為了免疫浸潤分析掏心掏肺的小編又來啦~~快來看看這次小編又給大家?guī)砹耸裁春霉ぞ摺?span id="s0sssss00s" class="color-pink-02 font-size-16">文末有目前最常規(guī)使用的免疫浸潤分析相關(guān)的工具和數(shù)據(jù)庫的使用方式，有需要的快去獲取吧！

???? TIMER 2.0數(shù)據(jù)庫（http://timer.comp-genomics.org/）的開發(fā)者來自哈佛大學(xué)和四川大學(xué)，數(shù)據(jù)庫相關(guān)文章（PMID: 32442275）于2020年7月發(fā)表在Nucleic Acids Research雜志（2019IF=11.501）上。

TIMER 2.0提供了免疫（Immune Association）、探索（Cancer Exploration）和評估（Immune Estimation）三個(gè)模塊用于調(diào)查免疫浸潤與遺傳或臨床特征之間的關(guān)聯(lián)，以及四個(gè)模塊用于探索TCGA隊(duì)列中與癌癥相關(guān)的關(guān)聯(lián)。每個(gè)模塊可以生成一個(gè)功能性熱圖表，使用戶可以輕松地同時(shí)識別多種癌癥類型的重要關(guān)聯(lián)。今天小編和大家一起學(xué)習(xí)一下TIMER2.0的使用。

一、免疫相關(guān)性

免疫相關(guān)性分為三個(gè)模塊，基因、突變、sCNA和結(jié)果，我們以A1CF為例介紹這幾個(gè)模塊。

首先數(shù)據(jù)庫會給一個(gè)熱圖來反應(yīng)不同的免疫浸潤評價(jià)情況在不同的癌癥當(dāng)?shù)南嚓P(guān)性。

如果對于某一個(gè)結(jié)果感興趣，可以點(diǎn)擊其中某一個(gè)結(jié)果，那么就會繪制具體的結(jié)果圖形。對于基因表達(dá)就是散點(diǎn)圖了，對于突變和拷貝數(shù)則是小提琴圖了。

其他都比較類似，就不再展示了，下面我們看一下腫瘤探索部分。

二、腫瘤探索

依然已A1CF為例：

首先是一張經(jīng)典的箱線圖，延續(xù)了上一版本的風(fēng)格：

Cox回歸分析：

三、免疫估計(jì)

這個(gè)數(shù)據(jù)庫除了可以分析TCGA的現(xiàn)有數(shù)據(jù)之外，也是可以對自己的數(shù)據(jù)集進(jìn)行免疫浸潤分析的。剛才也提到過，一些關(guān)于免疫浸潤的算法都是需要代碼運(yùn)行的，因此會需要一定的門檻，所以這個(gè)數(shù)據(jù)庫提供了目前的所有算法的評估結(jié)果，可以隨意下載自己想要算法的結(jié)果。

值得注意的是，上傳的數(shù)據(jù)是TPM歸一化的數(shù)據(jù)庫。感興趣的小伙伴可以自己摸索哦。小編這次就為大家介紹到這里啦。

??? 想要進(jìn)一步學(xué)習(xí)代碼使用的小伙伴們可以關(guān)注我們的gongzhu號eryunjian2014，包含了目前最常規(guī)使用的免疫浸潤分析相關(guān)的工具和數(shù)據(jù)庫，包括Cibersort，ESTIMATE，ssGSEA等，所有代碼、使用、操作一次性學(xué)會。讓門檻不再是門檻！