做了生信分析，拿到一堆數(shù)據(jù)，看不懂圖怎么辦？

火山圖、PCA圖、熱圖、箱式圖、瀑布圖···這么多類型的圖都咋看？

風(fēng)險(xiǎn)模型預(yù)后評(píng)估圖、GO-KEGG富集分析圖、GSEA富集分析圖···這些圖又代表了什么結(jié)果？

急，別急！小云最新欄目【小云解讀生信圖】上線，專門解決這些問題

咱們一個(gè)一個(gè)來，由易入難，今天就先講講火山圖怎么看，代表的是什么結(jié)果

給自己立個(gè)flag：豁出去小云的這頭秀發(fā)，也要給同為生信小白的朋友講清楚

話不多說，先看圖

1. 火山圖的用途是什么？

主要是展示差異表達(dá)的基因，通常應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄組研究，也能應(yīng)用于基因組，蛋白質(zhì)組，代謝組等統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)。

2. 火山圖怎么看？

1）坐標(biāo)軸：橫軸是log2(Fold change)，顯示差異倍數(shù)（FC），點(diǎn)越偏離中心，表示差異倍數(shù)越大；縱軸是-log 10 (adj. p-value)，顯示顯著性，點(diǎn)越靠圖的頂部，表示差異越顯著；

2）點(diǎn)：圖中每個(gè)點(diǎn)代表一個(gè)檢測(cè)到的基因（或蛋白、代謝物等），圖中這些點(diǎn)分別具有不同顏色，顏色的意義可以參考圖片右側(cè)的圖例：

UP：差異顯著且上調(diào)的基因

DOWN：差異顯著且下調(diào)的基因

NOT：差異不顯著的基因

3）差異基因篩選閾值設(shè)置：根據(jù)差異倍數(shù)（fold change）和顯著性（P-value）設(shè)定差異基因的篩選閾值

p-value：表示某個(gè)基因在分組之間的表達(dá)是否差異顯著，一般認(rèn)為p-value<0.05為顯著。adjusted p-value：即經(jīng)過統(tǒng)計(jì)學(xué)方法校正后的p-value，由于統(tǒng)計(jì)學(xué)上常用的校正方法包括“BH”、“FDR”等，所以在一些文章中，我們也會(huì)看到篩選差異基因的閾值是FDR<0.05。p值越小差異越顯著，但直接用adjusted p-value畫圖的話點(diǎn)會(huì)集中在底部不美觀，而-log 10 (adjusted p-value)轉(zhuǎn)換后正好是反了過來，數(shù)值越大越顯著，而且以10為底很容易換算回去，做出的圖比較美觀。

Fold Change：表示兩個(gè)分組之間的差異倍數(shù)，其絕對(duì)值越大說明某基因在兩組之間的表達(dá)差異也越大。該值為正時(shí)，表示差異上調(diào)；該值為負(fù)時(shí)，表示差異下調(diào)。畫圖時(shí)，一般轉(zhuǎn)換為log2FoldChange，使展示更直觀。

示例：我們按示例圖中將“adjusted p-value<0.05”且“l(fā)og2FoldChange的絕對(duì)值大于1”設(shè)置為差異基因篩選閾值，那么：

-log 10 (adj. p-value) > 1.30且log2FoldChange > 1的基因?yàn)榧t色點(diǎn)，即UP；

-log10 (adj. p-value) >1.30且log2FoldChange < -1的基因?yàn)樗{(lán)色點(diǎn)，即DOWN；

-log 10 (adj. p-value) <1.30的基因?yàn)楹谏c(diǎn)，即NOT。

再來幾張不一樣的

（ps：不一樣的只是形式，代表的結(jié)果還是不變滴，萬變不離其宗）

火山圖的解讀有沒有讓生信小白們豁然開朗呀？還有問題的話歡迎給小云留言或私信哦，為了讓這個(gè)系列能一直更新，朋友們要多多留言支持呀，小云的新欄目能不能保住就看大家啦~