四、PPI網(wǎng)絡(luò)

1.STRING（https://cn.string-db.org/）

（1）在左側(cè)選擇“Multiple proteins”，將藥物與疾病靶點交集復(fù)制到“List Of Names”，“Organisms”選項中選擇“Homo sapiens”，點擊搜索。

（2）點擊“CONTINUE”。

（3）點擊Exports，點擊“…as a high-resolution bitmap”后的download，下載圖片。點擊 “…as short tabular text output”后的download，下載TSV文件。

2.Cytoscape

（1）打開軟件，點擊“Import Network from File System”，選擇下載的TSV文件，點擊“打開”。

（2）點擊“#node1”，選擇“Source Node”。

（3）點擊“node2”，選擇“Target Node”，點擊“OK”。

（4）點擊“Apps”→“App Manager”，在搜索框中搜索“CytoNCA”，點擊搜索出的“CytoNCA”，點擊右下角“Install”安裝。（圖中為已安裝，所以不顯示Install）

（5）點擊“Apps”→“CytoNCA”→“Open”，勾選“Betweenness（BC）”項目下“without weight”，點擊“Analyze”。

（6）點擊“Layout”→“Attribute Circle Layout”→“Betweenness”

（7）按住“Ctrl”，左鍵選中最下方開始，連線最密集的前10個節(jié)點，即Betweenness分析得分前10的節(jié)點。（如圖中黃色節(jié)點）

（8）點擊“Layout”→“Attribute Circle Layout”→“Selected Nodes Only”→“Betweenness”

（9）將選中的10個節(jié)點左鍵按住拖遠(yuǎn)一些。

（10）在空白處點一下左鍵，取消選中，按住“Ctrl”，左鍵框選右側(cè)剩余節(jié)點。

（11）點擊“Layout”→“Attribute Circle Layout”→“Selected Nodes Only”→“Betweenness”

（12）拖動節(jié)點至合適位置。

3.Cytoscape圖像美化

（1）點擊左側(cè)“Style”，點擊“Fill Color”右側(cè)箭頭，“Column”選擇“Betweenness”，“Mapping Type”選擇“Continuous Mapping”。

（2）雙擊色彩圖，點擊“None”，選擇合適的顏色，點擊“OK”，彈出的窗口點擊“Yes”。

（3）點擊“Shape”左側(cè)方框，選擇合適形狀，點擊“Apply”。

（4）點擊“Height”右側(cè)箭頭，“Column”選擇“Betweenness”，“Mapping Type”選擇“Continuous Mapping”。

（5）雙擊梯度圖，點擊梯度圖兩側(cè)倒三角，調(diào)整“Node Height”后的數(shù)值，按回車鍵，點擊“OK”。

（6）“Width”調(diào)整同上。

（7）點擊“Label Font Size”前的數(shù)字，調(diào)整到合適字體大小，點擊“OK”。

（8）右下角定位調(diào)整到合適位置，點擊“Export to File…”→“Export as Image…”，點擊“Browse”，選擇保存位置，輸入文件名，點擊“保存”，“Zoom（%）”調(diào)整到500%，點擊“OK”，即可導(dǎo)出圖片。