鑒于最近公眾號上粉絲猛增，為回饋新老顧客對本公眾號的厚愛，特拿出此看家之作，與各位分享交流。

某度上別人寫的分子模擬方法千千萬，但是我的這個(gè)絕對是針對0基礎(chǔ)的盆友們，而且依靠這個(gè)方法也是完成了我的第一篇水文，更是在后面對蛋白結(jié)構(gòu)功能分析的工作中起到了重要的作用，我會努力為大家寫一個(gè)系統(tǒng)且全面的教程，我做的都是蛋白，所以該教材只能幫助到做蛋白的同學(xué)，當(dāng)然也歡迎其他領(lǐng)域的盆友圍觀交流。

????? 如果一個(gè)推送內(nèi)容寫得太多會容易看不下去，既短又精是最好，所以這個(gè)教程我決定分幾次寫完，循序漸進(jìn)，進(jìn)入正題：

????? 盆友們，“21世紀(jì)的科學(xué)已經(jīng)不再是實(shí)驗(yàn)與理論平分秋色，而是實(shí)驗(yàn)、模擬、理論三分天下，模擬是聯(lián)系理論與實(shí)驗(yàn)的紐帶，在解釋實(shí)驗(yàn)現(xiàn)象，預(yù)測理論結(jié)果中起著關(guān)鍵作用，對于研究分子的學(xué)科，無論從事哪個(gè)領(lǐng)域的研究，理解并實(shí)踐分子模擬都夠增強(qiáng)你對新問題的分析力和洞察力”【摘自李繼存老師的博客：http://blog.sciencenet.cn/blog-548663-1064664.html】。

分子動(dòng)力學(xué)模擬是分子模擬中最接近實(shí)驗(yàn)條件的模擬方法，能夠從原子層面給出體系的微觀演變過程，直觀的展示實(shí)驗(yàn)現(xiàn)象發(fā)生的機(jī)理與規(guī)律，促使我們的研究向著更高效，更經(jīng)濟(jì)，更有預(yù)見性的方向發(fā)展，因此，分子動(dòng)力學(xué)模擬在生物，藥學(xué)，化學(xué)，材料科學(xué)的研究中發(fā)揮著越來越重要的作用，所以說他是一個(gè)非常值得去學(xué)習(xí)和采納的一項(xiàng)研究方法。

推薦該方法的理由還有以下三點(diǎn)：

1. 容易掌握，我從0基礎(chǔ)用了大概兩個(gè)月就可以應(yīng)用到自己的研究；

2. 應(yīng)用范圍廣;

3. 方法成熟；

原理？

????? 蛋白質(zhì)折疊的因素有很多，主要有以下六種作用力：

這些作用力統(tǒng)稱為力場，是模擬中使用的蛋白質(zhì)的勢能模型，計(jì)算機(jī)模擬就是利用力場能量重復(fù)求解蛋白質(zhì)分子和溶劑分子中原子的牛頓運(yùn)動(dòng)方程，構(gòu)象在模擬中就會發(fā)生改變，根據(jù)熱力學(xué)定律，系統(tǒng)往往會趨向于其自由能最低的狀態(tài)，也就是最穩(wěn)定的狀態(tài)。

可以解決什么問題？

1.比較野生型與突變體蛋白的蛋白特性；

2.配體-受體結(jié)合的機(jī)制，我們可以把配體放在受體上面，模擬自然狀態(tài)下兩者的結(jié)合；

3.隨著脂質(zhì)力場的發(fā)展，我們還可以研究蛋白與膜的作用（脂質(zhì)力場）；

4.蛋白折疊方面的機(jī)制問題，控制溫度，使蛋白自行折疊和去折疊；

如何上手？

? ? ? 只需一臺電腦，輕松掌握分子模擬，安裝雙系統(tǒng)，我裝的是Ubuntu。作為一個(gè)電腦小白，我覺得這個(gè)Linux系統(tǒng)除了多了一個(gè)終端，其它的和windows沒什么差別，可以在網(wǎng)上找安裝教程或找同學(xué)幫忙，我是看教程安裝的，然后再裝動(dòng)力學(xué)軟件，我比較熟悉的是amber和gromacs，這里對于初學(xué)者推薦gromacs ，最后就可以到網(wǎng)上找教程了，用教程中的例子練手，gromacs官網(wǎng)上的教程非常多，步驟也非常詳細(xì)，而且李繼存老師把它所有英文版的教程都翻譯成了中文，非常方便。

????? 大家不用擔(dān)心，后續(xù)我會詳細(xì)介紹這些軟件安裝使用等方法，該篇推送只是為了向大家介紹一下這個(gè)方法的研究背景等。

如何應(yīng)用到自己的研究中？

首先要明確自己想解決什么問題，不要盲目去做，查文獻(xiàn)，看是否有人做過類似的研究，學(xué)習(xí)和參照前人的經(jīng)驗(yàn)和分析方法，然后設(shè)計(jì)自己的實(shí)驗(yàn)，就可以開始做了。最后就是將模擬的結(jié)果與理論和實(shí)驗(yàn)結(jié)果吻合，分析結(jié)果。

以上就是關(guān)于動(dòng)力學(xué)模擬方法的背景介紹，下一篇將介紹軟件安裝。

前陣子自學(xué)了兩周組學(xué)，本想寫個(gè)推送與大家分享，但是一想，我在這方面還是小白，寫出來的東西也不精煉，因此放棄了這個(gè)念頭，也會糾結(jié)這樣寫推送是否浪費(fèi)時(shí)間，但其實(shí)在這個(gè)過程也是自我回顧整理的過程，就像給別人講題，對自己也是個(gè)鍛煉。

?從零基礎(chǔ)開始自學(xué)這個(gè)方法的過程既艱難又快樂，得到了很多人的幫助，特別感謝清華的一位師兄對我問題不厭其煩的講解，李繼存老師翻譯的中文版gromacs教程，以及很多不知名網(wǎng)友的無私分享。

正如KK大叔所言，這是個(gè)信息以“流”的形式存在著的時(shí)代，我們每天會看很多條微博，刷很多條朋友圈，翻閱無數(shù)個(gè)網(wǎng)頁，在這個(gè)信息浪潮中，我們愛上了分享，曬自己的生活，這是好事，起碼為我們學(xué)習(xí)提供了遍歷，如果要想學(xué)某項(xiàng)技能，只需在網(wǎng)上搜搜其他人的經(jīng)驗(yàn)分享即可，當(dāng)然也有殘酷的一面，就像我的這條推送可能會在第二天或僅僅半個(gè)小時(shí)后就會被其它公眾號的推送頂?shù)?，在大家的視野里消失，但是沒關(guān)系，起碼看這個(gè)推送的人知道這條推送的存在，我也很榮幸見證了這個(gè)時(shí)代，并成為了信息流中的一部分。