關(guān)實體瘤 微衛(wèi)星不穩(wěn)定(MSI)檢測中國專家共識》(2019)

  2. 《美國國立綜合癌癥網(wǎng)絡(luò)((NCCN)結(jié)直腸癌臨床實踐指南》(2021)

  3. 《中國臨床腫瘤學(xué)會(CSCO)結(jié)直腸癌診療指南》(2021)

  4. ?Bonneville R, Krook MA, Kautto EA, Miya J, Wing MR, Chen HZ, Reeser JW, Yu L, Roychowdhury S. Landscape of Microsatellite Instability Across 39 Cancer Types. JCO Precis Oncol. 2017;2017:PO.17.00073.


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