背景

Mixture analysis是近幾年環(huán)境流行病學(xué)最熱門的方法,即“混合物分析”,其中BKMR是非常非常重要的方法，無(wú)法忽略它強(qiáng)大的解釋能力。小編上一期推文混合物分析新思路：BKMR套路解析中詳細(xì)介紹過(guò)。陸陸續(xù)續(xù)有小伙伴咨詢，大樣本(>1000人)跑的時(shí)候太慢了，有的人甚至說(shuō)要跑5天。那有沒有更快速跑BKMR的解決方案呢？也許本章節(jié)就有答案。

bkmrhat包解析

bkmr包有4個(gè)缺點(diǎn)，1)沒有并行同時(shí)運(yùn)行多個(gè)MC鏈2）沒有跨多個(gè)MC鏈的推斷3）參數(shù)的有限的后驗(yàn)總結(jié)4）有限的診斷。其實(shí)，bkmrhat就是用future包的多線程寫入原來(lái)的包，達(dá)到經(jīng)典bkmr包速度的4-24倍(根據(jù)CPU核心線程不同不同)，甚至更快。Bkmrhat包地址 https://github.com/kdevick/bkmr-cma。主要函數(shù)如下，相當(dāng)于bkmr增加了paralled功能。

R實(shí)戰(zhàn)

案例與BKMR案例相同，dataset1數(shù)據(jù)集(文末獲取附件)。結(jié)果解釋參考BKMR章節(jié)，一樣。

Tips

目前未見比較好的文章有詳細(xì)運(yùn)用BKMRhat包各項(xiàng)功能的案例，有見到的小伙伴還請(qǐng)文章底部留言告知一下。謝謝。

小結(jié)

BKMRhat包提供了相對(duì)BKMR包高達(dá)20倍以上速度提升，可計(jì)算總效應(yīng)趨勢(shì)(多污染物模式)、相對(duì)重要性(PIP)；也可分MC鏈展示分鏈多污染物模式、分鏈單污染物模式。

數(shù)據(jù)和代碼索要請(qǐng)公眾號(hào)后臺(tái)發(fā)送信息 bkmrhat?

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參考文獻(xiàn)：1https://github.com/alexpkeil1/bkmrhat?2 https://cran.r-project.org/web/packages/bkmrhat/vignettes/bkmrhat-vignette.html

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