正片以一段士兵守城廝殺的場面開場，交代了當(dāng)時(shí)所處的時(shí)代背景：兵荒馬亂，戰(zhàn)事緊張。本片的主角是一名叫吳又可的游醫(yī)，行走各個(gè)村落之間，治病救人。他被人冤枉亂開藥毒死人，被告上衙門，但他不慌不忙，說出了自己的看病依據(jù)：舌苔黃厚，心腹脾滿應(yīng)該是胃有積熱而移于大腸，熱毒內(nèi)蘊(yùn)，積滯下焦，大黃能滌蕩腸胃，瀉熱毒而破積滯。而后又提供了原告家門口的藥渣，指出原告換了醫(yī)生。這次事件讓人們明白了吳又可不止醫(yī)術(shù)高明，并且心思縝密，善于觀察，這也為后面吳又可發(fā)現(xiàn)瘟疫的傳播途徑作了鋪墊。

后面吳又可同師傅一起去軍營之中醫(yī)治病患，師傅認(rèn)為士兵們所患的只是普通的傷寒，吳又可卻給出了不同的見解，普通的傷寒不可能有這么大規(guī)模的患病人數(shù)，且病人的脈象也與普通的傷寒有細(xì)微不同，因此認(rèn)為這病可能是由“邪氣”所致的瘟疫，這里值得一提的是，當(dāng)時(shí)人們是沒有病毒細(xì)菌這個(gè)概念的，吳又可發(fā)現(xiàn)邪氣的過程之艱難可想而知。師傅雖是仁醫(yī)，但所持觀念仍偏向先人，并未采取吳又可的意見，并不許他進(jìn)營醫(yī)治。吳又可只得無奈離開，繼續(xù)他的游醫(yī)之路。

行醫(yī)途中，吳又可經(jīng)過一個(gè)毫無生氣的村莊，發(fā)現(xiàn)這個(gè)村莊的人都被鼠疫奪去了生命，他無意之中通過打開關(guān)閉窗戶的“丁達(dá)爾效應(yīng)”所顯現(xiàn)出的灰塵得到了靈感，總結(jié)出了瘟疫的傳播：病邪如同飛塵一般，于空氣中來無影去無蹤，聞不到看不到，并將之起名為“癘氣”。人吸入癘氣，染病后再呼出傳給他人，他人又傳染給其他人，這便是瘟疫的傳播途徑。

再次回到軍營，師傅因?yàn)樽孀谥ㄖ尾缓萌?，同時(shí)自身也染上了鼠疫，萬念俱灰，終結(jié)了自己的生命。吳又可回到軍營，闡明了瘟疫傳播原理，軍營負(fù)責(zé)人在更換多名醫(yī)師未果后，終于找上了吳又可。吳又可面對這十年一遇的大疫情，生出了畏懼之心，認(rèn)為自己只是一介游醫(yī)，才疏學(xué)淺,不可能擔(dān)此重任。孫傳庭采用激將法痛斥吳又可，大明有今日之禍，就是因?yàn)樗麄冞@種有才學(xué)的人不敢挺身而出，反問吳又可所求的瘟疫傳播之理為何，所學(xué)有何用，認(rèn)為吳又可沒有學(xué)到師傅舍身濟(jì)世的醫(yī)道。

吳又可想了一夜，認(rèn)為逃也是死，治瘟失敗也是死，寧愿死得其所。他第二天一早便同士兵前往軍營，在將軍面前立下了"吳又可愿領(lǐng)此命，以畢生所學(xué)與瘟疫一搏，不成不退”的誓言。將軍接受了吳又可提出的三個(gè)要求，并派出手下全力輔佐吳又可，讓他放手去治。

吳又可在軍中防疫采取的措施是本片的一大看點(diǎn)：他讓所有官兵都用布把口鼻捂住，防止“癘氣”吸入染病。然后召集所有患者，從舌苔分辨病情輕重程度，并系上不同顏色的布條，同一個(gè)顏色的布條住在同一塊區(qū)域，嚴(yán)禁隨意進(jìn)出不同區(qū)域同時(shí)大力推廣敞開通風(fēng)，防止“癘氣”堆積。從這里可以看出吳又可的思想意識極其超前，如今在公共衛(wèi)生領(lǐng)域控制傳染病采取的手段就是吳又可這種措施的伸展與延續(xù)。軍中的感染人數(shù)果然有所下降，也證明了吳又可的方法是正確的。

吳又可將在軍中醫(yī)治病人的經(jīng)驗(yàn)記錄下來交給師傅的女兒，并交代如果自己因醫(yī)殉職，就將這些整理成書，供后人研究，最終整理出來的書，便是大名鼎鼎的《瘟疫論》對后世溫病學(xué)的形成與發(fā)展產(chǎn)生了深遠(yuǎn)影響。

在片中吳又可有一句話：“用藥如用兵，需有膽有識 當(dāng)斷則斷，大明也是，重癥當(dāng)用猛藥。”不止簡單是行醫(yī)的道理，更使孫傳庭醍醐灌頂，下定決心拿回豪紳侵占的田地以供軍用，為成功出關(guān)提供了保障。

最后的結(jié)果雖是明軍出關(guān)全軍覆沒，但是士兵們都死得其所，是戰(zhàn)死在沙場上的，沒有被瘟疫所打敗，說全是吳又可的功勞其實(shí)也不足為過。

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