蛋白質(zhì)印跡(Western blot)實(shí)驗(yàn)操作步驟
本文僅為我自己實(shí)驗(yàn)的一個(gè)流程記錄,可能很多地方和大家都不太一樣,僅供大家參考學(xué)習(xí)
1.提蛋白:
蛋白裂解液配方:
RIPA:1ml
PMSF:10μl
Cocktail:20μl
RIPA裂解液(RIPA Lysis Buffer)是一種傳統(tǒng)的細(xì)胞組織快速裂解液。RIPA裂解液裂解得到的蛋白樣品可以用于常規(guī)的PAGE、Western、免疫沉淀(immunol precipitation,IP)、免疫共沉淀(co-IP)和ELISA等。
RIPA裂解液(強(qiáng))的主要成分為50mM?Tris(pH?7.4),150mM?NaCl,1%?Triton?X-100,1%?sodium?deoxycholate,0.1% SDS,以及sodium orthovanadate,sodium fluoride,EDTA,leupeptin等多種抑制劑。可以有效抑制蛋白降解。
PMSF:苯甲基磺酰氟是一種不可逆的絲氨酸蛋白酶抑制劑,如胰凝乳蛋白酶、胰蛋白酶、凝血酶等,、作用原理是特異性識(shí)別并磺化決定酶活性的絲氨酸殘基活性位點(diǎn)。此外,其對(duì)半胱氨酸蛋白酶(如木瓜蛋白酶,DTT逆轉(zhuǎn)其抑制活性)和哺乳動(dòng)物來(lái)源的乙酰膽堿酯酶也有抑制效果。PMSF常在細(xì)胞或組織裂解之前加入到裂解液中以預(yù)防蛋白的降解。
Cocktail:蛋白酶抑制劑Cocktail是低毒,全面的蛋白保護(hù)試劑,最大限度地保護(hù)蛋白,使其免于被蛋白酶降解。目前生物學(xué)研究日漸深入,更多地將目標(biāo)鎖定為細(xì)胞中較為微量的蛋白,如信號(hào)通路蛋白、受體蛋白,采用coIP,Pull-down等方法獲得樣品。對(duì)于這些微量的珍貴樣品,Cocktail能取得最佳的保護(hù)效果,比單一的抑制劑(如PMSF)更為可靠。
先把蛋白裂解液,EP管(做好標(biāo)記)放在冰上預(yù)冷細(xì)胞培養(yǎng)皿也放在冰上
①4℃預(yù)冷離心機(jī)
②棄去細(xì)胞培養(yǎng)基
③PBS洗三次(貼壁細(xì)胞照常洗,懸浮細(xì)胞加PBS離心洗,盡量吸干凈,避免稀釋蛋白)
④加蛋白裂解液,10cm皿200μl,置于冰上
⑤細(xì)胞刮刀刮下細(xì)胞(懸浮細(xì)胞不需此步)
⑥轉(zhuǎn)到1.5mlEP管中,冰上放置10-15分鐘
⑦12000rmp,4℃離心15min
⑧取上清到EP管中
可放-80℃保存

2.BCA法測(cè)標(biāo)準(zhǔn)曲線(xiàn)
①蛋白標(biāo)準(zhǔn)品的準(zhǔn)備
? ? a.取1.2ml蛋白標(biāo)準(zhǔn)配制液加入到一管蛋白標(biāo)準(zhǔn)(30mg BSA)中,充分溶解后配制成25mg/ml的蛋白標(biāo)準(zhǔn)溶液。 配制后可立即使用,也可以-20℃長(zhǎng)期保存。
????b.取適量25mg/ml蛋白標(biāo)準(zhǔn),稀釋至終濃度為0.5mg/ml。例如取20μl?25mg/ml蛋白標(biāo)準(zhǔn),加入980μl稀釋液即可配制成0.5mg/ml蛋白標(biāo)準(zhǔn)。蛋白樣品在什么溶液中,標(biāo)準(zhǔn)品也宜用什么溶液稀釋。但是為 了簡(jiǎn)便起見(jiàn),也可以用0.9%NaCl或PBS稀釋標(biāo)準(zhǔn)品。稀釋后的0.5mg/ml蛋白標(biāo)準(zhǔn)可以-20℃長(zhǎng)期保存。
②BCA工作液的配制
????根據(jù)樣品數(shù)量,按50體積BCA試劑A加1體積BCA試劑B(50:1)配制適量BCA工作液,充分混勻。例如5mlBCA試劑A 加100μl?BCA試劑B,混勻,配制成5.1ml BCA工作液。 BCA工作液室溫24小時(shí)內(nèi)穩(wěn)定。
③蛋白濃度檢測(cè)
????a.將標(biāo)準(zhǔn)品按0、1、2、4、8、12、16、20μl加到96孔板的標(biāo)準(zhǔn)品孔中,加標(biāo)準(zhǔn)品稀釋液補(bǔ)足到20μl,相當(dāng)于標(biāo)準(zhǔn)品濃度分別為0、0.025、0.05、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5mg/ml。(一般是先加PBS再加標(biāo)準(zhǔn)品,試劑先加多的,再加少的,也就是先按20、19、18、16、12、8、4、0μlH2O于96孔板的標(biāo)準(zhǔn)品孔中,再各加0、1、2、4、8、12、16、20μl標(biāo)準(zhǔn)品)
????b.首先加19μlPBS到96孔板的樣品孔中,再加入1μl 我們步驟一中提取的蛋白上清(設(shè)復(fù)孔)
????c.各孔加入200μl?BCA工 作液,37℃放置20-30分鐘。
注:也可以室溫放置2小時(shí),或60℃放置30分鐘。BCA法測(cè)定蛋白濃度時(shí),顏色會(huì)隨著時(shí)間的延長(zhǎng)不斷加深。并且顯色反應(yīng)會(huì)因溫 度升高而加快。如果濃度較低,適合在較高溫度孵育,或適當(dāng)延長(zhǎng)孵育時(shí)間。
????d.用酶標(biāo)儀測(cè)定A562,或540-595nm之間的波長(zhǎng)的吸光度。
????e.根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線(xiàn)和使用的樣品體積計(jì)算出樣品的蛋白濃度。根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線(xiàn)得到回歸曲線(xiàn),y為OD值,算出x樣品的蛋白濃度為多少μg/μl
????f.配置WB上樣樣品,如果要配一個(gè)500的體系,500μg需要加多少μl樣本,多少μlH2O,這邊我們是用4X的loadingbuffer,取125μl,配成500μl,就剛好稀釋到1x的工作濃度
loadingbuffer是常用的電泳上樣緩沖液,工作濃度是1X ,主要成分是1 M Tris-HCl(pH 6.8)、?十二烷基磺酸鈉(SDS)、 溴酚藍(lán)、 甘油 、DTT,其中甘油的作用是使樣品沉到點(diǎn)樣孔中而不漂浮起來(lái);SDS是結(jié)合蛋白質(zhì),使所有蛋白質(zhì)所帶電荷性質(zhì)一樣,但不同分子量的蛋白結(jié)合的SDS數(shù)量是不一樣的;溴酚藍(lán)是指示劑,可以用來(lái)觀察大概的電泳過(guò)程。DTT還原劑來(lái)讓蛋白質(zhì)充分變性,同時(shí)保護(hù)-SH基團(tuán)內(nèi)含還原劑破壞二硫鍵,而不會(huì)破壞蛋白質(zhì)的一級(jí)結(jié)構(gòu),不影響WB檢測(cè),因?yàn)閃B主要只是測(cè)蛋白表達(dá)量,而不需要蛋白的高級(jí)結(jié)構(gòu)。
????g.95℃煮5min,后可保存于-20℃,剩余樣品放置于-80℃冰箱保存.


3.WB試劑配制
①配置1.5 mol/L Tris.HCL(PH 8.8)-----高壓蒸汽滅菌
Tris base:72.68g
ddH2O:320ml
測(cè)量PH并定容至400ml
②配置1?mol/L Tris.HCL(PH 6.8)-----高壓蒸汽滅菌
Tris base:18.54g
ddH2O:100ml
測(cè)量PH并加HCL(大約11ml)定容至150ml
③10XRunning Buffer(儲(chǔ)存液)
Tris base:24.2g
甘氨酸:80g
SDS:10g
定容至1L,使用時(shí),要稀釋成1X工作濃度,即:900mlH2O+100ml10XRunning Buffer
④10X轉(zhuǎn)膜緩沖液
Tris base:30.3g
甘氨酸:144g
定容至1L,使用時(shí),要稀釋成1X工作濃度,即:800mlH2O+100ml10X轉(zhuǎn)膜緩沖液+100ml甲醇
⑤10xTBS(Tris緩沖鹽水--洗膜時(shí)用)(儲(chǔ)存液)(PH?6.8)
Tris base:24.2g
NaCl:80g
ddH2O:900ml
測(cè)量PH并加HCL(大約12ml)定容至1L,使用時(shí),要稀釋成1X工作濃度,即:900mlH2O+100ml10XTBS
TBST:含0.1%吐溫-20的1XTBS,即:1ml吐溫-20+1000ml的1XTBS
⑥配置分離膠與濃縮膠
注意:TEMED最后加,下圖中8ml與15ml大約為兩塊1.5mm的板


4.SDS-PAGE電泳
①配膠前先將板子弄好(將玻璃板對(duì)齊后放入卡緊,小心放置玻璃片)
②分離膠配好加入板子中
③加入ddH2O(異丙醇也可以)封閉(加滿(mǎn)),室溫放置15-20min后倒掉水,用剪好的濾紙條吸干水
④濃縮膠配好加入板子中(濃縮膠分離膠可以同時(shí)配置,但濃縮膠用時(shí)再加TEMED)
⑤插梳子(沿著一邊插,盡量避免氣泡)室溫放置20-30分鐘后放入電泳槽,并往內(nèi)槽中注滿(mǎn)電泳液
⑥拔梳子:緩慢垂直拔(如遇孔內(nèi)堵塞,可用槍頭吹吸或針頭挑,若孔內(nèi)膠條歪了,用針頭挑正)
⑦緩慢加入樣本20μl (注意樣本順序)最左側(cè)加marker4μl ,最右側(cè)加marker2ul
⑧補(bǔ)充足夠電泳液后開(kāi)始電泳(外槽頁(yè)面需超過(guò)金屬絲)電泳液可回收兩次
⑨濃縮膠電壓約80V 30min
????分離膠120V,根據(jù)目的蛋白的大小來(lái)判斷時(shí)間

5.轉(zhuǎn)膜
①準(zhǔn)備2張的濾紙和2張8.5cm x 6cm的PVDF膜(或NC膜),切濾紙和膜時(shí)一定要戴手套,因?yàn)槭稚系牡鞍讜?huì)污染膜。將切好的PVDF膜用甲醇浸泡2-3min,顏色有變化(或下沉)即可轉(zhuǎn)移至轉(zhuǎn)膜液中浸泡。(甲醇可以倒入后續(xù)的轉(zhuǎn)膜液中)
②在加有轉(zhuǎn)膜液的搪瓷盤(pán)里按照“三明治”結(jié)構(gòu)組裝轉(zhuǎn)膜夾
????三明治結(jié)構(gòu):黑板-海綿墊-濾紙-膠--PVDF膜-濾紙-海綿墊-白板(黑膠白膜)
????注意膠與膜之間不能有氣泡
③將“三明治”放入轉(zhuǎn)膜裝置(黑對(duì)黑,白對(duì)紅)(注意膜的正反)
④倒入4℃預(yù)冷的轉(zhuǎn)膜液(現(xiàn)配現(xiàn)用,防止甲醇揮發(fā)),放入冰盒,在冰盒中轉(zhuǎn)膜
150mA 2h(20kD~55kD)——200mA 1h15min
⑤轉(zhuǎn)完后將膜用1×TBST 在搖床上搖動(dòng)洗滌5min(注意正反面,右上角剪一點(diǎn))
⑥封閉:5%脫脂牛奶常溫封閉1h(或用5%BSA:磷酸化蛋白常用BSA封閉)
⑦用1×TBST?在搖床上搖動(dòng)洗滌5min,根據(jù)目的條帶大小剪去膜條進(jìn)行后續(xù)免疫反應(yīng)

6.免疫反應(yīng)
①將一抗用TBST(或牛奶或BSA)稀釋至適當(dāng)?shù)臐舛龋瑢⑺鶞y(cè)的蛋白區(qū)段條帶放到孵育盒里,加入稀釋好的抗體4℃搖床過(guò)夜孵育(60速)。注:一抗內(nèi)參常用beta-actin或beta-Tubulin,GAPDH易受影響,內(nèi)參常按1:4000稀釋?zhuān)灰豢钩0?:2000稀釋
②將條帶從一抗中取出,放到TBST中搖床洗滌3次,10min/次
③使用相應(yīng)的二抗,將二抗用TBST稀釋至適當(dāng)?shù)臐舛龋瑢⑺鶞y(cè)的蛋白區(qū)段條帶放到孵育盒里,加入稀釋好的抗體搖床孵育2-3h(二抗常按1:4000稀釋?zhuān)?/p>
④將條帶從二抗中取出,放到TBST中搖床洗滌3次,10min/次

7.化學(xué)發(fā)光顯影



8.時(shí)間安排
第一天:配各種液+配膠
第二天:上樣+電泳+轉(zhuǎn)膜+孵一抗過(guò)夜
第三天:孵二抗+洗二抗+顯影