蛋白質(zhì)的一級(jí)結(jié)構(gòu)即氨基酸組成和排列順序是決定其高級(jí)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)，也是確定蛋白質(zhì)種類的重要信息。蛋白質(zhì)測序就是指對蛋白質(zhì)的一級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析，常用的測序方法有Sanger法、Edman降解法、二硝基氟苯法（FDNB法）、丹磺酰氯法（DNS法）、肼解法、羧肽酶法以及基于質(zhì)譜的方法等。

經(jīng)電泳分離后得到的蛋白質(zhì)膠條也可以作為樣本進(jìn)行序列分析，進(jìn)行蛋白電泳條帶測序首先要將膠條中的蛋白質(zhì)進(jìn)行回收，去掉除了蛋白質(zhì)以外的其他物質(zhì)，然后根據(jù)具體的實(shí)驗(yàn)?zāi)康倪x擇合適的測序方法。基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)序列方法可以實(shí)現(xiàn)靶蛋白的全序列測定、N/C末端測序以及從頭測序，對于未知的、全新的或者沒有理論數(shù)據(jù)庫的蛋白質(zhì)是最好的選擇，質(zhì)譜法憑借其高適用性以及高分辨率和準(zhǔn)確性已成為蛋白序列分析最常用的技術(shù)。