（一）辨別難度較高

在當(dāng)前階段，我國為了提高科學(xué)技術(shù)水平，出臺了很多鼓勵創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)的政策，而高新技術(shù)企業(yè)利用鼓勵創(chuàng)新的政策，能夠獲取足夠的研發(fā)資金以及相應(yīng)的普惠政策，提高企業(yè)進行高新技術(shù)研發(fā)的積極性。一些受利益驅(qū)動的傳統(tǒng)企

業(yè)，雖然自身達不到高新技術(shù)企業(yè)的標(biāo)準(zhǔn)，但依舊想得到專項的扶助政策，因此通過“包裝”將自身偽裝成高新技術(shù)企業(yè)，利用這種手段達到騙取政策幫扶的目的。雖然《認定辦法》及《審計指引》都對科研活動進行了界定，但還不夠具體，致使審計人員無法通過國家規(guī)定分辨審核的項目是否符合高新技術(shù)企業(yè)認定標(biāo)準(zhǔn)，在面對一些項目申請時無法準(zhǔn)確地辨別和鑒定。

（二）研發(fā)人員判定困難

研發(fā)費用中占比最大的是研發(fā)人員的工資薪金，因此對于研發(fā)人員的判定至關(guān)重要。但在現(xiàn)實中，審計人員對于研發(fā)人員的判定存在一定的難度。這是因為一些研發(fā)人員同時兼任兩項職務(wù)，不僅要進行研發(fā)，還需要完成生產(chǎn)管理工作，這一部分研發(fā)人員存在雙重身份。同時在實踐中， 企業(yè)一般采取項目型組織結(jié)構(gòu)開展研發(fā)工作，而研發(fā)組的成員主要是通過其他部門抽調(diào)，也就是說這些研發(fā)人員不僅要承擔(dān)研發(fā)責(zé)任，還需要履行原部門的職責(zé)，并且當(dāng)研發(fā)任務(wù)完成之后，被抽調(diào)的工作人員需要返回原部門，這就使得研發(fā)人員同時具有兩種身份。因此，對于研發(fā)人員的劃分較為困難，且在審計工作中容易混淆生產(chǎn)成本、業(yè)務(wù)成本與人工成本，從而對審計工作造成了一定的阻礙。

（三）研發(fā)費用歸集和分配不合理

在當(dāng)前的研發(fā)費用歸集和分配工作中，由于缺乏科學(xué)根據(jù)，企業(yè)的費用歸集和分配不夠合理。如上文所述，現(xiàn)如今研發(fā)人員普遍具有多重身份，因此對于人工費用，企業(yè)很難制定出合理的標(biāo)準(zhǔn)，在分攤過程中較為隨意。而在直接投入費用方面，在研發(fā)工作中所使用的材料并不會馬上報廢，還可能留有一部分供下次使用，同時成功產(chǎn)品能夠直接入庫，這導(dǎo)致一些研發(fā)材料同時也是產(chǎn)品成本，既可以算作直接投入，同時也屬于研發(fā)費用，并且也可以劃分為產(chǎn)品成本。一些企業(yè)存在將產(chǎn)品成本領(lǐng)域的材料計入研發(fā)費用的問題，究其根本，是由于缺乏足夠的研發(fā)費用，通過增加材料費用方法來人為調(diào)節(jié)。對于一些固定資產(chǎn)、無形資產(chǎn)的攤銷，當(dāng)前企業(yè)很難形成量化標(biāo)準(zhǔn)，在工作中往往是根據(jù)比例進行分攤，但這些固定資產(chǎn)和無形資產(chǎn)的實際使用情況和攤銷比例之間存在差異，導(dǎo)致閑置設(shè)備的攤銷費用計入研發(fā)費用中。