#方便自己回來復(fù)習(xí)的個(gè)人學(xué)習(xí)記錄，僅供參考，如有錯(cuò)誤，請(qǐng)多指正

phyloregion 是一個(gè)用于生物地理區(qū)域劃分和宏觀生態(tài)學(xué)研究的R包，該軟件包快速高效，可以計(jì)算更多的標(biāo)準(zhǔn)指標(biāo)，如系統(tǒng)發(fā)育多樣性、系統(tǒng)發(fā)育地方性、進(jìn)化獨(dú)特性和全球?yàn)l危，以及β多樣性。

這位老師的這篇推寫的很棒https://mp.weixin.qq.com/s/h_TCAmwBFAK9_1i9JEKyFw

里面有比較好的講解，但是里面的連接https://phyloregion.com/被撤回了，雖然找寫推的老師要到了工作示例代碼，但是由于自己太菜看不懂，所以滾去一行行先過一遍說明書。

說明書在CRAN上下來了

（下載連接：https://cran.r-project.org/web/packages/phyloregion/phyloregion.pdf）

然后就是基本上沒r基礎(chǔ)的菜雞開始啃manual，感覺跟之前接觸過的一只手?jǐn)?shù)綽綽有余的那幾個(gè)工具包完全不是一個(gè)級(jí)別的嘛，嗚嗚 好難

Depends R (>= 4.0.0)

描述里提到"phyloregion can run on any operating system (Mac, Linux, Windows or even high performance computing cluster) with R 3.6.0 (or higher) installed",我下的是Rstudio v4.1.2，加載包的時(shí)候會(huì)warning，問題不大。

安裝phyloregion：

加載phyloregion包:

africa

描述：

該數(shù)據(jù)集包含了南部非洲木本植物物種的系統(tǒng)發(fā)育及其地理分布。該數(shù)據(jù)集來自一項(xiàng)研究，該研究繪制了非洲南部樹木多樣性熱點(diǎn)地區(qū)的地圖(Daru et al. 2015)。研究繪制了物種豐富度(SR)、系統(tǒng)發(fā)育多樣性(PD)、系統(tǒng)發(fā)育地方性(PE)、物種加權(quán)地方性(CWE)和進(jìn)化獨(dú)特性與全球?yàn)l危(EDGE) 5種多樣性熱點(diǎn)類型。研究結(jié)果表明，非洲南部地區(qū)的樹木多樣性指數(shù)在空間上存在較大的不一致性，導(dǎo)致PD、SR、PE、CWE和EDGE在熱點(diǎn)地區(qū)和當(dāng)前保護(hù)區(qū)的不平等表現(xiàn)，這表明，要最大限度地保護(hù)非洲南部地區(qū)的樹木多樣性，需要考慮生物多樣性的多個(gè)方面的綜合方法。針對(duì)這個(gè)包，我們將數(shù)據(jù)集安排為四個(gè)組件:" comm "， " polyys "， " phylo "， " mat "， " IUCN "。

comm:這是50 × 50 km網(wǎng)格單元內(nèi)各物種存在/消失的稀疏群落組成矩陣。稀疏矩陣是零項(xiàng)占比高的矩陣(Duff 1977)，其中只有非零項(xiàng)被存儲(chǔ)并用于下游分析。

polys：這些是覆蓋研究區(qū)域地理范圍的網(wǎng)格，可以用fishnet模塊生成。個(gè)人理解就是對(duì)研究區(qū)域柵格化后的區(qū)域信息（？）。

phylo:對(duì)應(yīng)于系統(tǒng)發(fā)育樹，該樹是使用貝葉斯分析估計(jì)的1400個(gè)物種和1633 bp的葉綠體DNA序列來自于matK和rbcLa的組合，使用程序BEAST v.1.7.5假設(shè)一個(gè)不相關(guān)松弛分子時(shí)鐘模型，以APG3為框架，用18個(gè)化石校正。就是研究區(qū)域內(nèi)物種的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系信息。

mat：各網(wǎng)格間系統(tǒng)發(fā)生β多樣性的距離矩陣。

IUCN：用EDGE模塊分析進(jìn)化獨(dú)特性和全球?yàn)l危性的dataframe

示例：

到這里為止都還是我能很容易就能理解的內(nèi)容，也就只是到這里為止了……