上一篇推文主要介紹了一下Multi-omics Hammer軟件的Primer工具箱，本篇就介紹一下如何使用該軟件的Genome relate工具箱進(jìn)行基因長度的統(tǒng)計(jì)。

一?功能開發(fā)

基因長度統(tǒng)計(jì)，其實(shí)看起來是個不實(shí)用的功能，但是在某些特殊的情境下，也是不可忽視的。比如說構(gòu)建載體查看插入片段的基因長度，亦或者需要對某個基因組的所有基因的序列長度分布進(jìn)行統(tǒng)計(jì)時(shí)，批量序列長度的統(tǒng)計(jì)都是不可或缺的。因此，本軟件結(jié)合這一現(xiàn)象，推出了這一簡單但實(shí)用的功能。

二?軟件調(diào)用

介紹完上述功能需要解決的問題，下面便介紹如何通過軟件完成相關(guān)分析。

2.1?我們需要先打開‘Genome relate’菜單，如圖1所示。

那么，我們就可以看見我們的Genome_relate對話框了（圖2）。這一對話框運(yùn)算部分提供了兩個選項(xiàng)，分別是‘is save’和‘simple alig?’選項(xiàng)。如果復(fù)選框勾選了‘simple alig?’選項(xiàng)，用戶就可以用對話框中的數(shù)據(jù)進(jìn)行運(yùn)算。除了上述選項(xiàng)外，本對話框的其他界面元素也將以行為主進(jìn)行逐一介紹。

多選框：可以選擇序列長度統(tǒng)計(jì)（Count_sequence_length）、序列提?。╡xtract_sequence）、進(jìn)化樹名稱修改（ptree_rename）和基因名批量修改（fasta_rename）。

Matching files：需要統(tǒng)計(jì)的文件。

Search file：用于檢索的文件（序列統(tǒng)計(jì)功能不需要使用）。

Result Previem：結(jié)果預(yù)覽。

Output files:?指定用于輸出的文件。

最后，最重要的選項(xiàng)就是‘start’選項(xiàng)了，點(diǎn)擊后即可直接進(jìn)行運(yùn)算。

另外，為了方便用戶了解這一功能，本軟件也提供了示例文件，通過點(diǎn)擊圖2的方框3的‘load test’選項(xiàng)即可加載示例數(shù)據(jù)，如方框4。隨后，點(diǎn)擊‘start’即可得出結(jié)果。當(dāng)然，用戶也可以直接將文件拖入進(jìn)入相應(yīng)的為對話框（輸入文件對話框）。如圖4所示，用戶可以直接將文件分別拖入到對話框中，軟件會自動識別并加載數(shù)據(jù)。注意：如果直接將文件拖入這個對話框，則會直接讀取文件的內(nèi)容，并展示前100行的數(shù)據(jù)。而結(jié)果文件對話框只會顯示文件的路徑。因?yàn)?，已?jīng)提供了結(jié)果預(yù)覽部分。

如果用戶想要切換方法，可以在多選框部分下拉菜單中重新選擇。

2.2?為方便用戶了解產(chǎn)生的結(jié)果文件，下面將展示一下輸入數(shù)據(jù)和結(jié)果數(shù)據(jù)，功能較為簡單，此處便不再贅述。

輸入數(shù)據(jù)為：

結(jié)果數(shù)據(jù)為：

通過上述操作，即可實(shí)現(xiàn)批量對基因的序列長度進(jìn)行統(tǒng)計(jì)。

三 慣例小結(jié)

除了批量統(tǒng)計(jì)序列長度外，Genome relate工具箱還提供了其他的功能，并且這些功能也將在之后的推文中逐一介紹。另外，如果讀者覺得還有什么功能需要實(shí)現(xiàn)，也可直接通過公眾號留言。不過還是那句話，改進(jìn)的進(jìn)度可能要全憑本人時(shí)間安排，無法強(qiáng)求（如果有較大意義，也會盡快實(shí)現(xiàn)）。

本公眾號開發(fā)的相關(guān)軟件，Multi-omics Hammer軟件和Multi-omics Visual軟件歡迎大家使用。文末是本公眾號在其他平臺的賬戶，也歡迎大家關(guān)注并多提意見。?

簡書：WJ的生信小院

公眾號：生信小院

博客園：生信小院

最后，也歡迎各位大佬能夠在本平臺上：1傳播和講解自己發(fā)表的論文；2：發(fā)表對某一科研領(lǐng)域的看法；3：想要達(dá)成的合作或者相應(yīng)的招聘信息；4：展示自己以尋找博后工作或者博士就讀的機(jī)會;5:博導(dǎo)提供博后工作或者博士攻讀機(jī)會，都可以后臺給筆者留言。希望本平臺在進(jìn)行生信知識分享的同時(shí)，能夠成為生信分析者的交流平臺，能夠?qū)崿F(xiàn)相應(yīng)的利益互補(bǔ)和雙贏（不一定能實(shí)現(xiàn)，但是夢想總得是有的吧）。

另外，怎么說呢，投。。。。。。幣也可，不強(qiáng)求，但奢求?