如何在生存分析與Cox回歸中計算IDI，NRI指標(biāo)|附代碼數(shù)據(jù)
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最近我們被客戶要求撰寫關(guān)于生存分析的研究報告，包括一些圖形和統(tǒng)計輸出。
本文演示了如何在生存分析與Cox回歸中計算IDI，NRI指標(biāo)
讀取樣本數(shù)據(jù)
?D=D[!is.na(apply(D,1,mean)),]?;?dim(D)##?[1]?416???7
查詢部分?jǐn)?shù)據(jù)（結(jié)果和預(yù)測因子）
head(D)##???time?status??????age?albumin?edema?protime?bili
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##?3?1012??????1?70.07255????3.48???0.5????12.0??1.4
##?4?1925??????1?54.74059????2.54???0.5????10.3??1.8
##?5?1504??????0?38.10541????3.53???0.0????10.9??3.4
##?6?2503??????1?66.25873????3.98???0.0????11.0??0.8
模型0和模型1的結(jié)果數(shù)據(jù)和預(yù)測變量集
outcome=D[,c(1,2)]
covs1<-as.matrix(D[,c(-1,-2)])
covs0<-as.matrix(D[,c(-1,-2,?-7)])
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##?1??400??????1
##?2?4500??????0
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##?4?1925??????1
##?5?1504??????0
##?6?2503??????1
``````
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##?4?54.74059????2.54???0.5????10.3
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##?6?66.25873????3.98???0.0????11.0
``````
head(covs1)##????????age?albumin?edema?protime?bili
##?1?58.76523????2.60???1.0????12.2?14.5
##?2?56.44627????4.14???0.0????10.6??1.1
##?3?70.07255????3.48???0.5????12.0??1.4
##?4?54.74059????2.54???0.5????10.3??1.8
##?5?38.10541????3.53???0.0????10.9??3.4
##?6?66.25873????3.98???0.0????11.0??0.8
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輸出?
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##?M2?0.457?0.340?0.566???????0
##?M3?0.041?0.025?0.062???????0
M1表示IDI
M2表示NRI
M3表示中位數(shù)差異
圖形演示
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