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原創(chuàng)?小果?生信果

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生信人R語(yǔ)言學(xué)習(xí)必備

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（56線(xiàn)程，256G內(nèi)存，個(gè)人存儲(chǔ)1T）

小果如期而至，小伙伴們有沒(méi)有想我呢。小果在安裝R包SpatialExperiment時(shí)遇到了一些報(bào)錯(cuò)，R包安裝報(bào)錯(cuò)是一件很頭痛的事情，因?yàn)榘惭b不了，后面的分析都無(wú)法進(jìn)行了。在使用R安裝包時(shí)大家或多或少都會(huì)遇到報(bào)錯(cuò)，那現(xiàn)在小果就分享給大家R包安裝的常用報(bào)錯(cuò)以及解決辦法。

小果在本地安裝此包比較慢，因此在服務(wù)器上運(yùn)行安裝R包的程序。

安裝代碼：

問(wèn)題1：

在安裝過(guò)程中遇到了there is no package called ‘ ’?這類(lèi)型的報(bào)錯(cuò)，主要問(wèn)題是說(shuō)不存在某包，遇到這種報(bào)錯(cuò)，解決辦法是：使用命令單獨(dú)安裝此包。

如上圖所示，這里小果報(bào)錯(cuò)是不存在spdep的R包，我使用install.packages()進(jìn)行安裝，之后安裝R包SpatialExperiment的程序可以正常運(yùn)行。安裝代碼如下：

問(wèn)題2：

在運(yùn)行下面代碼時(shí)出現(xiàn)這個(gè)報(bào)錯(cuò)：

報(bào)錯(cuò)如圖所示：

這個(gè)錯(cuò)誤信息出現(xiàn)在R語(yǔ)言中，是因?yàn)樵诖a中調(diào)用了一個(gè)名為newSpatialExperiment的函數(shù)，但是這個(gè)函數(shù)并沒(méi)有從SpatialExperiment這個(gè)包中被正確導(dǎo)入?？赡艹霈F(xiàn)這種情況的原因有很多，比如：

沒(méi)有正確安裝SpatialExperiment包；

沒(méi)有使用library(SpatialExperiment)或require(SpatialExperiment)語(yǔ)句來(lái)加載SpatialExperiment包；

newSpatialExperiment函數(shù)并沒(méi)有被正確地定義和導(dǎo)出。

對(duì)于這類(lèi)問(wèn)題，解決方法包括：

確保已經(jīng)正確安裝SpatialExperiment包，并嘗試重新安裝；

使用library(SpatialExperiment)或require(SpatialExperiment)語(yǔ)句來(lái)加載包；

檢查newSpatialExperiment函數(shù)是否存在于包中的某個(gè)命名空間中，并查看是否有其他的導(dǎo)出函數(shù)可以代替newSpatialExperiment。

SpatialExperiment包定義一個(gè) S4 類(lèi)，用于存儲(chǔ)來(lái)自空間分辨轉(zhuǎn)錄組學(xué) ST 實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù)。類(lèi)似地，小果在這里給大家推薦一個(gè)小工具：MIA(multimodal-intersection-analysis)算法整合單細(xì)胞及空間轉(zhuǎn)錄組（http://www.biocloudservice.com/801/801.php），可以在線(xiàn)網(wǎng)頁(yè)運(yùn)行，運(yùn)行速度很快，大家可以用起來(lái)哦。

以后大家遇到問(wèn)題，也歡迎來(lái)和小果討論呀。

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