記錄原因：

由于本人近期需要使用mega進(jìn)行序列比對(duì)和進(jìn)化樹的構(gòu)建?？蓯旱氖?，每次到進(jìn)化樹或則模型find完成之后，就會(huì)莫名其妙的閃退，就很讓人崩潰，所以在網(wǎng)絡(luò)上搜尋資料，查詢megacc的使用方法，最后怕自己忘記了，所以在此記錄一下。

一、制作.mao 文件

• 首先制作.mao文件，打開圖形化的MEGA軟件（如下圖），點(diǎn)擊右下角的prototype，然后選擇你的序列格式。選擇你要進(jìn)行的操作，這里我們選擇align，調(diào)整align里面的參數(shù)，最后點(diǎn)擊保存設(shè)置，這樣我們的.mao文件就制作完成了。

• 當(dāng)我們得到.mao文件后，我們就可以進(jìn)行接下來(lái)的操作了，

• 上述代碼中，-a表示輸入的.mao文件，-d表示輸入的序列文件，-o文件表示輸出文件或文件夾
  

• 最后我們就進(jìn)行默默的等待結(jié)果就可以了，其他的操作均相識(shí)

• 值得注意的是，進(jìn)行其他操作時(shí)，需要將序列文件轉(zhuǎn)化為mega可識(shí)別的文件，我們?cè)谶M(jìn)行其他操作之前可以用align進(jìn)行比對(duì)一下，結(jié)果就是mega可是別的文件。

• 附：

• 其中的txt文本中輸入個(gè)文件的絕對(duì)路徑，每行一個(gè)，就下下面一樣

  /Volumes/user/lab/jute/jute/Co/1-seq-blast/1*.fa

  /Volumes/user/lab/jute/jute/Co/1-seq-blast/2*.fa

  /Volumes/user/lab/jute/jute/Co/1-seq-blast/3*.fa