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（56線程，256G內(nèi)存，個(gè)人存儲(chǔ)1T）

它通過掃描給定目錄中的可識(shí)別日志文件來生成一個(gè) HTML 報(bào)告來匯總統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)，比如說我們測(cè)序了很多個(gè)樣本并生成了很多qc質(zhì)量報(bào)告，這個(gè)時(shí)候，利用MultiQC將所有的報(bào)告合并能夠讓我們更輕松地查看結(jié)果。

這個(gè)小工具簡(jiǎn)單而實(shí)用，一定要掌握哦~下面和小果一起看看吧。

這里我們需要使用fastqc對(duì)cleandata進(jìn)行質(zhì)控，查看單個(gè)fastq的測(cè)序質(zhì)量，再使用multiqc合并多個(gè)fastqc的結(jié)果。

使用fastqc進(jìn)行質(zhì)控的代碼如下（小果分享過關(guān)于fastqc的具體使用方法哦，這里就直接放代碼了）：

這里是對(duì)指定目錄的所有后綴名為.gz的文件進(jìn)行fastqc質(zhì)控分析，并指定輸出目錄，注意使用的時(shí)候修改為自己的目錄哦，結(jié)果是這樣的：

可以看到每條reads都生成了一個(gè)html格式的報(bào)告，這么多樣本和報(bào)告查看起來非常麻煩，這個(gè)時(shí)候就需要用multiqc來幫忙了。

沒有這軟件的話安裝一下：

然后我們可以合并一下報(bào)告，同樣注意修改代碼中的路徑哦：

##生成一個(gè)文件名稱的列表方便批量操作

不出意外的話我們會(huì)看到生成一個(gè)總的報(bào)告：

和小果一起看看這個(gè)總的報(bào)告長(zhǎng)什么樣子吧：

是不是看起來簡(jiǎn)潔多了呢！

好啦，今天的內(nèi)容暫時(shí)就到這里了，我們下期繼續(xù)！

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