爾云間? 一個專門做科研的團隊

歡迎點贊+收藏+關注

生信人R語言學習必備

立刻擁有一個Rstudio賬號

開啟升級模式吧

（56線程，256G內(nèi)存，個人存儲1T）

• 你知道怎么可視化基因組的染色體上基因的密度分布狀況嗎?這個圖要求你正確展示染色體上基因位點密度的分布信息，今天小果就來給大家科普一個簡單又好用的R包，讓你輕松繪制美觀的SNP密度圖，那么就和小果一起來看一下吧！

  
  

本教程將介紹如何準備數(shù)據(jù)、安裝CMplot包、創(chuàng)建染色體地圖以及如何自定義可視化參數(shù)。

準備數(shù)據(jù)

在使用CMplot包之前，需要準備好染色體數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)應包括以下散列信息：

· SNP位點名稱（可自定義）；

·?染色體號/染色體名稱：這個指的是SNP位點對應的染色體是哪一條哦；

· SNP位置信息：每個SNP位點在染色體上的位置，通常使用基因組坐標表示。

這些數(shù)據(jù)通常以文本文件的形式存儲。文件應包含標題行，列標題應標識位置和值數(shù)據(jù)列，以便CMplot包正確解釋數(shù)據(jù)。接下來小果給大家展示一下準備好的數(shù)據(jù)長什么樣吧！

安裝CMplot包

在開始使用CMplot包之前，需要先安裝該包。您可以通過運行以下命令來安裝CMplot包：

請注意，您需要確保您的計算機已連接到Internet，以便從CRAN下載和安裝該包哦！

創(chuàng)建染色體SNP密度圖

在安裝了CMplot包之后，就可以使用該包中的CMplot()函數(shù)創(chuàng)建染色體地圖。下面是一個示例代碼：

在此示例中，我們使用read.table()函數(shù)讀取名為“SNP-new-old.txt”的數(shù)據(jù)文件。該文件包含染色體上每個數(shù)據(jù)點的位置和值信息。我們將讀取的數(shù)據(jù)存儲在mydata變量中。

接下來，我們調(diào)用CMplot()函數(shù)。

plot.type參數(shù)設置為"d"，表示我們要繪制SNP密度圖。小果科普：如果想要繪制堆積圖，則可以將其設置為"stack"哦，如果想要繪制平滑的曲線圖，則可以將其設置為"spline"。

bin.size參數(shù)設置為1,000，表示您想要將數(shù)據(jù)分成1,000個區(qū)間進行可視化。如果你的數(shù)據(jù)集很小，則可以將其設置為更小的值哦。反之如果你的的數(shù)據(jù)集很大，則可以將其設置為更大的值呢。

col參數(shù)指定了三種顏色，用于表示低密度、中等密度和高密度區(qū)域的數(shù)據(jù)。如果您想要使用不同的顏色，請將其替換為您選擇的顏色。

好啦，到此為止你已經(jīng)學會了怎么繪制SNP密度圖，下面我們一起來看看效果吧！

關注小果，更多生信繪圖應用學習資源持續(xù)更新哦！

“生信果”，生信入門、R語言、生信圖解讀與繪制、軟件操作、代碼復現(xiàn)、生信硬核知識技能、服務器、生物信息學的教程，以及基于R的分析和可視化等原創(chuàng)內(nèi)容，一起見證小白和大佬的成長。