1.什么是熱圖？

在組學(xué)研究的相關(guān)文章中，我們常常可以看到熱圖（Heatmap）的展示。這些紅綠相間且色彩變化豐富的熱圖總是能吸引讀者的眼球，從而為文章增添不少亮色。當(dāng)然，作為嚴(yán)謹(jǐn)?shù)目茖W(xué)研究論文，圖表的展示當(dāng)然不可能僅僅是為了好看。熱圖作為一種對實驗數(shù)據(jù)及其分析結(jié)果的直觀的表達(dá)方式，在很多文章中都有著不可或缺的地位。

它是一種將規(guī)則化矩陣數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成顏色色調(diào)的常用的可視化方法，其中每個單元格對應(yīng)數(shù)據(jù)的某些屬性，屬性的值通過顏色映射轉(zhuǎn)換為不同色調(diào)并按規(guī)則填充單元格。

本文我們就來討論一下熱圖是如何繪制的以及如何對其進(jìn)行解讀。

2.繪圖前的數(shù)據(jù)準(zhǔn)備

demo數(shù)據(jù)可以在https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/demoData/heatmap.rar下載。

2.1 熱圖數(shù)據(jù)

數(shù)據(jù)來源一般是搜庫結(jié)果定量表。包含2個維度的數(shù)據(jù)，一般情況下，每一行是一個基因，每一列是一個樣本。

2.2 樣本分組數(shù)據(jù)（可選）

行名的名稱和個數(shù)要和之前的heatmap數(shù)據(jù)保持一致，列名為分組名稱，可以包含不止一個分組。

2.3 基因分組數(shù)據(jù)（可選）

行名的名稱和個數(shù)要和之前的heatmap數(shù)據(jù)保持一致，列名為分組名稱，可以包含不止一個分組。

3.R語言怎么畫熱圖

4.BioLadder生信云平臺在線繪制熱圖

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5.熱圖怎么看？

如圖，就是一副組學(xué)研究中熱圖的常用繪制模式，每個小方格表示每個基因在不同樣本中的定量值，其顏色表示該基因表達(dá)量大小，表達(dá)量越大顏色越深（紅色為高表達(dá)，藍(lán)色為低表達(dá)）。每行表示每個基因在不同樣本中的表達(dá)量情況，每列表示每個樣品中所有基因的表達(dá)量情況。上方樹形圖表示對來自不同實驗分組的不同樣品的聚類分析結(jié)果，左側(cè)樹狀圖表示對來自不同樣本的不同基因的聚類分析結(jié)果。

1，行名稱，一般為分組名稱

2，列名稱，一般為基因名稱

3，圖例信息，左側(cè)是熱圖小方塊的顏色圖例說明，右側(cè)為分組信息的圖例說明。

4，列聚類，如果不聚類，排序?qū)⒈３治募?shù)據(jù)的默認(rèn)方式。從樣本角度講，聚類可以觀察到你采集的不同組別樣本是否被分類到一起了。因為，理論上如果樣本來自于同一個組，其特征應(yīng)該是相似的，而如果在實際操作中，某一個應(yīng)該屬于該組的樣本被聚類到別的組了，那就說明這個樣本本身的變異度很高，或者說在之前的樣本采集或者測序過程中出了什么問題。

5，行聚類，如果不聚類，排序?qū)⒈３治募?shù)據(jù)的默認(rèn)方式。從基因表達(dá)角度講，聚類可以觀察到哪些基因群體具有比較一致的表達(dá)變化，因為基因的上下游關(guān)系一般是連鎖反應(yīng)的，也就是說一個基因的表達(dá)增加可能能夠帶動一系列的基因的表達(dá)增加。

6，列分組信息。

7，行分組信息。