靈谷寺，位于南京市玄武區(qū)中山陵以東，始建于南梁天監(jiān)十四年（515年）。南朝梁武帝為紀念著名僧人寶志禪師而興建，初名開善寺。明朝時朱元璋親自賜名“靈谷禪寺”，并封其為“天下第一禪林”。為明代佛教三大寺院之一，《金陵梵剎志》將靈谷寺、大報恩寺、天界寺并列為大剎。

明成祖朱棣遷都北京后，靈谷寺開始凋敝。咸豐同治年間清軍與太平軍的兵火波及此處，摧毀了這里大多數(shù)建筑。民國十七年（1928年），國民政府在荒廢的古靈谷寺原址上開始建設國民革命軍陣亡將士公墓，共建有公墓3座，第一公墓居中，位于無梁殿后面；第二、三公墓位于無梁殿東西兩側。三個公墓共葬入1029名國軍陣亡官兵，多數(shù)是北伐和12.8淞滬會戰(zhàn)陣亡將士。第一、二、三公墓的地上建筑基本被毀。1949年，陣亡將士公墓后更名為靈谷公園，第一公墓改為花壇和草坪，第二公墓改為鄧演達墓，第三公墓廢棄。

1973年，南京靈谷寺修復開放，從市文管會請回玄奘頂骨，建玄奘院，將玄奘頂骨安奉于此。2016年1月8日，靈谷寺玄奘院地宮落成，鎮(zhèn)寺之寶——玄奘的頂骨從玄奘院大殿移駕地宮內保存。

2001年6月25日，國務院公布廖仲愷何香凝墓、鄧演達墓、譚延闿墓、國民革命軍陣亡將士公墓四個革命遺址及革命紀念建筑物整體為全國重點文物保護單位。2006年，靈谷寺被國務院列為全國重點文物保護單位。

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