2019年11月3日，羅曼·巴可夫?qū)④姳籆IA、SAS與烏茲斯坦民兵聯(lián)合擊斃，使命召喚16的戰(zhàn)役模式就此落幕。然而，使命召喚16的劇情并未完結(jié)，而是在后續(xù)的合作模式與戰(zhàn)區(qū)中延續(xù)。

巴可夫之死并不意味著和平降臨到烏茲斯坦。盡管首領(lǐng)惡狼及其副手屠夫被鏟除，但阿蓋塔拉的殘余勢(shì)力依舊在作祟，而美俄之間的爭(zhēng)斗也并未停息。北約乘勝追擊，在烏茲斯坦地區(qū)部署多國(guó)部隊(duì)以打擊阿蓋塔拉，這些部隊(duì)統(tǒng)稱為“同盟”。俄軍一方面召回了由正規(guī)軍和雇傭兵混編的巴可夫部隊(duì)，另一方面迅速派遣新組編的“聯(lián)軍”以繼續(xù)對(duì)阿蓋塔拉的反恐戰(zhàn)爭(zhēng)。雙方均以追剿阿蓋塔拉余孽為目標(biāo)，同時(shí)也試圖鞏固各自在烏茲斯坦的勢(shì)力范圍。在這期間，阿吉爾巖窟、阿尼亞宮殿以及軍械工廠等地均爆發(fā)了聯(lián)軍與同盟的沖突。然而就在美俄擦槍走火之際，阿蓋塔拉在Z先生——也就是維克多·扎卡耶夫的協(xié)助下悄然復(fù)興，并籌劃著比先前更加喪心病狂的陰謀。

維克多·扎卡耶夫（即小扎卡耶夫）是前蘇聯(lián)內(nèi)務(wù)部高官伊姆蘭·扎卡耶夫（老扎卡耶夫）之子。老扎卡耶夫早年曾加入過(guò)前蘇聯(lián)秘密組織“帕修斯”，但他認(rèn)為“帕修斯”挑起美蘇全面戰(zhàn)爭(zhēng)的計(jì)劃只會(huì)招致玉石俱焚的結(jié)局，于是最終脫離了該組織。直到2011年因病去世前，老扎卡耶夫始終為著俄羅斯與蘇聯(lián)的復(fù)興殫精竭慮。小扎卡耶夫也沒(méi)有辜負(fù)父親的期望。1990年，他作為蘇聯(lián)最后一批空降軍戰(zhàn)士參與了塔吉克斯坦的維和行動(dòng)。蘇聯(lián)解體后，小扎卡耶夫加入了俄羅斯聯(lián)邦安全局的機(jī)密部門，致力于打擊高加索地區(qū)的恐怖主義與有組織犯罪。然而在此期間，小扎卡耶夫的思想逐漸發(fā)生了變化。在父親去世后，小扎卡耶夫離開(kāi)了俄羅斯，利用父親在獨(dú)聯(lián)體與東歐的關(guān)系網(wǎng)創(chuàng)建了“扎卡耶夫武器公司”，將前華約國(guó)家的武器裝備倒賣至非洲與中東等熱點(diǎn)地區(qū)。小扎卡耶夫甚至協(xié)助阿蓋塔拉發(fā)動(dòng)對(duì)俄羅斯本土的恐怖襲擊。在“自清門戶”關(guān)卡中其實(shí)就已經(jīng)透露了兩者之間的合作。而這些行動(dòng)最終都服務(wù)于一個(gè)目標(biāo)——挑起核戰(zhàn)爭(zhēng)以實(shí)現(xiàn)俄羅斯的復(fù)興。

小扎卡耶夫首先趁巴可夫死后烏茲斯坦群雄逐鹿的局勢(shì)，收編了一部分巴可夫部隊(duì)，并打通關(guān)節(jié)釋放了獄中的阿拉薩德，扶植其成為阿蓋塔拉的新首領(lǐng)。隨后，小扎卡耶夫利用自己手中的大量武器，讓阿蓋塔拉鳥槍換炮——現(xiàn)在的阿蓋塔拉成為“擁有坦克的恐怖分子”。而他們的第一個(gè)襲擊目標(biāo)是臨近的卡斯托維亞首都：佛丹斯科。

佛丹斯科，前蘇聯(lián)工業(yè)重鎮(zhèn)，同時(shí)也部署著大量軍事相關(guān)設(shè)施。1984年，該市在帕修斯與CIA的沖突中遭到嚴(yán)重破壞。冷戰(zhàn)結(jié)束后，佛丹斯科由東西方聯(lián)合重建并成為雙方的緩沖區(qū)，但負(fù)責(zé)該地區(qū)安全的以俄軍為主。

2020年3月3日，趁著俄軍將主力調(diào)往烏茲斯坦的空當(dāng)，阿蓋塔拉在阿拉薩德的帶領(lǐng)下突襲佛丹斯科。在襲擊發(fā)起之前，小扎卡耶夫通過(guò)網(wǎng)絡(luò)癱瘓了佛丹斯科的雷達(dá)與通信，市內(nèi)的少數(shù)軍警在各自為戰(zhàn)的情況下根本無(wú)法阻擋阿蓋塔拉大軍。短短24小時(shí)后，佛丹斯科及其周邊地區(qū)悉數(shù)淪陷，數(shù)以千計(jì)的平民和軍警在襲擊中死亡，市中心及部分民用設(shè)施遭到嚴(yán)重破壞。而更糟糕的是，軍事基地、武器工廠、銀行金庫(kù)等重要設(shè)施也落入了阿蓋塔拉手中。

假以時(shí)日，后果將不堪設(shè)想。為了阻止阿蓋塔拉的擴(kuò)張與佛丹斯科危機(jī)的蔓延，同盟與聯(lián)軍握手言和，合并為維和小隊(duì)以應(yīng)對(duì)佛丹斯科危機(jī)。維和小隊(duì)的戰(zhàn)士們一邊開(kāi)展對(duì)抗演習(xí)以應(yīng)對(duì)即將到來(lái)的戰(zhàn)斗（多人模式），另一方面為摧毀阿蓋塔拉在佛丹斯科的武器、資金和情報(bào)來(lái)源（即合作模式）制定計(jì)劃。但此時(shí)維和小隊(duì)還不知道，這一切不過(guò)是小扎卡耶夫?yàn)樗麄兙脑O(shè)置的圈套……