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如何練就一款優(yōu)秀的ELN

2023-03-20 21:29 作者:做實驗的小王  | 我要投稿

科研實驗室管理的信息化,包括科研項目管理,實驗設(shè)計,實驗記錄,實驗過程及資源管理,文件管理等等,對應(yīng)的實驗室信息管理系統(tǒng)必須合法合規(guī),同時也要易于使用。本文圍繞生物醫(yī)藥領(lǐng)域科研實驗室信息管理的核心軟件ELN(電子實驗記錄本),探討一款優(yōu)秀的ELN應(yīng)該具備怎樣的特質(zhì)。


1
ELN的基本概念


基本概念

ELN英文名稱為Electronic Lab Notebook,或Electronic Laboratory Notebook,縮寫為ELN。中文名稱為電子實驗記錄本,又名為電子實驗室筆記本。



根據(jù)美國“合作型電子記錄系統(tǒng)協(xié)會”(CENSA)定義,電子實驗記錄本為“滿足法律、法規(guī)、技術(shù)和科學(xué)專業(yè)性要求,用于創(chuàng)建、存儲、檢索和共享數(shù)據(jù)的電子實驗記錄系統(tǒng)”。


ELN的主要作用一是能記錄實驗過程中的關(guān)鍵信息,以為將來能重復(fù)實驗提供參考與對比數(shù)據(jù),二是避免對失敗的實驗進行不必要的重復(fù),并在當(dāng)前的基礎(chǔ)上進行總結(jié)以推進研究的進展。所以,ELN必須能最大程度地保證實驗過程中的數(shù)據(jù)完整性。傳統(tǒng)的實驗記錄都是紙質(zhì)的,通過筆寫記錄,這種方式雖便于攜帶,易于使用,但卻不易保管和保存,同時在記錄過程中缺乏統(tǒng)一的規(guī)范和審核,每個人的記錄都會帶有很強的個人習(xí)慣,包括個人的筆跡,書寫潦草程度,都會使記錄的數(shù)據(jù)完整性受到很大的影響,從而影響對整個實驗結(jié)果的評價。如今,計算機在現(xiàn)代藥物研發(fā)進程中的應(yīng)用已經(jīng)相當(dāng)普及,許多需要記錄的最原始數(shù)據(jù)都來源于計算機,而將這些數(shù)據(jù)手動謄抄到紙質(zhì)的記錄本上很容易出錯,特殊情況下,如許多分析數(shù)據(jù)(光譜,色譜,圖像等)的謄抄是不可能實現(xiàn)的,只能打印出來。


本文所講述的ELN,針對生物醫(yī)藥行業(yè)。在IND臨床試驗申報環(huán)節(jié),藥監(jiān)局整個過程需要審核的紙質(zhì)材料厚度甚至比普通人身高還要高,這也是審核工作繁重,審核周期長,效率不高的主要原因。到目前為止,紙質(zhì)版本的實驗記錄已越來越影響實驗分析和IND臨床試驗申報審核的效率,特別是當(dāng)面臨高通量篩選和組合化學(xué)合成等產(chǎn)生大量數(shù)據(jù)的實驗,或者多個子項目并行開展的情況下,筆寫的工作負擔(dān)和后期的數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析將非常繁重。


價值體現(xiàn)

ELN對于科研實驗室的價值,不同的角色有著不同的關(guān)注點。


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投資者

風(fēng)險評估:信息化程度高的科研機構(gòu),價值高,同時風(fēng)險相對較小,更易受到投資者的青睞。


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財務(wù)

成本管控:結(jié)合物料的耗用統(tǒng)計,實驗過程成本控制更具有優(yōu)勢;

項目績效:結(jié)合電子化數(shù)據(jù),更易對投入產(chǎn)出進行可視化分析。


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管理者

質(zhì)量管理:更易輔助QA實現(xiàn)審核和質(zhì)量管理;

信息安全:比紙質(zhì)記錄更易管控數(shù)據(jù)安全,防止研究數(shù)據(jù)丟失和惡意傳播;

工作效率:傳統(tǒng)研發(fā)過程重復(fù)記錄多,不易協(xié)作,效率低下;

合規(guī)管理:可以有效的規(guī)范記錄過程、持續(xù)合規(guī)和有效記錄;

審計追蹤:電子化記錄比紙質(zhì)記錄更易回溯實驗過程。


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科研人員

價值實現(xiàn):減少無謂的重復(fù)記錄工作,專注于實驗過程;

成果體現(xiàn):科研成果更易可視化的直觀體現(xiàn);

查閱方便:更便捷的查閱歷史記錄及相關(guān)材料。


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IND申報人員

減輕工作:紙質(zhì)申報材料整理工作異常繁雜,更易出錯;

便捷審批:藥監(jiān)部門更傾向于電子化便捷審批、提高審批效率;

可信度高:電子化記錄可以通過技術(shù)手段保證可信度,造假難度高。


各個角色的關(guān)注點可總結(jié)成一張圖:

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遵循規(guī)范

建議遵循如下規(guī)范和指南(包括且不限于):

  • ALCOA+CCEA原則;

  • FDA 21 CFR Part11,電子簽名規(guī)范;

  • GLP ,藥物非臨床研究質(zhì)量管理規(guī)范(Good Laboratory Practice);

  • GAMP5,良好的自動化生產(chǎn)實踐指南。>>細胞行業(yè)應(yīng)用軟件開發(fā)實踐-GAMP篇


2
ALCOA+CCEA原則


數(shù)據(jù)完整性的要求概括起來就是ALCOA+CCEA原則,該原則不僅是GxP對記錄完整性的要求,也是所有符合性審核對記錄完整性的基本要求。ALCOA+CCEA原則實際上就是對記錄生成/錄入、修改、存儲、檢索、備份、恢復(fù)和輸出等數(shù)據(jù)生命周期內(nèi)的所有操作的要求。如果這些操作滿足了以上原則,記錄的完整性就滿足要求了。


ALCOA原則是美國FDA于2007年在其指導(dǎo)原則《臨床研究中使用的計算機化系統(tǒng)》中提出的,而ALCOA+原則是歐盟GCP監(jiān)察官工作組(EU GCPIWG)于2010年在其發(fā)布的《關(guān)于臨床試驗中對電子源數(shù)據(jù)和轉(zhuǎn)錄成電子數(shù)據(jù)收集工具的期望的反饋書》中闡釋的。


ALCOA+CCEA原則具體拆解如下:

Attributable(可追溯性):可鑒別采集信息的來源,如受試者、輸入者、外源數(shù)據(jù)等;

Legible(易讀性):采集的數(shù)據(jù)清晰可見,可被他人閱讀和理解;

Contemporaneous(同步性):數(shù)據(jù)應(yīng)當(dāng)在產(chǎn)生或觀察的當(dāng)時被同步記錄,且在一定的時間窗內(nèi)輸入數(shù)據(jù)庫,即數(shù)據(jù)的時間性標識;

Original(原始性):數(shù)據(jù)首次被記錄,或可以被追查到原始數(shù)據(jù);

Accurate(準確性):數(shù)據(jù)記錄和計算、分析等轉(zhuǎn)換過程與實際操作一致,無主觀造假或客觀輸入錯誤;

Complete(完整性):所有的數(shù)據(jù)都存在,無遺漏,如所有檢測結(jié)果都被保留,包括元數(shù)據(jù);

Consistent(一致性):數(shù)據(jù)沒有矛盾或差異,如使用標準化的數(shù)據(jù);

Enduring(持久性):數(shù)據(jù)可被保留所要求的時間長度并可在需要時恢復(fù),如硬盤、CD、磁帶等;

Available(可取性):數(shù)據(jù)在審計時可見,一旦要求,可以及時獲取并提供給管理當(dāng)局。


基于ALCOA+CCEA原則,ELN乃至整個實驗室信息管理系統(tǒng),應(yīng)該從審計追蹤,數(shù)據(jù)審核,用戶權(quán)限控制,數(shù)據(jù)存檔,數(shù)據(jù)備份,文件結(jié)構(gòu),關(guān)系型/非關(guān)系型數(shù)據(jù)庫的應(yīng)用等方面進行設(shè)計,以保證數(shù)據(jù)完整性。


3
GLP的基本概念


接下來,我們簡單介紹下GLP。

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基本概念

GLP英文全稱為:Good Laboratory Practice,即良好的實驗室操作規(guī)范。廣義上是指嚴格實驗室管理(包括實驗室建設(shè)、設(shè)備和人員條件、各種管理制度和操作規(guī)程,以及實驗室及其出證資格的認可等)的一整套規(guī)章制度。包括對實驗設(shè)計、操作、記錄、報告、監(jiān)督等整個環(huán)節(jié)和實驗室的規(guī)范要求。


GLP最早起源于藥品研究。與GCP(藥品臨床試驗規(guī)范)和GMP(生產(chǎn)質(zhì)量管理規(guī)范)相對應(yīng),藥品GLP是指藥品非臨床(或臨床前)研究的質(zhì)量管理規(guī)范。藥品的非臨床(臨床前)研究主要指在實驗室進行的安全性毒理學(xué)評價和藥理、藥效學(xué)評價(包括藥代動力學(xué)和毒代動力學(xué)研究),故GLP即指從事藥品非臨床研究的實驗室管理規(guī)范。


GLP的幾個組成部分01對組織機構(gòu)和人員的要求

對應(yīng)的信息系統(tǒng)有人員管理系統(tǒng)。

02對實驗設(shè)施、儀器設(shè)備和實驗材料的要求

對應(yīng)的信息系統(tǒng)有動物管理系統(tǒng),設(shè)備管理系統(tǒng),物料管理系統(tǒng)等。

03標準操作規(guī)程(SOP)

SOP通過審批后,可固化到實驗室管理系統(tǒng)中,根據(jù)業(yè)務(wù)場景在系統(tǒng)中執(zhí)行固化的流程。


04對研究工作實施過程的要求

包括實驗方案與實施、實驗原始記錄和總結(jié)報告,對應(yīng)的信息系統(tǒng)有實驗項目管理系統(tǒng),ELN。ELN雖然只是支撐了GLP規(guī)范要求的部分場景,但也是最核心的場景。


05對檔案及其管理工作的要求

對應(yīng)的信息系統(tǒng)有文件管理系統(tǒng)。


06實驗室資格認證及監(jiān)督檢查

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GLP的要點01標準操作規(guī)程

即SOP(Standard Operating Procedures),這是實驗室所有人員都必須遵守的操作規(guī)范。

02質(zhì)量保證部門

即QAU(Quality Assurance Unit),保障SOP執(zhí)行到位。

03項目負責(zé)人

即SD(Study Director,研究指導(dǎo)者),負責(zé)協(xié)調(diào)科研項目成功實施。


04動物飼養(yǎng)設(shè)施

保障受試物性能良好,安全可信。


05實驗方案與實施、原始記錄和總結(jié)報告

確保實驗過程可靠。


06實驗室資格認證與監(jiān)督檢查

確保實驗質(zhì)量可靠。




GLP軟件建設(shè)的主要內(nèi)容01合乎GLP管理要求


02合乎研究機構(gòu)實際情況的標準操作規(guī)程(SOP)


4
ELN的核心設(shè)計


最后,咱們又回歸到ELN本身的特性來講述。根據(jù)上述對ELN的背景研究,以及對ALCOA+CCEA原則和GLP規(guī)范的解讀,ELN核心功能可分為如下幾塊:


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1.符合GLP藥物非臨床研究質(zhì)量管理規(guī)范

其核心就是要保證數(shù)據(jù)完整性,遵循ALCOA+CCEA原則。主要功能包括:電子簽名,追溯審計。


電子簽名的主要作用有以下幾點:

01

明確操作主體的身份,可識別其真實性;

02

表明操作主體認可操作的內(nèi)容,一旦篡改可被發(fā)現(xiàn);

03

整個操作過程會被記錄,使用電子簽名即對數(shù)據(jù)的完整性、正確性負責(zé)。


而追溯審計,指的是系統(tǒng)應(yīng)記錄所有數(shù)據(jù)生命周期內(nèi)的操作,包括記錄生成/錄入、修改、存儲、檢索、備份、恢復(fù)和輸出等,并且能根據(jù)不同關(guān)鍵詞逐層回溯。ELN系統(tǒng)設(shè)計中可綜合運用系統(tǒng)日志,業(yè)務(wù)日志,用戶權(quán)限控制,數(shù)據(jù)存檔,數(shù)據(jù)備份,文件結(jié)構(gòu),關(guān)系型/非關(guān)系型數(shù)據(jù)庫的應(yīng)用等設(shè)計。追溯數(shù)據(jù)在實驗結(jié)果分析,IND臨床試驗申報環(huán)節(jié)中,都可以作為重要的證據(jù)提供。


2.符合IND審核要求的電子文件格式

通過對實驗方案與實施、原始記錄和總結(jié)報告的結(jié)構(gòu)化管理,在實驗項目成功結(jié)束后,采用eCTD(電子通用技術(shù)文檔)格式輸出申報材料,便于藥監(jiān)部門按標準文件格式審核。


CTD(The Common Technical Document 通用技術(shù)文件)是國際公認的文件編寫格式,用來制作一個向藥品注冊機構(gòu)遞交的結(jié)構(gòu)完善的注冊申請文件。采用統(tǒng)一的格式將會顯著減少企業(yè)財力和物力的投入,縮短申請編寫的時間,并且將簡化電子遞交的操作。標準化的文件還有助于注冊機構(gòu)的評審并加強評委同申請人之間的交流。


eCTD 是英文 Electronic Common Technical Document 的簡稱,eCTD由CTD發(fā)展而來,中文名為電子通用技術(shù)文檔。其作為國際公認的文件編寫格式,同樣用來制作一個向藥品注冊機構(gòu)遞交的結(jié)構(gòu)完善的注冊申請文件,是由ICH為了解決人用藥在申請注冊中格式和內(nèi)容的統(tǒng)一,而決定采用的統(tǒng)一的注冊申請文件格式。


隨著醫(yī)藥研發(fā)的演進,注冊文件遞交的方式,總共經(jīng)歷了四種變化:


01紙質(zhì)

采用快遞形式運送大量的紙質(zhì)文件

02PDF文件

將文件做成PDF格式后,用光盤形式提交。但還是存在缺陷,比如數(shù)據(jù)是非結(jié)構(gòu)化的,在想要建立關(guān)聯(lián)或者進行搜索時很困難

03NeES

光盤的形式,在數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)方面比PDF有了提升

04eCTD

包含大量超鏈接、文件格式等,可幫助做一些格式化的審核

2010年歐盟強制要求集中審批程序使用eCTD申報,2018年起美國強制要求eCTD格式申報。中國制藥行業(yè)將向全球行業(yè)標準看齊,采用eCTD則是中國朝著國際統(tǒng)一邁進的必然之舉。目前國家藥監(jiān)局接收的IND申請,都已要求申報企業(yè)把申報材料轉(zhuǎn)成eCTD格式。


3.簡化實驗人員的實驗記錄操作

不同的實驗小組,要求的實驗記錄方式各不相同,有些實驗小組要求小組成員做完一臺實驗就馬上記錄,有的則要求做完當(dāng)天所有實驗才統(tǒng)一記錄,有的實驗室里面沒有電腦。這種種場景,就要求我們的ELN系統(tǒng),必須要盡量簡化實驗室人員的實驗記錄操作,讓實驗人員能有更多的精力去思考實驗本身,系統(tǒng)要盡量智能地輔助實驗人員的記錄工作,如:經(jīng)典方法,在線富文本編輯器,儀器數(shù)據(jù)自動獲取,語音、視頻輔助記錄,語音輸入識別,圖像識別,離線自動保存記錄等。同時,還要根據(jù)工作場景,考慮多種終端的適配支持,如PC,PAD的支持。


另外,ELN還應(yīng)能處理各種不同類型的專業(yè)數(shù)據(jù),例如化學(xué)結(jié)構(gòu),化學(xué)反應(yīng),實驗方法,圖像,光譜,色譜,基因序列等,以此分擔(dān)科研工作者繁雜的演算分析工作。


4.輔助管理者規(guī)范實驗室管理

一方面,通過ELN,約束實驗人員規(guī)范記錄實驗過程,總結(jié)實驗,做到按時按質(zhì)完成實驗,最終朝著項目目標有序推進。基于這個職責(zé),系統(tǒng)應(yīng)從易用性、穩(wěn)定性、安全性等角度綜合設(shè)計,具體功能不再一一列舉。


另一方面,系統(tǒng)開發(fā)過程要契合GAMP的指導(dǎo)方法,如計劃階段明確系統(tǒng)目標,進行風(fēng)險評估(RA),制定詳細的URS;設(shè)計階段編制可行的軟件設(shè)計說明書(DS);整個開發(fā)過程都有獲得批準的SOP可遵循,最后還要有安裝確認(IQ),運行確認(OQ),性能確認(PQ),驗證報告(VSR)等。這樣的ELN自然能提供合法合規(guī)的計算機化系統(tǒng)驗證CSV,最重要的是,在這個體系下,計算機化系統(tǒng)整個生命周期可以持續(xù)穩(wěn)定運行直至退役。


總而言之,合法合規(guī),適合行業(yè),適合實驗室工作場景的ELN,才是一款優(yōu)秀的ELN。


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作為一款易用的實驗室工具,易繪ELN電子實驗記錄本在數(shù)據(jù)記錄方面更規(guī)范、更靈活、更高效、更智能,助力生物醫(yī)藥企業(yè)實現(xiàn)數(shù)字化轉(zhuǎn)型。


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