蛋白質(zhì)組學(xué)誕生至今衍生了許多不同的研究方法，如酵母雙雜交系統(tǒng)、抗體芯片技術(shù)、凝膠電泳技術(shù)和表面離子共振技術(shù)等，這些方法在通量、靈敏度以及準(zhǔn)確性等方面都差強(qiáng)人意，直到生物質(zhì)譜技術(shù)的出現(xiàn)才讓蛋白質(zhì)組學(xué)研究迎來了高光時(shí)刻。生物質(zhì)譜技術(shù)同時(shí)滿足了高通量、高分辨率和高準(zhǔn)確性的需求，已成為當(dāng)前蛋白質(zhì)組學(xué)研究的強(qiáng)有力工具。

基于質(zhì)譜的技術(shù)通過“自下而上”分析策略可以盡可能多的鑒定復(fù)雜樣品中的全部蛋白質(zhì)，同時(shí)實(shí)現(xiàn)成百上千種蛋白質(zhì)的鑒定，在高通量的基礎(chǔ)上也保證了鑒定結(jié)果的準(zhǔn)確性?；诟咄抠|(zhì)譜的蛋白質(zhì)鑒定方法大致流程為先將蛋白樣品酶解消化為小分子肽段，再對(duì)經(jīng)色譜技術(shù)分離的肽段進(jìn)行質(zhì)譜檢測(cè)，掃描并采集所有肽段母離子的碎片信息，根據(jù)肽指紋圖譜即肽段的質(zhì)譜數(shù)據(jù)結(jié)合理論數(shù)據(jù)庫(kù)軟件以及生物信息學(xué)分析方法可以確定肽段的分子質(zhì)量等信息，再通過肽段拼接實(shí)現(xiàn)完整蛋白質(zhì)的鑒定，包括定性定量鑒定、結(jié)構(gòu)鑒定和翻譯后修飾情況鑒定等。