相信大家或多或少都體會到了實驗的內卷，為了文章的分數高一點，要做的實驗越來越多，但就算一周七天早晚全在實驗室，又能得到多少陽性結果？又有幾個人能做出突破性成果？

既然如此，不如從利用數據庫中的現有數據，從生信角度提升你的文章分數！今天小編就教你一套“省錢提分”的秘籍。

研究思路? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ??

DTL (denticleless protein homolog)也被稱為CDT2基因，能夠調控DNA復制。作者利用5個GEO數據、ICGC和TCGA數據庫中的肝癌測序數據分析DTL的表達，并根據DTL表達水平將患者分為DTLhigh和DTLlow組，通過KEGG和GO分析解讀DTL基因對預后、肝癌細胞生物學行為等的影響。采用TIMER、GEPIA和TISIDB數據庫研究DTL水平與腫瘤微環(huán)境（免疫細胞狀態(tài)和免疫細胞浸潤）之間的潛在關系。

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主要研究結果

Part1. 肝癌患者中DTL表達上調且與預后不良相關

1）目的：比較DTL基因在腫瘤和非腫瘤配對組織之間的轉錄表達。

2）結果： 在GEO和TCGA數據中，肝癌腫瘤標本中DTL基因mRNA水平均顯著升高(圖1A-F)。GEPIA數據庫和ICGC-JP隊列也證實了DTL基因在腫瘤組織中的表達水平高于非腫瘤組織(圖1G-H)。臨床樣本免疫組化驗證結果與分析結果一致 (圖1I, J)。而且，高表達DTL的患者生存期較短 (圖1K)。

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Part2. 肝癌患者中DTL表達上調預示著預后不良

1）目的：比較DTL的表達水平與患者預后的相關性(DTLhigh組和DTLlow組)。

2）結果：DTL高表達對患者的生存不利，包括總生存期(OS)、無進展生存期(PFS)、無復發(fā)生存期(RFS)或疾病特異性生存期(DFS)(圖2A-D)。作者還分析了DTL對不同性別（男女）、人種（白種人和亞洲人）以及飲酒或肝炎病毒感染等亞組患者生存期的影響 (圖2E-F)。這些數據說明DTL表達上調預示肝癌患者的預后較差。

Part3. 高表達DTL促進肝癌細胞增殖

1）方法：作者分析了TCGA數據中DTLhigh和DTLlow組的差異表達基因(DEGs)，并利用KEGG富集和GO分析這些基因的功能。

2）目的：KEGG富集和GO分析高表達DTL與哪些信號通路相關。

3）結果：發(fā)現上調的DEGs主要富集于細胞周期過程(圖3A)，與這些上調DEGs相關的生物學過程是細胞器裂變、核分裂和DNA復制，這些過程與細胞生長和增殖有關(圖3B)。這些上調的DEGs主要是為細胞的增殖和分裂過程做準備(圖3C-D)?；蚣患治?Gene set enrichment analysis, GSEA)結果也提示DTL與細胞周期、DNA復制和細胞分裂呈正相關（圖3E-G）。

Part4. 肝癌中DTL與細胞周期相關基因的關系

1）方法：對HCC隊列中與DTL表達相關的基因進行共表達分析。

2）結果：分析與DTL表達強烈相關的基因(圖4A)。結果發(fā)現細胞周期相關基因CDK1、MCM2、CDC45和MCM6與DTL表達呈顯著正相關(圖4B)，而這些與細胞周期相關基因大多是肝癌患者的危險因素(圖4B)。同時，通過ClueGO可視化這些共表達基因的交互網絡，以展示功能基因的生物學過程和關聯(lián)。同樣顯著相關的生物學功能是細胞周期、DNA復制等(圖4C)。

Part5. 肝癌中體細胞突變與DTL表達的關系

1）目的：探討突變在HCC隊列中的分布是否受DTL基因表達的影響。

2）方法：分析了TCGA數據庫HCC隊列中DTLhigh和DTLlow組的體細胞突變情況。

3）結果：DTLhigh和DTLlow兩組中CTNNB1、TTN, TP53、MUC16、PCLO等基因的突變百分比不同，大多數基因在DTLhigh組中突變更多，其中DTLhigh組患者TP53突變率較高(40%) ，而DTLlow組患者CTNNB1突變率較高(30%) (圖5B)。

Part6. 肝癌中DTL的表達與免疫細胞標記基因的關系

1）目的：闡明DTL表達與多種浸潤免疫細胞狀態(tài)的相關性。

2）方法：利用Timer2.0數據庫分析DTL的表達與免疫細胞標記基因的關系。

3）結果：DTL基因與Treg細胞和T細胞衰竭標志物如FOXP3、CCR8、STAT5B、PD-1、CTLA4、LAG3等密切相關(圖6A)。CD8+T細胞標志物和T細胞標志物與DTL表達呈正相關(圖6A)。腫瘤相關巨噬細胞（TAMs）、M1型巨噬細胞、M2型巨噬細胞和單核細胞標記物與DTL水平有很強的相關性(圖6A)。DTL的水平與HCC中大多數活化的CD8+和CD4+T細胞標志基因密切相關(圖6B)。

Part7. DTL高表達腫瘤的免疫細胞浸潤特征

1）方法：利用xcell、TISID和CIBERSORT算法分析DTL水平與肝癌中不同免疫細胞浸潤豐度的相關性。

2）結果：DTL水平與肝癌中2型T輔助細胞（Th2）和記憶B細胞的浸潤呈正相關，而與巨噬細胞和中央記憶CD4+T細胞浸潤水平呈負相關(圖7A-B)。CIBERSORT分析發(fā)現在肝癌患者的腫瘤微環(huán)境中CD4+T細胞(靜息記憶)、M2型巨噬細胞、M0巨噬細胞和靜息肥大細胞所占比例最高(圖7C)。同時，高表達DTL的腫瘤微環(huán)境表現為Treg細胞的浸潤較高和CD8+T細胞的浸潤較(圖7C)。此外，在DTLhigh組中巨噬細胞的浸潤率相對較高 (圖7D)。高表達DTL會引發(fā)相對較強的適應性免疫、較強的T細胞應答(圖7E)，但CD8+T細胞的活性低于DTLlow組(圖7F)。

總結

本研究通過多個數據庫的數據研究了肝癌隊列中DTL的表達水平及其與預后的關系，并探討了DTL表達與腫瘤微環(huán)境（浸潤免疫細胞及免疫細胞標志物）的關系。

整體來說這篇文章的分析思路很清晰，差異表達、預后、突變分析、免疫浸潤分析。如果你有想研究的目的基因，這篇文章就很有借鑒意義，趕快來試著復現一下吧！

另外，從分析的結果看，DTL還可能與腫瘤微環(huán)境（巨噬細胞、CD4+T細胞等）有關，后續(xù)完全可以設計出腫瘤微環(huán)境和免疫治療相關的延伸方案，用作國自然的課題思路！

文獻出處? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ??

Li Z, Wang R, Qiu C, Cao C, Zhang J, Ge J, Shi Y. Role of DTL in Hepatocellular Carcinoma and Its Impact on the Tumor Microenvironment. Front Immunol. 2022 Mar 22;13:834606. doi: 10.3389/fimmu.2022.834606. PMID: 35392073.