N6-甲基腺苷 (m6A) 修飾在腫瘤發(fā)生中起重要作用。這些修飾調(diào)節(jié) RNA，包括 mRNA 和 lncRNA。然而，人們對(duì) m6A 相關(guān) lncRNA 在頭頸部鱗狀細(xì)胞癌 (HNSCC) 中的預(yù)后作用知之甚少。基于 LASSO Cox 回歸、富集分析、單變量和多變量 Cox 回歸分析、預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型和共識(shí)聚類(lèi)分析，我們分析了來(lái)自癌癥基因組圖譜 (TCGA) 數(shù)據(jù)庫(kù)的 HNSCC 樣本數(shù)據(jù)中的 12 個(gè) m6A 相關(guān) lncRNA。我們?cè)谟?xùn)練隊(duì)列中發(fā)現(xiàn)了 12 個(gè) m6A 相關(guān)的 lncRNA，并通過(guò) Kaplan-Meier 和 Cox 回歸分析在所有隊(duì)列中驗(yàn)證了它們，揭示了它們?cè)?HNSCC 中的獨(dú)立預(yù)后價(jià)值。此外，進(jìn)行了 ROC 分析，證實(shí)了該特征對(duì) HNSCC 存活的強(qiáng)大預(yù)測(cè)能力。GSEA 和詳細(xì)的免疫浸潤(rùn)分析揭示了與 m6A 相關(guān)的 lncRNA 相關(guān)的特定途徑。在這項(xiàng)研究中，一種新的風(fēng)險(xiǎn)模型包括 12 個(gè)基因（SAP30L-AS1，AC022098.1、LINC01475、AC090587.2、AC008115.3、AC015911.3、AL122035.2、AC010226.1、AL513190.1、ZNF32-AS1、AL035587.1和AL031716.1）已建成。它可以準(zhǔn)確預(yù)測(cè) HNSCC 的結(jié)果，并可以為 HNSCC 患者提供新的治療靶點(diǎn)。

結(jié)果

顯示了 HNSCC 中 m6A 和 lncRNA 之間的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)圖。藍(lán)色代表lncRNA，紅色代表m6A。將 21 個(gè) m6A 相關(guān) lncRNA 映射到 HNSCC 樣本的表達(dá)譜，以通過(guò) CCP 工具進(jìn)行一致的聚類(lèi)，以便我們可以通過(guò)其不同的免疫表型將 HNSCC 樣本分成不同的腫瘤簇。我們將 9 設(shè)置為最大簇?cái)?shù)（圖 1）。?2一個(gè)）。最穩(wěn)定的結(jié)果將不同的腫瘤簇分為兩個(gè)簇，如 CCP 分析所示，分別命名為簇 1 和簇 2（圖 2）。?2公元前）。我們使用來(lái)自 TCGA 數(shù)據(jù)集的 487 個(gè) HNSCC 樣本作為訓(xùn)練組來(lái)研究 m6A 相關(guān) lncRNA 簇的預(yù)后。訓(xùn)練組所有患者根據(jù) m6A 相關(guān) lncRNA 分為簇 1 和簇 2。免疫評(píng)分、基質(zhì)評(píng)分和腫瘤純度（估計(jì)評(píng)分）均根據(jù) 487 份 HNSCC 樣本的基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)通過(guò) ESTIMATE 算法計(jì)算得出。然后，我們分析了不同 m6A 相關(guān) lncRNA 簇中基質(zhì)評(píng)分、免疫評(píng)分和腫瘤純度（估計(jì)評(píng)分）的差異。集群 1 的免疫評(píng)分低于集群 2，基質(zhì)評(píng)分高于集群 2（圖 2）。?2E，P = 0.025；如圖。?2D，P = 0.0019）。同樣，Cluster 2 的腫瘤純度也較低，沒(méi)有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（圖 2）。?2F，P = 0.66）。集群 1 的總生存期（OS）比集群 2 短，如 Kaplan-Meier 生存曲線(xiàn)所示（圖 2）。?2G，P = 0.005）。集群 1 和集群 2 之間的 22 個(gè)腫瘤免疫細(xì)胞中的每一個(gè)的分化率由小提琴圖顯示。應(yīng)用 Wilcoxon 秩和檢驗(yàn)來(lái)確定顯著性

不同m6A相關(guān)lncRNA簇中TME（腫瘤微環(huán)境）的組成和免疫細(xì)胞浸潤(rùn)比較

采用 CIBERSORT 方法估計(jì)了 487 個(gè) HNSCC 樣本的免疫細(xì)胞組成。此外，我們將結(jié)果標(biāo)準(zhǔn)化為細(xì)胞類(lèi)型的相對(duì)比例。觀察到7種免疫細(xì)胞的差異。在集群 1 中，免疫細(xì)胞類(lèi)型的相對(duì)水平高于集群 2，例如 M0 巨噬細(xì)胞 (P = 0.0067)、活化肥大細(xì)胞 (P = 0.029) 和中性粒細(xì)胞 (P = 0.017)，與幼稚 B 細(xì)胞不同(P = 0.0026)、CD8 T 細(xì)胞 (P = 0.012)、濾泡輔助性 T 細(xì)胞 (P = 0.003) 和調(diào)節(jié)性 T 細(xì)胞 (Tregs) (P = 0.00012)，它們?cè)诩?1 中較低

基因集富集分析

鑒于集群與 HNSCC 預(yù)后之間的相關(guān)性，我們?cè)诩?1 和集群 2 之間進(jìn)行了 GSEA。GSEA 顯示，大多數(shù)新型 m6A 相關(guān) lncRNA 預(yù)后特征在集群 2 組中呈正相關(guān)，包括亨廷頓病、帕金森病、嘧啶代謝、阿爾茨海默病、氧化磷酸化、剪接體、蛋白酶體、RNA降解、RNA聚合酶和核苷酸切除修復(fù)

風(fēng)險(xiǎn)模型和 m6A 相關(guān) lncRNA 的預(yù)后分析

m6A相關(guān)lncRNA的分層分析

我們探討了臨床病理學(xué)特征與風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分之間的關(guān)聯(lián)。結(jié)果顯示，HNSCC 患者具有集群 1、低免疫評(píng)分和 T3-4 期疾?。▓D 2）。?6B-D) 具有較高的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分，而風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分與年齡或臨床分期無(wú)關(guān)（圖 2）。?6A，E)。我們進(jìn)行了分層分析，以確認(rèn)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分是否保留了預(yù)測(cè)不同亞組 OS 的能力。我們的研究結(jié)果表明，在 ≤ 65 歲或 > 65 歲的患者、G1-2 或 G3-4 患者和 M0 患者中，高危 HNSCC 患者的 OS 較差（圖 1）。?6鰭）。此外，m6A 相關(guān)的 lncRNA 風(fēng)險(xiǎn)特征可以區(qū)分 N0 期 HNSCC 患者和 I-II 期疾病患者之間的生存差異（圖 2）。?6J-M)。

風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分和臨床病理變量對(duì) HNSCC 患者預(yù)后的影響

熱圖中顯示了高風(fēng)險(xiǎn)和低風(fēng)險(xiǎn)組中 12 個(gè)選定的 m6A 相關(guān) lncRNA 和臨床病理學(xué)變量的表達(dá)。我們發(fā)現(xiàn)兩組在免疫評(píng)分（P < 0.05）和集群（P < 0.05）方面存在顯著差異（圖1）。?7一個(gè)）。單因素分析發(fā)現(xiàn)年齡、風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分和分期與 OS 顯著相關(guān)（P < 0.05，圖 2）。?7乙）。通過(guò)多變量分析觀察到相同的結(jié)果（P < 0.05，圖 2）。?7C）。這些結(jié)果表明，風(fēng)險(xiǎn)特征是 HNSCC 患者的風(fēng)險(xiǎn)因素，并且可以成為這些患者的獨(dú)立預(yù)后生物標(biāo)志物。

與免疫浸潤(rùn)相關(guān)的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分

Spearman相關(guān)分析結(jié)果的綜合分析（圖1）。?8A-O) 表明嗜酸性粒細(xì)胞、活化的樹(shù)突細(xì)胞、活化的肥大細(xì)胞、M0 巨噬細(xì)胞、M2 巨噬細(xì)胞、靜息 NK 細(xì)胞和靜息 CD4 記憶 T 細(xì)胞與風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分呈正相關(guān)，而幼稚 B 細(xì)胞、漿細(xì)胞、CD8 T細(xì)胞、活化的 CD4 記憶 T 細(xì)胞、調(diào)節(jié)性 T 細(xì)胞 (Tregs)、濾泡輔助 T 細(xì)胞、γ δ T 細(xì)胞和靜息肥大細(xì)胞與風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分呈負(fù)相關(guān)。