你說生信卷不卷？

說實(shí)話，確實(shí)卷，并且只會(huì)越來越卷，生信熱點(diǎn)更新越來越快，文章越發(fā)越多，所以該怎么辦呢？

聰明人就不能被老套路困死，需要找新出路了！

小云一直致力于求新，所以這回也自詡一下聰明人，咱們就從臨床出發(fā)尋找新出路，也去卷一卷臨床，畢竟基礎(chǔ)研究的最終目標(biāo)也是為臨床服務(wù)嘛！

從臨床出發(fā)，最簡單的是可以從一些臨床問題入手（ps：比如腫瘤液體活檢、壁外血管侵犯等等，小云之前也分享過這類生信思路，可點(diǎn)擊文末鏈接或公眾號(hào)搜索觀看哦），然后也可以利用一些臨床數(shù)據(jù)庫做分析（比如SEER、NHANES數(shù)據(jù)庫，后面也會(huì)推出此類公共數(shù)據(jù)庫分析文章，敬請(qǐng)期待哦），再者就是拉上臨床試驗(yàn)，做成臨床+基礎(chǔ)研究類開拓性新思路，這3類思路的創(chuàng)新性都很高，趕快碼住哦～～

今天呢，就分享一個(gè)17分+NC上的一個(gè)臨床+基礎(chǔ)研究思路——首先進(jìn)行腫瘤治療方案的臨床試驗(yàn)，再利用多組學(xué)檢測+生信分析篩選臨床反應(yīng)的潛在預(yù)測生物標(biāo)志物，選題方向和思路設(shè)計(jì)極具創(chuàng)新性和開拓性、數(shù)據(jù)量充實(shí)，絕對(duì)的高質(zhì)量文章，有興趣的朋友抓緊學(xué)起來啦！

l?題目：辛替利單抗聯(lián)合吉西他濱和順鉑一線治療晚期膽道癌的臨床和生物標(biāo)志物分析

l?雜志：Nat Commun.

l?影響因子：IF=17.694

l?發(fā)表時(shí)間：2023年3月

研究背景

膽道癌(BTC)是一種異質(zhì)性肝膽惡性腫瘤，吉西他濱和順鉑(GemCis)是不可切除或轉(zhuǎn)移性BTC的標(biāo)準(zhǔn)一線治療方案，但總體益處仍然有限。免疫檢查點(diǎn)抑制劑(ICIs)已在多種癌癥中顯示出臨床益處，因此作者進(jìn)行了這項(xiàng)前瞻性試驗(yàn)，以評(píng)估辛替利單抗(sintilimab，一種由中國國家醫(yī)藥產(chǎn)品管理局批準(zhǔn)用于治療霍奇金淋巴瘤和肝細(xì)胞癌的選擇性抗PD-1抗體)與GemCis聯(lián)合治療晚期BTC的療效和安全性。并且由于目前BTC的免疫療法缺乏有利的生物標(biāo)志物，作者還研究了臨床反應(yīng)的潛在預(yù)測生物標(biāo)志物。

研究思路

首先招募了30名BTC患者入組，構(gòu)成意向性治療人群。設(shè)置主要終點(diǎn)為總生存期(OS)，次要終點(diǎn)為毒性、無進(jìn)展生存期(PFS)和客觀緩解率(ORR)，單組II期臨床試驗(yàn)(ChiCTR2000036652)研究辛替利單抗聯(lián)合吉西他濱和順鉑作為晚期BTCs患者一線治療的有效性、安全性。然后評(píng)估了所有入選受試者的基因組改變以及基因組改變對(duì)辛替利單抗聯(lián)合GemCis的臨床反應(yīng)之間的關(guān)系。使用NanoString nCounter分析在應(yīng)答者和非應(yīng)答者之間進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組基因差異表達(dá)分析，并評(píng)估14種免疫細(xì)胞的豐度。通過KM生存分析評(píng)估腫瘤浸潤性MCs對(duì)生存預(yù)后的預(yù)測價(jià)值。最后使用多重免疫熒光免疫細(xì)胞標(biāo)記物(CD4，CD8，PD-L1)以評(píng)估TIME中的浸潤免疫細(xì)胞，并分析腫瘤浸潤細(xì)胞對(duì)臨床反應(yīng)的相關(guān)性。

主要結(jié)果

1. 臨床試驗(yàn)證明辛替利單抗聯(lián)合GemCis的臨床有效性和安全性

研究結(jié)束時(shí)，利用KM曲線分析受試者的OS和PFS，結(jié)果顯示中位OS為15.9個(gè)月（圖1A），中位無疾病生存期為5.1個(gè)月（圖1B）。完全緩解率為36.7%，而DCR為83.3%，總體治療結(jié)果用游泳圖表示（圖1D）。試驗(yàn)期間報(bào)告所有接受治療的患者中的不良事件，見表2。

圖1?臨床試驗(yàn)有效性分析

表2?不良事件報(bào)告

2.?基因改變和臨床反應(yīng)之間的相關(guān)性分析

對(duì)所有受試者的腫瘤活檢標(biāo)本進(jìn)行基因組測序，分析539個(gè)癌癥相關(guān)基因的體細(xì)胞突變情況（圖2A）。接下來評(píng)估聯(lián)合治療的反應(yīng)與特定基因或途徑的突變的相關(guān)性，發(fā)現(xiàn)PR組中ATM突變率明顯升高（圖2B），并且KM生存分析發(fā)現(xiàn)BAP1突變與更長的PFS和OS相關(guān)（圖2C, D）。由于ATM和BAP1是同源重組修復(fù)(HRR)相關(guān)基因，所以隨后研究了治療反應(yīng)與HRR途徑中的基因突變的相關(guān)性（圖2E），并分析HRR途徑突變對(duì)預(yù)后的影響（圖2F, G）。（ps：突變分析、KM曲線繪制也可以用小云新開發(fā)的零代碼生信分析小工具實(shí)現(xiàn)，云生信分析工具平臺(tái)包含超多零代碼分析和繪圖小工具，上傳數(shù)據(jù)一鍵出圖，感興趣的小伙伴歡迎來嘗試喲，網(wǎng)址：http://www.biocloudservice.com/home.html）。

圖2?基因組突變與治療反應(yīng)的相關(guān)性分析

3. 應(yīng)答者和非應(yīng)答者差異表達(dá)基因的鑒定和免疫細(xì)胞譜分析

在治療應(yīng)答者和非應(yīng)答者之間差異表達(dá)分析，結(jié)果鑒定了24個(gè)顯著差異基因，與免疫治療反應(yīng)相關(guān)的15種基因在應(yīng)答者中上調(diào)（圖3A），并利用KM曲線分析基因的預(yù)后價(jià)值（表1）?；趎Counter評(píng)估應(yīng)答者和非應(yīng)答者之間14種免疫細(xì)胞的豐度差異（圖3B），發(fā)現(xiàn)無反應(yīng)者的MCs評(píng)分比有反應(yīng)者高（圖3E）。利用KM生存曲線評(píng)估腫瘤浸潤性MCs對(duì)于OS和PFS的預(yù)測價(jià)值（圖3C, D）。

圖3 應(yīng)答者和非應(yīng)答者差異表達(dá)基因的鑒定和免疫細(xì)胞譜分析

表1?差異基因的預(yù)后分析

4. 預(yù)測腫瘤反應(yīng)的免疫特征分析

評(píng)估7個(gè)與免疫療法的反應(yīng)相關(guān)基因組在應(yīng)答者和非應(yīng)答者間的差異表達(dá)（圖4A, B）。并分析差異表達(dá)基因組與預(yù)后關(guān)系，發(fā)現(xiàn)3基因效應(yīng)T細(xì)胞標(biāo)記（圖4C, D）和18基因炎癥T細(xì)胞信號(hào)（圖5F, G）高表達(dá)與較高的ORR和較長的PFS相關(guān)。

圖4 預(yù)測腫瘤反應(yīng)的免疫特征分析

5. 基于多重免疫熒光分析腫瘤免疫微環(huán)境以及與臨床反應(yīng)的關(guān)系

使用多重免疫熒光分析了免疫細(xì)胞標(biāo)記物(CD4，CD8，PD-L1)的表達(dá)，以評(píng)估TIME中浸潤免疫細(xì)胞的比例（圖4A, B），發(fā)現(xiàn)PR組的CD8+ T細(xì)胞比例高于PD-SD組。分析浸潤免疫細(xì)胞與預(yù)后關(guān)系，發(fā)現(xiàn)較長的PFS與較高比例的CD8+ T細(xì)胞相關(guān)（圖4C, D），高PD-L1表達(dá)顯示更好的腫瘤反應(yīng)趨勢（圖5F, G），高度浸潤的CD8+ T細(xì)胞(> 5%)與PD-L1 (>1%)陽性表達(dá)的組合具有更好的PFS獲益（圖5）。

圖5?基于多重免疫熒光分析腫瘤免疫微環(huán)境以及與臨床反應(yīng)的關(guān)系

小結(jié)

這篇文章首先開展辛替利單抗聯(lián)合GemCis治療晚期BTC的臨床試驗(yàn)，再將臨床反應(yīng)預(yù)測生物標(biāo)志物作為探索性目標(biāo)，進(jìn)行多組學(xué)檢測+數(shù)據(jù)分析，將臨床與基礎(chǔ)研究緊密聯(lián)系在一起，更利于臨床轉(zhuǎn)化。此外，選題方向和整體思路的創(chuàng)新性都比較高，數(shù)據(jù)量很充實(shí)，能發(fā)到17+的NC也是名副其實(shí)！如果你所在的醫(yī)院可以開展臨床試驗(yàn)的話，可以考慮用上這種思路，讓自己的研究上一個(gè)臺(tái)階喲！

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