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爾云間生信代碼|基于表達(dá)信息挖掘與關(guān)注基因密切相關(guān)的基因

2022-09-20 14:46 作者:爾云間  | 我要投稿


在生信分析中,我們往往希望對(duì)我們關(guān)注的某一個(gè)基因進(jìn)行下游功能的探索,然而,單個(gè)基因想要研究,大多數(shù)情況下只能是通過(guò)實(shí)驗(yàn)進(jìn)行,通常會(huì)對(duì)該基因進(jìn)行敲除或過(guò)表達(dá)后進(jìn)行測(cè)序,從而和正常組進(jìn)行比較,得到差異基因認(rèn)為是受該基因影響的,但是這樣做一是耗時(shí)耗力,而是得到的差異基因仍然是一堆,我們?nèi)匀徊恢滥男┗蚝驮摶蛎芮邢嚓P(guān)。皮爾森相關(guān)系數(shù)和斯皮爾曼相關(guān)系數(shù)為研究基因之間的表達(dá)相關(guān)性提供了很好的思路,因此本軟件通過(guò)基于基因在各個(gè)樣本中的表達(dá)矩陣,利用皮爾森相關(guān)系數(shù)和斯皮爾曼相關(guān)系數(shù)計(jì)算原理,分別獲得各個(gè)基因與關(guān)注基因的相關(guān)性排名,通過(guò)給定的基因個(gè)數(shù)N,繪制相關(guān)性最強(qiáng)的TOPN基因和關(guān)注基因的散點(diǎn)分布圖,并標(biāo)識(shí)出具體的相關(guān)系數(shù)和顯著性p.value值,從而為下游功能研究提供參考


使用方法:

batchCorrelation.r??-Eset=???-symbol=???-topnumber=?


參數(shù)說(shuō)明:

USAGE:

batchCorrelation.r?-Eset=<Eset>?-symbol=<symbol>?-topnumber=<topnumber>

PARAMETERS:

-Eset???the?gene?expression?matrix?,gene?as?row,sample?as?column,?input?csv?format.

-symbol??the?gene?of?interested?,input?gene?symbol?format.

-topnumber??????the?number?genes?of?most?significantly?related?to?the?gene?of?interested,?input?integer?format.


操作步驟:

1、打開(kāi)命令行界面,輸入“Rscript??batchCorrelation.r”調(diào)閱幫助文檔,確定該程序所需的輸入文件。

2、用戶根據(jù)幫助文檔中的參數(shù)說(shuō)明內(nèi)容,對(duì)參數(shù)進(jìn)行設(shè)置。這里,必須輸入?yún)?shù)有3個(gè),分別是-Eset,表示基因表達(dá)矩陣文件,以基因?yàn)樾?,樣本為列,保存為csv文件;-symbol,表示關(guān)注的基因名稱(chēng),為gene?symbol格式,必須包含在基因表達(dá)矩陣的行名中;-topnumber,表示預(yù)期繪制的與關(guān)注基因最相關(guān)的基因個(gè)數(shù),這里假如是6,則會(huì)繪制與關(guān)注基因最正相關(guān)的6個(gè)和最負(fù)相關(guān)的6個(gè)基因的相關(guān)性散點(diǎn)圖。

3、完成參數(shù)提交后,按下回車(chē)鍵,整個(gè)程序即正式開(kāi)始進(jìn)入執(zhí)行。每步執(zhí)行內(nèi)容都會(huì)給出提示。程序執(zhí)行完畢后,界面會(huì)顯示“rogram?execution?is?completed”結(jié)束語(yǔ)。


結(jié)果展示:

1.HDAC1_cor.pdf


該圖表示各個(gè)基因與關(guān)注基因的相關(guān)性散點(diǎn)圖,縱軸名稱(chēng)是其它各個(gè)基因symbol,橫軸名稱(chēng)為關(guān)注基因symbol,最上方P值表示顯著行p.value值,r值表示pearson相關(guān)系數(shù)


2.HDAC1other_gene_cor.csv

該表格表示各個(gè)基因和關(guān)注基因之間的相關(guān)系數(shù)及p.value值,第二和第三列分別表示計(jì)算得到的各個(gè)基因和關(guān)注基因的pearson相關(guān)系數(shù)和對(duì)應(yīng)的顯著性p.value值,第四和第五列分別表示計(jì)算得到的各個(gè)基因和關(guān)注基因的spearman相關(guān)系數(shù)和對(duì)應(yīng)的顯著性p.value值,第六列為對(duì)應(yīng)的基因symbol

特別說(shuō)明:本代碼經(jīng)申請(qǐng)軟件著作權(quán),僅轉(zhuǎn)讓使用權(quán),不轉(zhuǎn)讓所有權(quán)

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