背景知識(shí)介紹

我們知道，GO/KEGG通路富集分析是將感興趣的差異基因富集到相關(guān)功能通路上。差異基因富集到的通路，其所對(duì)應(yīng)的相關(guān)功能通常為差異基因在生命進(jìn)程中發(fā)揮作用的研究推斷提供重要的支持。因此通路富集結(jié)果的展示，往往是差異分析結(jié)果展示的最后“臨門(mén)一腳”。

GO/KEGG氣泡圖用于展示富集分析結(jié)果中P值最小的前N個(gè)功能或者通路。通過(guò)氣泡圖，可以生動(dòng)地展示富集分析結(jié)果中的各個(gè)關(guān)鍵統(tǒng)計(jì)量，從而在一張圖上呈現(xiàn)更多的信息。

那究竟要怎么實(shí)現(xiàn)它？很簡(jiǎn)單，繼續(xù)看下去吧！

背景知識(shí)介紹

2.1 GO/KEGG繪圖小工具

作為富集結(jié)果的展示，GO/KEGG氣泡圖的輸入數(shù)據(jù)為進(jìn)行GO/KEGG通路富集的結(jié)果文件。繪圖所需的輸入數(shù)據(jù)中需包含中"Term_description"、"ListHit"、"FoldEnrichment"和"p-value"列（詳見(jiàn)平臺(tái)頁(yè)面右側(cè)的使用說(shuō)明），示例文件如下；

圖1 繪圖輸入的通路富集結(jié)果示例文件，一行為一條通路

若在常用參數(shù)中“y軸添加TermID”為“是”，則輸入數(shù)據(jù)中還須存在"Term_ID"列?？商砑印瓹ategory’列，對(duì)Term進(jìn)行分類(lèi)展示，例如：GO中的BP（biological_process），CC（cellular_component），MF（molecular_function）。?

2.2 繪圖主要參數(shù)選擇

在進(jìn)行繪圖時(shí)默認(rèn)選擇輸入文件前20行（按p-value進(jìn)行排序）的通路生成圖片，用戶(hù)可自選輸入相關(guān)參數(shù)來(lái)調(diào)整進(jìn)行繪圖的通路數(shù)量。為了更好的圖片展示效果，建議選擇繪制的通路數(shù)量不要大于30條。

2.3 用戶(hù)常用參數(shù)選擇

如果只是生成一張默認(rèn)的氣泡圖，那么輸入文件選擇行數(shù)后就可以直接運(yùn)行了。若是想要生成更美觀(guān)的圖片，可以通過(guò)下面常用參數(shù)的選用和調(diào)整來(lái)實(shí)現(xiàn)；

1. 有些通路的名稱(chēng)較長(zhǎng)，為了圖片展示效果，可以選擇是否對(duì)長(zhǎng)度在50以上的通路名50以后的字符進(jìn)行省略；

2. 在進(jìn)行繪圖時(shí)默認(rèn)選擇輸入文件前N行（按p-value進(jìn)行排序）的通路生成圖片，可選擇按輸入數(shù)據(jù)提供的其他特征（ListHit，F(xiàn)DR_bh）的通路進(jìn)行排序，或選擇默認(rèn)表格的排序，來(lái)篩選用于繪圖的前N條通路；

3. 平臺(tái)上提供了7種配色方案供選擇，默認(rèn)為“紅-黃-藍(lán)”的漸變配色；

4. 生成圖片中的氣泡直徑大小取決于ListHit值，也可以對(duì)其進(jìn)行手動(dòng)自定義；

5. 圖片的標(biāo)題、圖例標(biāo)簽均可自定義輸入，標(biāo)題、圖例及x軸的字體大小也可進(jìn)行自定義調(diào)整。??

2.4 結(jié)果展示說(shuō)明

生成的氣泡圖Y軸對(duì)應(yīng)功能或者通路，X軸表示特定通路中差異基因與該通路所包含的所有基因的比值，值越大，說(shuō)明該通路的差異基因占比越高；氣泡的大小表示該通路中差異基因的多少，點(diǎn)越大，特定通路中的差異基因越多；點(diǎn)的顏色根據(jù)排序依據(jù)的數(shù)值大小漸變生成，如下圖所示，繪圖的通路數(shù)據(jù)根據(jù)p-value進(jìn)行排序篩選，點(diǎn)的顏色也根據(jù)p-value值的大小漸變展示，p-value值越小，顯著程度越大；

若輸入文件中添加了Category列，并在常用參數(shù)中選擇“y軸添加TermID”為“是”；

生成的氣泡圖中的點(diǎn)將會(huì)根據(jù)TermID的分類(lèi)進(jìn)行生成不同的形狀，其類(lèi)別對(duì)應(yīng)形狀如圖例所示：

怎么樣，是不是非常簡(jiǎn)單就得到了一張呈現(xiàn)了多種關(guān)鍵信息的GO/KEGG富集結(jié)果圖呢？在上還有很多這樣的繪圖小工具，期待您的使用哦！

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